J Mol Path | 英国GenQA评估变异解读系统与人工解读之间的一致性

2022-08-09 肿瘤新前沿 凯杰

完善和每周实时更新的注释信息,尤其是人工阅读文献收集的证据,为变异位点的评级提供了充足的功能实验、共分离、新发突变、共突变等证据。

 过去二十多年分子诊断技术的发展,让临床医生对癌症的理解更加深入、可选择的治疗方法更加多样化。尤其是高通量NGS技术,可以一次检测多种变异类型,指导患者靶向药物选择、耐药性评估、预后等。越来越多的研究和临床应用也开始采用几百基因的大Panel,甚至全外显子组。然而,基因数量的增加,随之而来的问题是检测到的变异信息也快速增长。如何准确追踪最新研究进展,快速对变异位点的生物学和临床意义进行注释,是目前亟需解决的挑战。

近年来,工业界也陆续推出多款商业化变异位点解读辅助系统。然而,由于缺少专家一致认可的变异分类“金标准”数据集,辅助系统解读结果与专家解读结果之间一致性的评估则成为了行业痛点。为了解决这一痛点, QIAGEN公司联合英国GenQA(基因组质量评估)组织了8个独立实验室,收集了来自34个血液瘤和43个实体瘤的变异位点文件,同时组织了一个专家评级委员会,评估QCI Interpret(QCII)系统解读结果与专家评级的一致性。结果发现,在149个被评级为Tier1或Tier2的变异位点中,QCII对14个位点(14/149, 9%)的评级结果与专家评级不一致;而8个独立实验室的人工评级结果中,有41个位点(41/149,28%)与专家评级不一致。表明人工解读对变异的分类具有明显的主观性,QCII能够更好的助力变异位点解读标准化。

QCII和人工变异评级结果比较

 

血液瘤

实体瘤

总数

VCFs文件

34

43

77

总变异位点数

78,213

139,505

217,718

评级Tier1或Tier2位点数

76

73

149

QCII与专家不一致位点数

5

9

14(9%)

人工评级与专家不一致位点数

24

17

41(28%)

此外,该研究也表明变异位点的人工解读非常具有挑战性,解读人员需要同时参考多个指南、变异位点多样性的生物学功能、快速更新的临床证据以及准确的临床表型信息。近期,美国顶尖的医学中心统计发现,采用523个基因的Panel进行体细胞突变检测,每个样本人工解读时间平均需要6.5个小时,而采用解读辅助系统则可以大大减少时间和人力的投入。

血液瘤变异位点评估

来自34个血液瘤样本的76个变异位点被评级为Tier1或Tier2,其中45个位点QCII的评级与独立实验室的人工评级一致,31个位点QCII的评级与人工评级不一致。经过专家委员会的评估,18个位点最终采纳了QCII的评级结果;8个位点专家委员会没有达成一致;5个位点最终采纳了独立实验室的人工评级结果。                

图1. 血液瘤变异位点解读结果

8个没有达成一致的位点中,7个来自TET2基因,1个来自PTPN11基因。TET2中的6个位点,不管是QCII系统还是专家委员会或独立实验室的评级均是pathogenic。另外一个位点,QCII评级为Tier2,专家委员会及独立实验室评级为VUS。虽然TET2的7个位点评级没有达成一致,但是专家委员会一致认为这7个位点评级的差异对临床治疗指导影响非常小,均需要在报告中出现。

实体瘤变异位点评估

来自43个实体瘤样本的73个变异位点被评级为Tier1或Tier2,其中34个位点QCII的评级与独立实验室的人工评级一致,39个位点QCII的评级与人工评级不一致。经过专家委员会的评估,30个位点最终采纳了QCII的评级结果;9个位点最终采纳了独立实验室的人工评级结果。

图2. 实体瘤变异位点解读结果

在评级不一致的39个位点中,10个位点来自TP53,独立实验室人工评级为Tier3。但是QCII系统可以自动匹配到基于TP53突变开展的最新临床试验,因此将其评级为Tier2C,专家委员会也一致同意这些临床试验可以支持QCII的评级结果。剩下的9个位点中,QCII将EP300 p.Gly211Ser位点评级为Tier2C,但是专家委员会认为该位点在gnomAD数据库中的频率>1%,应该被评级为Tier4。QCII之所以将该位点评级为Tier2C是因为在QIAGEN Knowledge base中匹配到了一篇报道EP300 p.Gly211Ser体细胞突变与乳腺癌之间相关的证据[1]。

全面的注释信息

据悉,QIAGEN推出的变异位点解读系统QCII,基于专家整理的QIANGE Knowledge Base知识库。该知识库目前已收录6,100,000个变异位点、21,000,000条生物学证据、270,000条总结的生物学功能影响、310,000篇人工阅读文献、5,600种药物信息、6,300个临床试验、76,000种疾病类型,同时也整合了常用的经典数据库(Clinvar, dbSNP等)、HGMD专业版及COSMIC商业版数据库。完善和每周实时更新的注释信息,尤其是人工阅读文献收集的证据,为变异位点的评级提供了充足的功能实验、共分离、新发突变、共突变等证据。

参考文献:

1.Breast Cancer Res Treat. 2018 Nov;172(2):339-351. doi: 10.1007/s10549-018-4927-3

2.J. Mol. Pathol. 2022, 3(3), 125-139; doi:10.3390/jmp3030012

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作者:测序中国

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  1. 2022-08-09 医鸣惊人

    认真学习了

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