Brief Bioinform：癌症发病机制研究新进展
2017-03-26 MedSci MedSci原创
识别癌症样本与正常对照组之间的，差异表达的小分子核糖核酸(DE miRNAs)，是一种常见的研究致癌机制的方法。然而，在群体中进行DE miRNAs的检测时，我们并不知道其是否会在一个特定的癌症样本中进行差异性表达。该研究发现，在特定类型的正常组织中，成对的miRNA的相对表达序具有高度的稳定性，但在对应的癌症组织中表现出十分的紊乱。该研究者提出一个方法,称为RankMiRNA
识别癌症样本与正常对照组之间的，差异表达的小分子核糖核酸(DE miRNAs)，是一种常见的研究致癌机制的方法。然而，在群体中进行DE miRNAs的检测时，我们并不知道其是否会在一个特定的癌症样本中进行差异性表达。
该研究发现，在特定类型的正常组织中，成对的miRNA的相对表达序具有高度的稳定性，但在对应的癌症组织中表现出十分的紊乱。该研究者提出一个方法,称为RankMiRNA，可用来识别DE miRNAs在正常状态的自身组织与癌组织中的区别。用癌组织及正常的邻近组织的配对miRNA表达图谱，对肺癌和肝癌进行评估。RankMiRNA表现出了优异的性能。
最后，该研究者对个体层面的差异表达分析的应用举了一个例子。在不少于90%的肺癌组织中找出了miRNA的差异表达，定义为普通型DE miRNAs。在对癌症基因组图谱中991例癌症样本，使用RankMiRNA进行了DE miRNAs定义后，该研究者发现，在991例癌症样本中，大于90%的hsa-mir-210反应性上调，而hsa-mir-490和hsa-mir-486反应性被抑制。这些普通型DE miRNAs，均是用癌组织及正常的邻近组织进行配对，并用不同的检测方法进行验证的。
最终该研究得出：RankMiRNA为我们提供了一种新的手段，来检测癌症的普通型的和特定亚型的miRNA。提供了一种研究癌症发病机制的新方法。
原始出处：
Yan H，Cai H，Guan Q，et al.Individualized analysis of differentially expressed miRNAs with application to the identification of miRNAs deregulated commonly in lung cancer tissues.Brief Bioinform. 2017 Feb 23. doi： 10.1093/bib/bbx015.
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