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PeerJ:转录组分析揭示种植体周围炎和2型糖尿病相关的分子机制

2020-2-26 作者:不详   来源:网络 我要评论0
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本研究旨在通过对公开可用的实验转录组数据进行生物信息学分析,探索连接种植体周围炎和2型糖尿病(T2DM)的分子机制。

种植体周围炎的基因表达数据可从基因表达综合数据库下载,鉴定出种植体周围炎的整合和差异表达基因(DEG)。接下来,从DisGeNET数据库下载了与T2DM相关的经过实验验证和计算预测的基因。构建与种植体周围炎和T2DM相关基因相关的DEG的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)对,确定“集线器”基因和重叠的DEG。功能富集分析用于鉴定重要的共享生物学过程和信号通路。对PPI网络进行了聚类和特定类别分析,以鉴定“前导”基因。合并后的PPI网络的模块网络分析确定了连接两个网络的常见或串扰基因。

结果显示,种植体周围炎和T2DM数据集之间共有92个DEG重叠。在种植体周围炎和T2DM的PPI网络中,三个中枢基因(IL-6,NFKB1和PIK3CG)重叠程度最高。三个前导基因(PSMD10,SOS1,WASF3),八个串扰基因(PSMD10,PSMD6,EIF2S1,GSTP1,DNAJC3,SEC61A1,MAPT和NME1)和一个信号传导通路(IL-17信号传导)是种植体周围炎和T2DM的连接机制。

综上所述,该研究结果表明,对可用转录组数据集的探索揭示了IL-6,NFKB1和PIK3CG的表达以及IL-17信号通路,作为种植体周围炎和T2DM之间的主要候选分子连锁机制。

原始出处:

Tianliang Yu,1 Aneesha Acharya, et al., Molecular mechanisms linking peri-implantitis and type 2 diabetes mellitus revealed by transcriptomic analysis. PeerJ. 2019; 7: e7124. doi: 10.7717/peerj.7124



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