Nat Med：外显子测序帮助筛查新生儿先天性代谢错误
2020-08-18 MedSci原创 MedSci原创
公共卫生新生儿筛查(NBS)计划提供了人口规模的罕见的、可治疗的、需要紧急干预的疾病的确定方案。目前，串联质谱（MS/MS）被广泛用于筛查新生儿的一系列罕见的先天性代谢错误（IEMs）。
公共卫生新生儿筛查(NBS)计划提供了人口规模的罕见的、可治疗的、需要紧急干预的疾病的确定方案。目前，串联质谱（MS/MS）被广泛用于筛查新生儿的一系列罕见的先天性代谢错误（IEMs）。
有效的人口水平NBS必须迅速识别少数个体的疾病风险，具有非凡的灵敏度，高特异性，并且不会占用过多的人工审查。在加州，对48种不同的IEM进行MS/MS的NBS达到了99.0%的灵敏度和>99.8%的特异性。但是，对于某些疾病，MS/MS仍然具有较低的阳性预测值，结果可能是非特异性的。
基因组测序，现在通常用于诊断罕见疾病，已被推荐用于重症监护室的几乎所有重症儿童，并被建议对所有新生儿进行个性化医疗护理，用于筛查新生儿疾病。
然而至今为止，人口规模的研究，以建立NBS测序的性能特点还没有被报道。NBS IEMs提供了一个理想的模型，以评估测序在人口筛查中的作用，因为大多数新生儿代谢疾病是孟德尔疾病，我们对其影响的生化途径已经有了良好的理解，许多已被广泛研究。
此外，基于序列的IEMs检测的灵敏度和特异性可以直接与目前的MS/MS筛查进行比较。通过研究WES来识别已被纳入国家统计局的IEMs，也可以说明其对无法通过MS/MS检测的可治疗疾病的潜在效用。
最近，研究人员在Nature Medicine杂志上发文，讲述了一项名为NBSeq的项目，其评估了全外显子组测序（WES）作为NBS的创新方法。
从2005年中至2013年在加州出生的450万婴儿和一些通过MS/MS筛查出阳性的婴儿中，研究人员获得了存档的残留干血点和几乎所有IEM病例的数据。
研究人员发现，WES的总体灵敏度为88%，特异性为98.4%，而MS/MS的灵敏度和特异性分别为99.0%和99.8%，但其对各个IEM的有效性有所不同。
全外显子组测序设计和分析
因此，WES单独的敏感性或特异性不足，不能作为大多数NBS IEMs的初筛方式。然而，作为MS/MS筛查异常的婴儿的辅助检查，WES可以减少假阳性结果，有利于及时确定病例，在某些情况下甚至可以获得比最初得到的诊断更合适或更特异的诊断。
这项研究代表了迄今为止最大规模的对整个IEM影响病例人群的测序工作，对WES作为人群筛查工具的当前能力进行了无偏见的评估。
原始出处：
Aashish N. Adhikari et al. The role of exome sequencing in newborn screening for inborn errors of metabolism, Nature Medicine (2020).
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