Clin Chem：基于DNA甲基化检测循环肿瘤DNA新方法？
2020-08-01 MedSci原创 MedSci原创
本研究通过胞嘧啶转化后同时测量有义和反义DNA链增强DNA甲基化标记的性能。大多数现有的基于DNA甲基化的循环肿瘤DNA（ctDNA）检测方法都是基于未甲基化的胞嘧啶向尿嘧啶的转化。
本研究通过胞嘧啶转化后同时测量有义和反义DNA链增强DNA甲基化标记的性能。大多数现有的基于DNA甲基化的循环肿瘤DNA（ctDNA）检测方法都是基于未甲基化的胞嘧啶向尿嘧啶的转化。转换后，两条DNA链不再互补。 因此，靶向1条DNA链仅利用了可用DNA的一半信息。我们研究了通过在亚硫酸氢盐转化后靶向两条DNA链是否可以提高基于甲基化的ctDNA检测策略的敏感性。
针对3种结直肠癌(CRC)特异性甲基化标记KCNQ5、C9orf50和CLIP4设计了双链数字PCR检测方法，并与之前报道的单链检测方法进行了比较。我们在肿瘤和白细胞DNA中测试了性能，并在43例CRC I - IV期患者和42例经结肠镜检查证实的健康对照者的血浆中研究了ctDNA的检测能力。
双链分析定量了接近100%的甲基化对照DNA输入，而单链分析定量大约为50%。此外，双链分析显示，当应用于从肿瘤组织和CRC患者血浆中纯化的DNA时，检测到的甲基化DNA拷贝数增加了2倍。将3个DNA甲基化标记的结果结合到ctDNA检测测试中并应用于血浆，双链分析方法检测出86%的癌症，而单链分析方法检测出74%的癌症。对于双链和单链测试，特异性均为100%。
研究结果表明，双链检测比单链检测对甲基化ctDNA的检测更敏感。
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