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ARCH PATHOL LAB MED：延迟固定和固定时间对核酸质量影响的比较

2019-10-24 MedSci MedSci原创

核酸质量影响
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尽管福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织在临床和研究中得到广泛应用，但不同组织处理的潜在影响仍是未知的。为了阐明与临床相关的分析前变异相关的分子效应，美国国家癌症研究所发起了生物样本分析前变量(BPV)计划。

尽管福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织在临床和研究中得到广泛应用，但不同组织处理的潜在影响仍是未知的。为了阐明与临床相关的分析前变异相关的分子效应，美国国家癌症研究所发起了生物样本分析前变量(BPV)计划。

BPV计划是一系列系统、盲法和随机对照研究，研究与病例配对的速冻对照相比相比，固定时间延迟(DTF)或固定时间(TIF)是否影响从FFPE结肠、肾脏和卵巢肿瘤中分离出的DNA和RNA的数量和质量。

研究发现，在不同的DTF和TIF时间点下，FFPE生物样本的DNA和RNA产量具有可比性。DNA和RNA质量指标显示了DTF和TIF在检测和时间点上的特异性作用。定量逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)方法在评估RNA质量方面更有优势，可以持续检测FFPE和snap-frozen生物样本之间的差异，以及DTF和TIF时间点之间的差异。RNA完整性数和DV200(表示RNA片段长度超过200个核苷酸的百分比)显示出敏感性较为有限。用基于qPCR的方法可检测FFPE和snapfreeze biospecimens之间、DTF和TIF时间点之间的DNA质量(Q-ratio)差异。

在某些肿瘤类型中，12小时DTF或72小时TIF可能会对DNA和RNA质量产生不利影响。本文的结果以及正在进行的其他BPV分子分析的结果将有助于确定可接受的延迟和最佳固定时间。

原始出处：

Latarsha J. Carithers, PhD; Rachana Agarwal, PhD;The Biospecimen Preanalytical Variables Program: A Multiassay Comparison of Effects of Delay to Fixation and Fixation Duration on Nucleic Acid Quality

本文系梅斯医学（MedSci）原创编译整理，转载需授权！


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