Nature：支原体污染侵袭了多少细胞学研究？
2014-07-31 MedSci MedSci原创
每当John Hogenesch看到自己实验员的脸上布满阴云，他就知道细胞培养又出了岔子。这时他就会建议，“检查下支原体污染吧”。 在细胞研究领域，支原体是臭名昭著的污染源，许多实验室都深受其害。日前宾夕法尼亚大学的研究人员发现，支原体污染比我们想象的更加普遍。 支原体感染能在不知不觉中干扰研究结果，浪费大量的资金投入。为此，Hogenesch和Anthony
每当John Hogenesch看到自己实验员的脸上布满阴云，他就知道细胞培养又出了岔子。这时他就会建议，“检查下支原体污染吧”。
在细胞研究领域，支原体是臭名昭著的污染源，许多实验室都深受其害。日前宾夕法尼亚大学的研究人员发现，支原体污染比我们想象的更加普遍。
支原体感染能在不知不觉中干扰研究结果，浪费大量的资金投入。为此，Hogenesch和Anthony Olarerin-George进行了广泛的样本分析，他们发现目前有超过十分之一的基因表达研究（许多曾发表在顶尖杂志上），表现出支原体污染的迹象。
Hogenesch实验室去年就遇到过一次支原体污染，虽然问题很快得到解决，但仍然浪费了大约100,000美元和一年的研究。支原体一般来自于实验室工作人员，它们很快就能生根，一次小小的疏忽就可能使整个实验室的细胞受到污染。其他许多微生物污染会使培养基变得浑浊，可支原体污染完全是不留痕迹的， 而且细胞培养中常用的抗生素都杀不死支原体。
支原体一直是个令人头疼的问题。早期的HeLa细胞培养深受其害，HeLa细胞系建立于二十世纪五十年代，被广泛用于各种领域的研究。1993年的研究显示，美国FDA实验室的两万个培养物中有15%受到了支原体的污染。现在，供应细胞和试剂的公司都会进行非常严格的支原体筛查。
为了全面了解支原体污染情况，Hogenesch和Olarerin-George获得了九千多份样本的RNA测序数据，这些样本来自于2012年 -2013年间哺乳动物细胞的基因表达研究。他们在测序数据中寻找支原体DNA，结果发现11%的样本都受到了支原体的污染。
Hogenesch指出，支原体DNA水平最高的一些研究，曾发表在Cell、Nature和PNAS等顶尖杂志上。虽然支原体污染并不一定意味着这些研究结果无效，但这种微生物会影响数百个基因的表达，并与细胞竞争营养阻碍细胞的生长。在其中一组受污染的数据中（淋巴瘤细胞），Hogenesch和 Olarerin-George鉴定了61个被支原体改变的基因。相关数据目前可以在bioRχiv网站上看到，Hogenesch等人很快就会将自己的发现提交给同行评议的杂志。
污染是“草率操作”的结果，德国菌种保藏中心的Hans Drexler说，“支原体并非凭空出现，是被人带到细胞培养物中的。” Drexler对这项研究的结果并不惊讶，他在2010-2013年间收到的人白血病细胞和淋巴瘤细胞中，受到支原体污染的比例也差不多是十分之一。不过这已经算是有进步了，因为二十世纪九十年代的支原体污染率是四分之一。
Drexler认为，支原体污染持续存在的根源在于，研究界的细胞系“黑市交易”，研究者们常常很随意的共享细胞培养物。他估计这类细胞系中差不多有 10%受到污染，而来自正规供应商的细胞系则不存在支原体污染。为此，他呼吁研究者们多花点钱从信誉良好的地方获取细胞系，并且对已有的细胞系进行支原体检测。
“我们必须一直保持警惕，及时清除受到支原体感染的细胞，将其中的微生物一同摧毁。” Hogenesch说。
原始出处：
Ewen Callaway. Contamination hits cell work. Nature, 29 July 2014; doi:10.1038/511518a
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我啊啊，还有这情况
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难怪细胞总是养不好!
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盲人摸象
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多少科研结果真的可信？
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