Nature研判：奥密克戎或将不断进化亚型
2022-05-10 Swagpp MedSci原创
Nature：科学家们乐观地认为，未来新冠病毒或将步入可预测的模式——新突变株会定期从流行毒株中分化出来，而不是像新冠大流行的前两年那样“凭空出现”，病毒的进化方式似乎变得更可控。
近期，奥密克戎突变株BA.2在我国掀起了一场前所未有的疫情高峰。而全球最早出现BA.2毒株的南非（去年12月），还没来得及喘口气，又迎来与奥密克戎新突变株BA.4和BA.5的较量。 四月以来，南非的病例数出现新一轮激增。“我敢肯定南非进入了‘疫情复苏期’，几乎完全由奥密克戎亚型BA.4和BA.5驱动。”来自南非的病毒学家Penny Moore正率领自己的团队研究这些新变种，“新增的感染数量十分惊人！我们实验室已经有6位成员病倒了。” 前一周，有几项针对新亚型的研究显示，BA.4和BA.5比奥密克戎早期毒株有着更快的传播速度和更强的免疫逃避能力。但是否会造成南非以及其他地区住院人数的激增？科学家认为，由于此前的感染以及疫苗的接种，目前人口的免疫水平处于较高水平，具体情况仍需进一步检测。 奥密克戎不断突变出新亚型，但科学家们乐观地认为，未来新冠病毒或将步入可预测的模式——新突变株会定期从流行毒株中分化出来，而不是像新冠大流行的前两年那样“凭空出现”，病毒的进化方式似乎变得更可控。该文章发表于Nature。 通过分析临床样本的病毒基因组，南非生物信息学家Tulio de Oliveira认为，BA.4和BA.5分别在2021年12月中旬和2022年1月初就已经出现。随后，这两个亚型的流行率不断上升，今年4月中旬已经达到南非总病例数的约60-75%。此外，BA.4和BA.5还出现在其他十几个国家，以欧洲国家为主。 现阶段南非的病例数增长数据显示，BA.4和BA.5所致的平均每日新增人数在5000例左右，而3月份仅有1200例。 de Oliveira的团队使用多类别逻辑回归分析发现，在南非，BA.4和BA.5比BA.2每天的增长优势分别为0.08（95% CI: 0.07 - 0.09）和0.12（95% CI: 0.09 - 0.15），即BA.4和BA.5亚系的传播速度略高于此前的BA.2。此前，BA.2比BA.1的日增长优势为0.07。 图源：Nature 所谓增长优势，无非基于两点：一，传播能力更强，本质上变得更善于传播；二，免疫逃逸能力增加，可以感染先前接种过疫苗或已经感染过的具有免疫力的人群。 目前，针对这两种新亚型，很多研究尚在进行。但已有证据显示，BA.4和BA.5感染者人数的激增与其高免疫逃逸能力有关。 非洲健康研究所的病毒学家Alex Sigal团队，测试了已经过感染奥密克戎BA.1的受试者对BA.4和BA.5的中和免疫能力。以FRNT50（即50%中和的稀释度的倒数）作为测试指标，滴度越高意味着抗体效力越高，对病毒的抵抗效力也越好。 结果发现，在未接种疫苗的人中，FRNT50从BA.1的275，下降到BA.4的36和BA.5的37，分别下降了7.6和7.5倍。即使接种过疫苗，FRNT50也从BA.1的507，下降到BA.4的158（3.2倍）和BA.5的198（2.6倍）。 doi: https://doi.org/10.1101/2022.04.29.22274477 这意味着，在没有接种过疫苗的情况下，即使之前感染过BA.1，对BA.4和BA.5新变异株的保护力也仅为1/7.5左右。而对于接种过疫苗且感染过BA.1的人而言，他们对BA.4和BA.5有着更强的抵抗力，但仍存在下降趋势。该研究结果发表于bioRxiv上。 北京大学谢晓亮院士团队，则进一步阐明了新亚型发生免疫逃逸的背后机制，对BA.2.12.1、BA.4和BA.5的免疫逃逸进行全面解析，该研究结果于5月2日发布在bioRxiv上。 谢晓亮团队发现，与BA.2相比，奥密克戎BA.4和BA.5变异株与前者有着类似的受体结合结构域，但新增了L452R+F486V的突变。 其中，L452的突变可能是高传播性和免疫逃逸的关键突变，而F486V突变则使两种新亚型的ACE2结合能力减弱，使BA.1感染产生的中和抗体无法中和BA.4及BA.5，这解释了疫苗接种和BA.1感染者血清不能有效防止BA.4和BA.5的感染。 doi: https://doi.org/10.1101/2022.04.30.489997 上述实验说明，奥密克戎新亚型BA.4和BA.5有着更强的免疫逃逸能力，可以逃避由BA.1感染引起的体液免疫。同时，新冠病毒的不断进化，也给疫苗的研发带来了巨大的压力，急需更广谱、更优化的疫苗接种策略。 南非感染者人数和住院人数的再次上升，也证明了BA.4和BA.5毒株有着比BA.2更强的免疫逃逸能力。但研究人员认为，随着人群疫苗接种率的提高以及刚刚经历过BA.2的情况下，BA.4和BA.5不会导致比之前更严重的疾病，这些新变种暂时“不足为惧”。 回顾两年多的新冠大流行史，从一开始的Alpha、Beta，到Delta，再到Omicron，之前新变种的出现都与“老前辈”有着很大的区别，可谓是“远亲”关系。但现在的流行毒株奥密克戎，则通过进化出亚型，来增加免疫逃逸能力，造成新一波流行。 图源：Nature 如果新冠病毒继续按照这样的模式进化，可能会更接近于其他呼吸道感染疾病，比如流感。南非病毒学家Moore表示，当整个人群免疫力下降时，会伴随着病毒新一轮的免疫逃逸突变的出现。在这种情况下，新冠会成为一种周期性爆发的疾病。 全球范围内，目前的情况来看，大约每6个月会出现一种新冠的新变体。来自西雅图研究中心的一位病毒进化生物学家Jesse Bloom认为，这种模式，是基于新冠大流行两年来观察到的情况的一种解读方式，还需要更多的时间去验证。 当然，不能排除未来新冠病毒会“不走寻常路”，比如：德尔塔的后代卷土重来或出现其他更凶猛的变异体，绝不能放松警惕。
[1]https://www.nature.com/articles/d41586-022-01240-x#ref-CR2
[2]Continued Emergence and Evolution of Omicron in South Africa: New BA.4 and BA.5 lineages. Houriiyah Tegally, Monika Moir, Josie Everatt, Marta Giovanetti, Cathrine Scheepers, Eduan Wilkinson, Kathleen Subramoney, Sikhulile Moyo, Daniel G. Amoako, Cheryl Baxter, Christian L. Althaus, Ugochukwu J. Anyaneji, Dikeledi Kekana, Raquel Viana, Jennifer Giandhari, Richard J. Lessells, Tongai Maponga, Dorcas Maruapula, Wonderful Choga, Mogomotsi Matshaba, Simnikiwe Mayaphi, Nokuzola Mbhele, Mpaphi B. Mbulawa, Nokukhanya Msomi, NGS-SA consortium, Yeshnee Naidoo, Sureshnee Pillay, Tomasz Janusz Sanko, James E. San, Lesley Scott, Lavanya Singh, Nonkululeko A. Magini, Pamela Smith-Lawrence, Wendy Stevens, Graeme Dor, Derek Tshiabuila, Nicole Wolter, Wolfgang Preiser, Florette K. Treurnicht, Marietjie Venter, Michaela Davids, Georginah Chiloane, Adriano Mendes, Caitlyn McIntyre, Aine O’Toole, Christopher Ruis, Thomas P. Peacock, Cornelius Roemer, Carolyn Williamson, Oliver G. Pybus, Jinal Bhiman, Allison Glass, Darren P. Martin, Andrew Rambaut, Simani Gaseitsiwe, Anne von Gottberg, Tulio de Oliveira. medRxiv 2022.05.01.22274406; doi: https://doi.org/10.1101/2022.05.01.22274406
[3]Omicron sub-lineages BA.4/BA.5 escape BA.1 infection elicited neutralizing immunity. Khadija Khan, Farina Karim, Yashica Ganga, Mallory Bernstein, Zesuliwe Jule, Kajal Reedoy, Sandile Cele, Gila Lustig, Daniel Amoako, Nicole Wolter, Natasha Samsunder, Aida Sivro, James Emmanuel San, Jennifer Giandhari, Houriiyah Tegally, Sureshnee Pillay, Yeshnee Naidoo, Matilda Mazibuko, Yoliswa Miya, Nokuthula Ngcobo, Nithendra Manickchund, Nombulelo Magula, Quarraisha Abdool Karim, Anne von Gottberg, Salim S. Abdool Karim, Willem Hanekom, Bernadett I. Gosnell, COMMIT-KZN Team, Richard J. Lessells, Tulio de Oliveira, Mahomed-Yunus S. Moosa, Alex Sigal. medRxiv 2022.04.29.22274477; doi: https://doi.org/10.1101/2022.04.29.22274477
[4]Yunlong Richard Cao, Ayijiang Yisimayi, Fanchong Jian, Weiliang Song, Tianhe Xiao, Lei Wang, Shuo Du, Jing Wang, Qianqian Li, Xiaosu Chen, Peng Wang, Zhiying Zhang, Pulan Liu, Ran An, Xiaohua Hao, Yao Wang, Jing Wang, Rui Feng, Haiyan Sun, Lijuan Zhao, Wen Zhang, Dong Zhao, Jiang Zheng, Lingling Yu, Can Li, Na Zhang, Rui Wang, Xiao Niu, Sijie Yang, Xuetao Song, Linlin Zheng, Zhiqiang Li, Qingqing Gu, Fei Shao, Weijin Huang, Ronghua Jin, Zhongyang Shen, Youchun Wang, Xiangxi Wang, Junyu Xiao, Xiaoliang Sunney Xie. BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection. bioRxiv 2022.04.30.489997; doi: https://doi.org/10.1101/2022.04.30.489997
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感谢
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#Nat#
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非常感谢🙏。
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中国的mRNA疫苗将何去何从 一文为何被删？
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病毒🦠也有生存，变异是必然的
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认真学习～～
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#新冠肺炎#哦
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