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CLIN CHEM:在液体活检中进行可靠的基因表达和DNA甲基化分析的条件评估和质量控制步骤的实施

2018-10-30 作者:MedSci   来源:MedSci原创 我要评论0
Tags: 液体活检  DNA甲基化  

液体活检为癌症患者的预后和治疗提供了重要的信息。在这项研究中,研究人员评估了分析前条件对液体活检中基因表达和DNA甲基化分析的影响。将健康供体外周血(PB)中的MCF-7细胞加入6种不同储存条件的收集管中,检测循环肿瘤细胞(CTC)信使RNA的稳定性。以上皮细胞粘附分子阳性为基础富集CTCs,分离RNA,合成cDNA。使用RT-quantitative PCRCK19B2M基因表达进行定量。通过在健康供体血浆中提取MCF-7细胞的DNA,评估了不同贮藏条件下血浆中DNA甲基化的稳定性。比较两种商业化的亚硫酸氢钠(SB)转换试剂盒,并结合全基因组扩增(WGA),评价SB转换DNA的稳定性。通过实时甲基特异性PCR (real-time methyl- specific PCR, MSP)分析ACTBSOX17BRMS1sb转化DNA样本。质量控制采用Levey Jennings曲线图进行评估。

结果显示由于在许多PB收集管(EDTA除外)中使用的防腐剂以及时间的原因,CTCs中基于RNA的分析严重受阻。血浆和SB转化的DNA样本是稳定的,在MSP保持在80 c时可以安全使用。SB转化DNA的下游WGA补偿了液体活检中可用样本的有限数量。

研究表明,分析前条件的标准化和质量控制步骤的实施对于可靠的液体活检分析是极其重要的,也是临床常规应用的前提。

原始出处:

Martha Zavridou, Sofia Mastoraki, Areti Strati, Evaluation of Preanalytical Conditions and Implementation of Quality Control Steps for Reliable Gene Expression and DNA Methylation Analyses in Liquid Biopsies.

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