课题设计——医学科研课题设计思路

2017-06-27 季国庆博士 吉凯基因

来自:吉凯基因季国庆博士很多人在设计课题时,很是缺方向感。其实,设计课题的最终是要发表文章(应用课题除外,药靶寻找和鉴定的课题,在此讨论范围之内)。所以,如果要设计个课题,拿篇高分SCI文章作为参考基本上不会走偏,但不少人选择文章偏了。一个研究课题能够发表,关键看创新性,而科研中,很多地方都可以有创新性。但什么样的创新是最合适的呢。今天就给大家介绍个经典的思路。  ①研究目的:探索出-A基因通

来自:吉凯基因季国庆博士


很多人在设计课题时,很是缺方向感。其实,设计课题的最终是要发表文章(应用课题除外,药靶寻找和鉴定的课题,在此讨论范围之内)。所以,如果要设计个课题,拿篇高分SCI文章作为参考基本上不会走偏,但不少人选择文章偏了。


一个研究课题能够发表,关键看创新性,而科研中,很多地方都可以有创新性。但什么样的创新是最合适的呢。今天就给大家介绍个经典的思路。


  ①研究目的:探索出-A基因通过B机制影响C疾病的D功能。

  ②创新点:首次报道A基因在C疾病中的D功能。


科研的灵魂在于创新。也就是要做到别人没有做到的地方。对于为什么创新要放在A上,大家有兴趣看看“研究中创新做什么”这篇日志。


今天主要讨论思路。


研究内容:


一、相关性研究


注意,这里的C疾病,如果是疾病,就是临床研究,如果不是疾病,那么就是基础科学研究。比如,DNA损伤修复,前几年比较热门的研究。很多高分文章,并未涉及疾病。


那么这里的相关性研究是什么意思呢。


①对于疾病研究。疾病组织和正常组织间,所研究的基因必须有差异。这个差异,可以是表达差异(研究最多),可以是突变(这几年热门的GWAS突变检测,不过现在检测到的新突变,没有功能研究,发不了好文章了),可以是修饰(表观遗传学)。等等。Anyway,必须存在差异。不然这个基因就不叫这个疾病的相关基因了。在做的时候,样品量越多,检测方法越多,基因与疾病的相关性越紧密,这个数据就越好了。文章档次也就高了。


②对于非疾病。在生理情况下,不同条件下,基因有差异(差异同上,不过,这里表达差异占绝大多数,其实是修饰,突变基本很少)。比如说,DNA损伤修复。采用紫外诱导DNA损伤,看处理和非处理组间,基因的差异。有时需要做梯度相关性。


在这里,大家要注意,诱导条件的控制。尽量接近天然环境。曾经跟一位国外教授聊天,他说,他在一个研究中,不用CMV启动子了。问,为啥。回答,在细胞内并没有这类强启动子。如果用这类强启动子做过表达研究,已经不是细胞正常生理状态了。非正常生理状态下的结果,对于我们科研就没有啥意义了。


二、功能研究


第一步找到的差异基因,我们要问问。中国人讲究,因果。这几天有位学佛的朋友,说,这个世界最基础的道,就是因果。呵呵。


问啥呢。问,这个差异基因,是这个疾病(科学现象,后面以疾病为代表)发生发展的因,还是果呢。


讨论是因是果,就到细胞和动物模型上来看看是否有功能表型,这个功能表型与疾病的发生发展是否存在相关性。


对于一个课题,科学性的评估,看了这个日志,您就明白了。但可执行性上,很多人就忽略了。这就是为什么,很多人拿到课题了,却没能发表好文章。有的是没有做出来,有的是做不了。所以,经常会问,您这个课题,这个领域研究中一般用的细胞及动物模型是什么,您有吗,能做吗。


三、机制探讨


为啥要做机制呢,一个重要的答案是,没有机制,我怎么知道你这个是不是假阳性呢。呵呵,所以,一个课题的深度就在于机制的深度。对于机制,做法简单分3类


① 下游信号通路检测


这个比较多,就看看A基因改变后,下游信号通路改变如何。我们经常说,要站在巨人的肩膀上。因为A基因是新的,你的A基因是否比别人的A基因更重要呢,就看你的B是谁。B越高,你的A就越重要了。


② 下游分子功能相关


前面信号通路检测,只是分子表达相关。并不是功能相关。要深入,就再做做功能相关。


a、A干扰后,B下降,细胞有功能表型。那么单独把B干扰,功能表型是否跟A干扰一致。

bA干扰后,B下降,细胞有功能表型。那么在A干扰的前提下,把B过表达,看细胞表型是否回复。这个就是大名鼎鼎的rescue实验。


重点说下,这个2,是屌丝们都能够做的。大家可以都是试试。如果结果OK,放文章里面。大大提高文章档次。如果不OK,说明A的功能不是通过B的,B的改变是非特异的。那么咋办呢。呵呵。两个路径,一条,找到真正的功能B。第二条,把1的结论放文章里面,投认可1结果的杂志(你懂的,SCI5分以内的,基本都认,有的5分以上的也认)。


③ 直接互作


这个不得了。就是必须找到与A直接互作的B。难度很大。这个地方需要有水平。以前与人聊天,说,只要发过3篇以上的JBC,在国外基本就可以申请associate位置了。为啥呢,JBC4分多呀。因为这个杂志的研究工作,基本上都是直接互作的研究。技术能力达到这个水平了。只要以后能够找到一个创新性的A,疾病也很重要,B也非常有名气。然后再跟naturescience主编搭过讪,那就有机会上naturescience,甚至cell了。


对于蛋白的直接B的寻找,方法很多。


如果A是个转录因子,那么机会就更大了。方案有两个


a. A干扰后做表达谱芯片,获差异基因listX。信息学分析A可以调控哪些基因,获基因listY,listX和listY取交集。交集基因,luc检测。如果OK,再CHIP或EMSA。如果还OK,要是一定要发10分20分。把B的rescue实验做出来。


b. CHIP on chip。具体大家度下。不过,这里跟上面的CHIP一样,需要有好用的抗体。最后要求也一样,如果一定要在短时间内搞定10分20分的reviewer。把B的rescue实验做出来。


Summary:


一、经典的科研中,A基因通过B机制影响C疾病的D功能创新性在于A。一个课题要能够发表,A需要具备3个性质。

①创新性。
②临床相关性。
③功能。

有了这3个,基本上SCI文章就有了。如果要发得高,继续往下看。

二、经典的科研中,分3大块。


①相关性数据。
②功能数据。
③机制探讨。

这3个做齐了,加上上面的3,5分的文章基本就有了。如果要发得高,就看每一步的踏实度了。如果要10分以上,就看机制的深度了。具体的参考3分5分10分的文章分析。


版权声明:
本网站所有注明“来源:梅斯医学”或“来源:MedSci原创”的文字、图片和音视频资料,版权均属于梅斯医学所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明“来源:梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章,本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,转载内容不代表本站立场。不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。
在此留言
评论区 (17)
#插入话题
  1. 2016-12-27 1e1c727em22(暂无匿称)

    讲授得特别好,很具体,实用,自己也是学习基因方面的,受益匪浅!

    0

  2. 2016-11-23 Doc. Yang

    很好,可以多学习!

    0

  3. 2016-11-07 aduah520

    讲授得特别好,很具体,实用,自己也是学习基因方面的,受益匪浅!

    0

  4. 2016-11-02 成g

    好文章,谢谢,

    0

  5. 2016-10-19 xiehhtt

    很实用哦

    0

相关资讯

中南大学校长谈科研:一个学院办几十个公司,还能搞好科研吗

5月30日,我参加了全国科技创新大会,聆听了习近平总书记所作的激动人心的报告。习近平总书记指出,实现“两个一百年”奋斗目标,实现中华民族伟大复兴的中国梦,必须坚持走中国特色自主创新道路,面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求,加快各领域科技创新,掌握全球科技竞争先机。 写论文的目的,本应是为了和同行交流科研成果,但现在的考评机制,把论文篇数和刊物级别、影响因子看得过重,把一

请收下这个天上掉下来的科研套路!

我叫林平之,是经常出来的NPC,隔壁实验室的小宝昨天在食堂居然说我们的课题没有创新性,那个张牙舞爪滴说啊!我就在后排默默滴听,然后默默拿出手机,果取关。但要我说实话,我只知道微创新,创新那种事情,真的是我们能做的么……神师兄:别在意,别人讨论创新的时候,我们就讲套路。创新那种事情,对于菜鸟而言,还有点早。给你讲个故事哈,要真的说创新,那先给你讲讲一个中年大叔的故事。这个中年大叔当年的课题是这样的:

掀起“重复实验”的盖头来:1500位科学家聚焦研究可复制性危机

超过70%的研究人员曾试图复制另一个科学家的实验并以失败告终,而超过一半的研究人员竟无法重复自己的实验。为此,《自然》杂志在线调查了1576名研究人员,结果发现研究可重复性现状令人担忧。调查结果显示,人们对待可重复性的态度经常是互相矛盾的。虽然有52%的被调查者认为,实验可重复性目前是一个大问题,但只有不到31%的人认为,无法重复出那些已发表论文的结果就意味着该结果极有可能是错误的,大部分被调

写论文3阶段:读什么?写什么?怎么改?

论文对于硕士,尤其博士,是必须的一种技能,也是一道难关。所谓大道无形,小道可走。下面给出一些博士期间的写作心得,希望能有所裨益。

王晓东:“体制外”的科研所是怎样神奇的存在

以研究细胞凋亡著名的中国、美国科学院“双料”院士王晓东,似乎一直习惯将自己隐在媒体聚光灯之外。回国十三年来,作为生命科学领域科学家的他,让公众最为“熟知”的形象应该是有着国家科技体制改革“试验田”之称的北京生命科学研究所(NIBS,下称“北生所”)创始人兼所长。 这家后来被誉为中国最高效研究所的特殊之处,在于打破了科研“铁饭碗”,采用全员聘用制,五年内不问成绩,充分给予研究人员科研自由和空

颜宁教授:科学研究只有第一

一次次对人体细胞里“门”的探索,让“70后”教授颜宁为之着迷。6月2日,清华大学生命科学学院颜宁研究组与中国疾控中心、中科院微生物所高福院士研究组合作在《细胞》杂志发表论文,首次报道了人源胆固醇转运蛋白NPC1的4.4埃分辨率冷冻电镜结构与埃博拉病毒GPcl蛋白复合体6.6埃分辨率的冷冻电镜结构,为看清NPC1介导埃博拉病毒入侵的“门”提供了分子基础。一年多前,颜宁研究组更是解开了一个困扰全球生物

打开APP