通过全基因组研究(GWAS)识别HCV诱发肝细胞癌的易感基因座

2011-04-04

  丙型肝炎病毒(HCV)感染是发生肝细胞癌(HCC)的一个主要危险因素。日本学者Kato1等人研究了HCV感染者发生HCC的宿主遗传因素,结果显示MK基因的遗传变异是预测HCV诱发HCC的生物标志物。   为了识别HCV诱导HCC的遗传易感因素,研究者们使用日本721例HCV诱发HCC病例和2890例HCV阴性对照的432703个常染色体 SNP,进行全基因组相关性研究(GWAS)。由于从慢性

  丙型肝炎病毒(HCV)感染是发生肝细胞癌(HCC)的一个主要危险因素。日本学者Kato1等人研究了HCV感染者发生HCC的宿主遗传因素,结果显示MK基因的遗传变异是预测HCV诱发HCC的生物标志物。

  为了识别HCV诱导HCC的遗传易感因素,研究者们使用日本721例HCV诱发HCC病例和2890例HCV阴性对照的432703个常染色体 SNP,进行全基因组相关性研究(GWAS)。由于从慢性丙型肝炎(CHC)到HCC的进展受年龄、性别因素的强影响,研究者在分析中将年龄和性别作为所有检测位点的共变量进行logistic回归分析。对于在GWAS中显示可能有关联(P<1×10-5)的单核苷酸多态性(SNP),进一步在673个病例和2596名对照者中进行基因型分析。

  通过GWAS,共识别出8个独立的显示可能有关联的位点。复制后,发现MK基因的5’端侧翼区中有一个新位点(SNP)(P联合=4.21x10-13,OR=1.39)与HCV诱发的HCC强相关,而其余7个SNP不能复制此关联性。在CHC患者中进行的后续分析提示,该SNP与CHC易感性不相关(P=0.61),但与CHC向HCC的进展显著相关(P=3.13x10-8)。研究者还发现,SNP的危险等位基因与HCV诱发HCC患者中血清MK水平较低相关(P=1.38x10-13)。

其它类似文献:

识别新的原发性硬化性胆管炎易感基因座 http://www.medsci.cn/shownews.asp?id=2467

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