J med virol：蛇是很有可能的携带2019-nCoV冠状病毒的野生动物

当前武汉市病毒性肺炎的暴发是由世界卫生组织命名为2019-nCoV的新型冠状病毒引起的，该病毒是通过对病毒RNA基因组测序确定的。在华南海鲜批发市场，许多患者可能接触到野生动物，那里还出售家禽，蛇，蝙蝠和其他野生动物。

2020年1月22日，北京大学，广西中医药大学，宁波大学及武汉生物工程学院学者联合攻关，在Journal of Medical Virology 在线发表题为“Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human”的研究论文，为了确定可能的病毒库，该研究基于新发现的冠状病毒2019-nCoV的现有序列，结合不同动物物种之间的相对同义密码子使用偏倚（RSCU）情况进行了全面的序列分析和比较。分析中获得的结果表明，2019-nCoV似乎是蝙蝠冠状病毒与起源未知的冠状病毒之间的重组病毒。重组发生在病毒spike糖蛋白内，该蛋白识别细胞表面受体。此外，该研究结果表明，与其他动物相比，基于蛇的RSCU偏差类似，蛇是最有可能的携带2019-nCoV病毒的野生动物。

综上所述，该结果表明，spike糖蛋白内的同源重组可能有助于从蛇到人的跨物种传播。

在过去的20年中，中国目睹了几种新出现的病毒性疾病，包括1997年的禽流感，2003年的严重急性呼吸道综合症（SARS）和2013年的严重血小板减少症候群（SFTS）。最近的危机是在中国武汉市发生的病因不明的病毒性肺炎的爆发。2019年12月12日，武汉市卫生委员会（WMHC）报告了27例病毒性肺炎病例，其中7例危重病。他们都有与华南海鲜批发市场有关的接触历史，那里也出售家禽，蝙蝠和蛇。

2020年1月3日，武汉市卫生委员会（WMHC）将案件总数更新为44起，其中11起处于危急状态。1月5日，病例数增加到59例，其中7例重症患者。根据实验室测试，病毒性肺炎的爆发不是由严重的急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV），中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV），流感病毒或腺病毒引起的。 1月10日，据报道，通过对病毒RNA基因组进行测序，鉴定了一种由世界卫生组织（WHO）命名为2019-nCoV的新型冠状病毒。更重要的是，还从一名患者中分离出了新发现的病毒。

病毒RNA序列的确定使开发逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法成为可能，该方法可用于检测患者和潜在宿主样品中的病毒RNA。结果，截至2020年1月20日，确认有217名患者感染了新发现的冠状病毒2019-nCoV，三名患者死亡。共有14种新型冠状病毒的全长序列被释放到GISAID。

冠状病毒科根据其遗传特性由四个属组成，包括Alphacoronavirus属，Betacoronavirus属，Gammacoronavirus属和Deltacoronavirus属。在所有RNA病毒中，冠状病毒RNA基因组（范围从26到32 kb）最大。冠状病毒可以感染哺乳动物，鸟类和爬行动物，包括人，猪，牛，马，骆驼，猫，狗，啮齿动物，鸟类，蝙蝠，兔子，雪貂，貂，蛇和各种野生生物。许多冠状病毒感染是亚临床的。严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸系统综合症冠状病毒（MERS-CoV）属于Beta冠状病毒属，是可引起人类严重呼吸系统疾病的人畜共患病原体。

武汉市爆发的病毒性肺炎与华南海鲜批发市场的暴露有关，表明可能存在人畜共患病。海鲜市场还出售蛇，土拨鼠，蝙蝠，鸟类，青蛙，刺猬和兔子等活体动物。没有证据表明特定的野生动植物宿主可以作为病毒库。病毒与其宿主之间的相对同义密码子使用偏倚（RSCU）偏向的研究表明，病毒趋向于发展与其宿主相类似的密码子偏倚。

为了寻找潜在的病毒库，研究人员进行了全面的序列分析和比较。研究分析结果表明，蛇是造成当前2019-nCoV感染爆发的最可能的野生动植物库。更有趣的是，在2019-nCoV的spike糖蛋白中发现了未知来源的同源重组，这可能解释了蛇对人跨物种传播以及有限的人际传播。

原始出处：

Wei Ji  Wei Wang  Xiaofang Zhao  Junjie Zai  Xingguang Li. Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human. J med virol https://doi.org/10.1002/jmv.25682