ARD：与系统性红斑狼疮疾病活动相关的T细胞3D基因组改变
2022-09-20 MedSci原创 MedSci原创
这篇研究旨在阐明3D基因组结构及其在系统性红斑狼疮(SLE)失调的基因表达网络中的作用，揭示表观遗传机制并突出染色体结构、遗传变异和基因表达控制之间的关系在SLE的发病机制中的作用。
目的：系统性红斑狼疮（SLE）是一种复杂的自身免疫性疾病，在表观遗传水平得到广泛研究，包括 DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA。三维（3D）基因组改变可以通过以组织特异性或细胞特异性方式改变染色体内的物理相互作用来调节基因表达并导致疾病。陆前进教授团队的这篇研究旨在阐明3D基因组结构及其在系统性红斑狼疮(SLE)失调的基因表达网络中的作用。
方法：使用来自7名SLE患者和5名年龄匹配和性别匹配的健康对照(HC)的CD4+ T细胞结合RNA测序分析进行Hi-C实验。对SLE中改变的环相关基因位点进行了进一步的综合分析，包括转录因子基序富集、SPI1敲低和组蛋白修饰（H3K27ac、H3K4me1、H3K4me3）。
结果：研究人员破译了SLE患者T细胞中的3D染色体组织，发现它与HCs明显不同，并且与SLE的疾病活动密切相关。重要的是，确定了与SLE疾病活动和差异表达基因相关的染色体内的环，并发现了靠近这些环的一些关键组蛋白修饰。此外，该研究证明了转录因子SPI1（其基序位于SLE改变的环中）对干扰素通路基因过表达的贡献。最后，这篇研究确定了遗传变异对SLE 3D 基因组改变的潜在影响。
结论：这些发现有助于揭示表观遗传机制并突出染色体结构、遗传变异和基因表达控制之间的关系在SLE的发病机制中的作用，以及提供用于诊断SLE的生物标志物和疾病治疗的目标。
出处：Zhao M, Feng D, Hu L, et al 3D genome alterations in T cells associated with disease activity of systemic lupus erythematosus. Annals of the Rheumatic Diseases Published Online First: 01 September 2022. doi: 10.1136/ard-2022-222653
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