Circulation：单细胞转录组学揭示不同器官内皮细胞的转录特征
2020-09-19 MedSci原创 MedSci原创
内皮细胞(EC)根据其所处的血管和组织表现出相当大的功能异质性。虽然这些功能上的差异可能被记录在转录组中，但维持EC异质性的通路和网络尚未完全明确。
内皮细胞(EC)根据其所处的血管和组织表现出相当大的功能异质性。虽然这些功能上的差异可能被记录在转录组中，但维持EC异质性的通路和网络尚未完全明确。
为了研究EC特异性的转录基础，Paik等人分析组织特异性小鼠EC的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据，使用了多种生物信息学工具来发现scRNA-seq数据中EC异质性的标记和来源。
分析结果发现，由scRNA-seq或批量RNA-seq产生的组织特异性EC转录组测序具有强相关性，验证了该方法的可靠性。研究人员发现，有的组织（如肝、脑）的EC具有较强的组织特异性，而有的组织（如脂肪、心脏）与其他组织的EC在转录组存在相当大的重叠。此外，研究人员还鉴定出了组织特异性EC的新标志物和可能参与维持其身份的信号通路。性别在内皮细胞转录组中是一个相当大的异质性来源；Lars2是一个在雄性小鼠EC中高度富集的基因。研究人员还发现小鼠心脏和肺EC的标志物在人胎儿心脏和肺EC中保守。最后，通过分析配体和受体表达模式，研究人员确定了组织特异性EC和其他类型细胞之间潜在的血管分泌相互作用。
总之，本研究通过scRNA-seq数据揭示了维持组织特异性EC身份的转录网络，并明确了组织特异性EC间的血管分泌和功能关系。
原始出处：
David T. Paik, et al. Single-Cell RNA-seq Unveils Unique Transcriptomic Signatures of Organ-Specific Endothelial Cells. Circulation. Sep 15, 2020.
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