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Blood:单细胞RNA-seq可揭示非整倍体造血细胞的特异性转录本。

2017-10-15 作者:qinqiyun   来源:MedSci原创 我要评论1
Tags: 单细胞RNA-seq  造血细胞  单倍体  
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中心点:

研究人员利用单细胞RNA-seq将造血干/祖细胞中的非整倍体细胞与二倍体细胞分离。

7号染色体单倍体细胞(单-7-细胞)的参与免疫应答和维持DNA稳定的信号通路下调。

摘要:

癌细胞常发生染色体异常。特定的细胞遗传变异常可用于预测结局,特别是对于血液肿瘤,例如常发生于恶性髓性血液病的7号染色体的单倍体。

一直以来,由于缺乏将非整倍体细胞与二倍体细胞区分的标志物,很难在细胞水平研究非整倍体对功能的影响。

现我国Zhao Xin等研究人员利用单细胞RNA序列(scRNA-seq)对4位健康捐献者和5位骨髓衰竭合并染色体增多或丢失的患者的骨髓造血干/祖细胞(HSPCs)进行研究。

共获得了391个对照细胞和588个患者细胞的转录本序列。研究人员通过对阅读框和单个染色体的基因表达谱的计算分析(通过拷贝数变异进行定量、通过杂合性缺失进行定性)将患者样本中的非整倍体细胞与二倍体细胞分离开来。

将患者的单细胞投射至正常造血细胞的图谱上,可观察到不同的模式,广泛反映临床表型。

患者的单-7-细胞的参与免疫应答、DNA损伤检测和凋亡信号通路的基因表达下调,且进一步导致单-7-细胞克隆扩张、基因突变累积。

scRNA-seq是一种可用于研究染色体增多和丢失对功能的影响的强有力的技术,并可用于探索定向治疗的基因靶点。

原始出处:

Xin zhao,et al. Single-cell RNA-seq reveals a distinct transcriptome signature of aneuploid hematopoietic cells. Blood. October 13,2017.https://doi.org/10.1182/blood-2017-08-803353

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2017-10-16 0:09:04 回复

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