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Hum Genomics:RNA测序为牙周炎的发病机制提供了新的见解

2017-11-5 作者:MedSci   来源:MedSci原创 我要评论0
Tags: 测序  牙周炎  
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牙周炎是由微生物生物膜与宿主免疫应答之间的复杂相互作用引起的最常见的慢性炎性疾病。在本研究中,研究人员利用高通量RNA测序系统并精确地鉴定基因表达谱和选择性剪接。

通过深度测序分析来自健康和牙周炎患者的10个牙龈组织的总RNA,然后进行计算注释和mRNA结构的定量。

差异表达分析鉴定了牙周炎组织中400个上调的基因,特别是防御/免疫蛋白、受体、蛋白酶和信号分子的通路。上调最多的10个基因是CSF3,MAFA,CR2,GLDC,SAA1,LBP,MME,MMP3,MME-AS1和SAA4。牙周炎中62个下调的基因主要是细胞骨架和结构蛋白。前10个下调最明显的基因是SERPINA12,MT4,H19,KRT2,DSC1,PSORS1C2,KRT27,LCE3C,AQ5和LCE6A。差异性选择性剪接分析揭示了牙周炎组织中独特的转录变体。EDB外显子主要包含在FN1中,而外显子2主要在BCL2A1中略过。

该研究使用RNA测序的发现从基因表达和选择性剪接为牙周炎的发病机制提供了新的见解。

原始出处:

Kim YG, Kim M, et al., Transcriptome sequencing of gingival biopsies from chronic periodontitis patients reveals novel gene expression and splicing patterns. Hum Genomics. 2016 Aug 17;10(1):28. doi: 10.1186/s40246-016-0084-0.



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