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Clin Chem:多中心评价循环血浆microRNA提取技术用于开发临床可行的逆转录定量PCR和下一代测序分析工作流程

2019-10-19 作者:gladiator   来源:MedSci原创 我要评论1
Tags: 多中心评价  

在人体体液中,microRNA (miRNA)可以作为循环游离miRNA (cfmiRNA),也可以分泌到细胞外小泡(EVmiRNA)中。目前。正在评估将miRNAs做为评估癌症患者的微创液体活检生物标志物。尽管开发循环miRNA临床分析方法日益增长,但需要仔细考虑分析前和分析参数的混淆效应。

通过反转录实时荧光定量PCR和下一代测序(NGS),我们比较了5种不同的cfmiRNA提取方案和2种多中心EVmiRNA分离方案的提取效率。通过测量20名健康个体血浆中外源性添加celi-mir-396个靶向miRNA来评估不同提取方法的效率。

研究显示,两种检测方法有显著性差异。尽管柱状提取方法对内源性miRNA的分离是非常有效的,但是苯酚提取结合柱状miRNA纯化和超离心作用导致了分离miRNA的质量和数量下降。在所有的提取方法中,与其他靶向miRNA相比,广泛表达的miR-16具有较高的丰度。此外,使用miR-16作为量化周期值正常化的内源性对照,导致基于柱状的cfmiRNA提取方法的变异性降低。归一化NGS计数的聚类分析清楚地表明了方法依赖性的误差。

研究表明,血浆中的miRNA提取方法的选择会影响潜在的miRNA标志物候选和结果的解释机制,因此,在不同研究中应谨慎使用。

原始出处:

Vera Kloten, Martin H.D. Neumann,Multicenter Evaluation of Circulating Plasma MicroRNA Extraction Technologies for the Development of Clinically Feasible Reverse Transcription Quantitative PCR and Next-Generation Sequencing Analytical Work Flows

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Dr Z

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2019-10-20 7:08:13 回复

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