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Lancet:2019新型冠状病毒基因组及流行病学特征

2020-2-21 作者:MedSci   来源:MedSci原创 我要评论0

2019年12月下旬,中国武汉报告了因不明微生物引起的病毒性肺炎患者,随后鉴定为新型冠状病毒,暂定名为2019-nCoV。截至2020年1月26日,已确认感染病例2000余例,其中大部分有武汉居住或旅游史,并已确认可人传人。

研究人员对9名住院患者的支气管肺泡灌洗液样本和培养分离物进行了下一代测序,其中8名患者去过华南海鲜市场。研究人员从样本中获得了2019-nCoV的完整和部分基因组序列,以确定病毒进化史,并帮助推断其可能的起源。通过同源模建研究病毒可能的受体结合特性。

从9例患者中获得的2019-nCoV基因组序列极为相似,同源性达到99.98%以上。2019-nCoV与2018年在中国东部舟山采集的两种蝙蝠源严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒(BAT-SL-CoVZC45和BAT-SL-CoVZXC21)密切相关(具有88%的同一性),但与SARS-CoV(约79%)和MERS-CoV(约50%)存在较大差异。系统发育分析表明,2019-nCoV属于β-冠状病毒属的Sarbecovirus亚属,与最近的亲缘种bat-SL-CoVZC45和bat-SL-covzcx21相比,分枝长度较长,在遗传上与SARS-CoV不同。同源模型显示,尽管部分关键残基存在差异,但2019-nCoV具有与SARS-CoV具有相似的受体结合结构,。

2019-nCoV与SARS-CoV有很大的不同,是一种新型人感染β-冠状病毒。虽然系统发育表明蝙蝠可能是该病毒的原始宿主,但在武汉海鲜市场出售的动物可能是其人群传播的中间宿主。结构分析表明2019-nCoV可与人类血管紧张素转换酶2受体结合。这种病毒未来的进化、适应和传播需进一步调查。

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