ASCO年会上首次公开的大型数据库,怎么用?

2016-06-13 解螺旋·叶子 解螺旋·医生科研助手

在今年的ASCO年会上,美国副总统拜登就白宫抗癌“登月”计划发表了重要讲话,鼓励学术界分享肿瘤领域的智慧和经验,共同对抗癌症病魔。拜登在演讲中提到了首次公开的癌症数据库GenomicData Commons。


美国副总统拜登与6月6日宣布,启用癌症“登月计划”首个大型开放数据库,旨在更好地分享癌症相关数据,帮助全世界科研人员更好地认识癌症,从而开发出更有效的疗法。
 
该数据库负责临床基因数据的监管,由美国国家癌症研究所为其提供资助,致力于促进肿瘤测序与治疗有效治疗相关信息的分享。此外,由ASCO负责的国家级大型数据库CancerLinQ已纳入58家癌症中心的约75万名患者信息。
 
美国白宫当天发表一份声明说,这个名为“GenomicData Commons”的数据库将为储存、分析和分享癌症基因组数据及相关临床数据提供一个公共平台,这对推进精准医学、改善癌症治疗水平至关重要。
 
声明说,这个数据库是一个交互式系统,易于搜索,提供的都是未处理过的原始数据,因而科研人员可以使用新研发出的计算工具与分析方法重新分析这些数据。数据库整合了美国国家癌症研究所现有多个癌症研究项目的资料,目前已拥有1.2万名癌症患者的数据,今后全世界科研人员可继续向其中添加更多数据。该数据库将由芝加哥大学代美国国家癌症研究所管理。
 
基于基因组学研究的新数据库将有助于研究人员加快新药的开发,同时能够更好地将患者与疗法进行匹配。研究人员现在可以对数据库进行挖掘,比如确定化疗药物顺铂(Cisplatin)是否与特定的基因突变有关联。而目前已知,仅有约一半的女性卵巢癌对顺铂有反应,制药公司则可能不会受到很大的激励,来确定是否一种现有的癌症药物应该仅应用于某一亚组患者群体。

近年来,许多获批的抗癌药物均为靶向治疗药物,这些药物旨在阻断癌细胞用于生长和增殖的特定通路。在给药前,对患者进行特定基因突变的筛查,能够使某些患者获得最大的治疗益处。

GenomicData Commons数据库怎么用呢?

首先输入网址:https://gdc-portal.nci.nih.gov/,进入后有左右两部分。


左边是网站的门户,包括项目、数据和分析

右边部分是给出了每种癌症有多少病例

Project界面
 
在Project里,用户可以在各个页面中自由跳转,比如从一个Project中链接到该Project中的所有文件或参与者。Analysis里则是提供了许多可视化的图标,使用户能够准确的找到他们正在寻找数据。

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    2016-12-13 智智灵药
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    2016-08-02 tinali1986

    怎么用呢

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    2016-06-14 gyczyxy

    以后是不是会有用?

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