NEJM：DNA测序能否预测一线结核病药物的敏感性？
2018-11-13 吴星 环球医学
2018年10月，发表在《N Engl J Med》上的一项研究，通过DNA测序预测了对一线结核病药物的敏感性。
2018年10月，发表在《N Engl J Med》上的一项研究，通过DNA测序预测了对一线结核病药物的敏感性。
背景：世界卫生组织（WHO）推荐所有结核病患者进行结核分枝杆菌复合物的药敏试验，从而指导治疗决策和改善结局。尚不清楚DNA测序能否用于准确预测对一线抗结核病药物的敏感性。
方法：研究者获得了6大洲16个国家分离株的全基因组测序及相关的对一线抗结核病药物异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺耐药或敏感性表型。对于每个分离株，鉴别了9个基因的与药物耐药和药物敏感性相关的突变，除非也存在未知相关性的突变，否则要对单个表型进行预测。为了确定全基因组测序可能如何指导一线药物治疗，预测了完整的敏感性特征。如果这些特征预计对异烟肼和其他药物敏感，或者如果对其他药物的敏感性造成影响的基因中包含未知相关性的突变，则认为这些特征对所有4种药物都敏感（即，泛敏感）。研究者模拟了阴性预测值随着药物耐药率而改变的途径。
结果：总共分析了10209个分离株。预测利福平的表型比例最高（9660/10130（95.4%）），乙胺丁醇最低（8794/9794（89.8%））。准确预测异烟肼、利福平、乙胺丁醇和吡嗪酰胺耐药的敏感性分别为97.1%、97.5%、94.6%和91.3%，准确预测这些药物敏感性的特异性分别为99.0%、98.8%、93.6%和96.8%。具有完整表型药敏特征的7516个分离株中，5865个（78.0%）进行了完整的基因型预测，准确预测了其中的5250个特征（89.5%）。预测泛敏感的4037个表型特征中，准确预测了3952个（97.9%）。
结论：结核分枝杆菌对一线药物敏感性的遗传预测因素与对这些药物的表型易感性相关。
原始出处：
CRyPTIC Consortium and the 100，000 Genomes Project， et al. Prediction of Susceptibility to First-Line Tuberculosis Drugs by DNA Sequencing. N Engl J Med. 2018 Oct 11；379(15)：1403-1415. doi： 10.1056/NEJMoa1800474. Epub 2018 Sep 26.
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