JCLA：三种不同丙型肝炎病毒基因分型方法的比较
2017-05-26 MedSci MedSci原创
基于遗传异质性，丙型肝炎病毒（HCV）被分为7个主要基因型和64个亚型。尽管序列存在一定的异质性，但是所有基因型在大开放阅读框架内共享相同的共线基因。这些基因之间的遗传相互关系在基因型之间是一致的。由于这一性质，其实并不需要对HCV基因组完整测序。 HCV基因型以及亚型分型对于抗病毒治疗至关重要，某些基因型还与肝硬化增加相关。
近日，国际杂志Journal of
Clinical Laboratory Analysis上在线发表一项关于印度南部三级保健医院开展的三种不同丙型肝炎病毒基因分型方法的比较研究。
基于遗传异质性，丙型肝炎病毒（HCV）被分为7个主要基因型和64个亚型。尽管序列存在一定的异质性，但是所有基因型在大开放阅读框架内共享相同的共线基因。这些基因之间的遗传相互关系在基因型之间是一致的。由于这一性质，其实并不需要对HCV基因组完整测序。 HCV基因型以及亚型分型对于抗病毒治疗至关重要，某些基因型还与肝硬化增加相关。
在本研究中，研究人员从进行常规HCV基因型鉴定的个体收集了100个血液样本。对这些样品用两种不同基因分型方法（5'NCR PCR-RFLP和HCV核心型特异性PCR）于NS5b测序进行比较。
在使用5'NCR PCR-RFLP和HCV核心型特异性PCR进行基因分型的100个样品中，90％（κ= 0.913，P
<0.00）和96％（κ= 0.794，P <0.00）分别与NS5b测序相关。采用5'NCR PCR-RFLP和HCV核心型特异性PCR，分别有60％和75％的不一致样品属于基因型6。所有HCV基因型1亚型均能够通过两种方法准确分类。
该研究表明，基于5'NCR的PCR-RFLP和HCV核心型特异性PCR的测定能够正确地鉴定来自该区域的基因型6之外的其它HCV基因型。 研究认为HCV核心区域的直接测序能够鉴定来自该区域的所有基因型6，并且可用作NS5b测序的替代手段。
原始出处：
Hubert
D.-J. Daniel, Joel David, et.al. Comparison of Three Different Hepatitis C
Virus Genotyping Methods: 5′NCR PCR-RFLP, Core Type-Specific PCR, and
NS5b Sequencing in a Tertiary Care Hospital in South India.
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