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如何直观的展示关联——韦恩图简介

2019-4-15 作者:曾琳 赵一鸣   来源:临床流行病学和循证医学 我要评论0
Tags: 韦恩图  

阳春三月,草长莺飞,是踏春的好日子,大家看到我们的标题图是不是如同看到了一朵美丽的花儿呢?但仔细看看此“花”非彼花,这花瓣里面怎么还藏了那么多数字呢?是的,这朵“花”其实是一类统计图,叫韦恩图(Venndiagram)或者文氏图。韦恩图是由英国数学家John Venn在1881年的时候发明的。韦恩图应用的范围很广,包括各自然科学、人文科学等各领域。维基百科里的对韦恩图的叙述是:它可以帮助我们展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”。大家还记得在初中的时候学习集合的概念么?老师在讲解交集:A∩B的时候你肯定看过下面这个图。其实这就是个两维的韦恩图。这个图非常直观的向我们展示了A特征和B特征的关系,就是观察的群体里,有7人(23.3%)同时具有A、B两种特征,而只有A特征人数是14(46.7%),只有B特征人数是9(30%)。



在医学领域韦恩图的应用很多,比如在分析基因相互关系的时候,可以通过韦恩图直观观察不同个体基因突变位点是否伴随出现。那么在我们临床研究中什么时候会用到韦恩图呢?最常见是在评价药物的安全性时,通过韦恩图可以关注哪些不良事件会伴随发生,用一个封闭曲线(圆形、椭圆或不规则形)来表示某一种不良事件,与其他不良事件的交集表示同时发生的例数。当然韦恩图的使用不仅局限在不良事件讨论中,在临床研究中想要直观展示某些现象、特征的相互关联都可以利用韦恩图这个工具。制作韦恩图当然可以使用专业的统计或者作图软件,比如:R(VennDiagram,venneuler等)、JMPclinical等。但如果上述软件可及性不好或者需要编写程序掌握起来有困难,那么小编今天给大家介绍两个在线的工具:VENNY和DrawVenn Diagram。

1. VENNY

http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

打开VENNY的网页,左边是写入数据的地方,右边就是我们制作出来的韦恩图了。VENNY最多提供做4维的韦恩图,我模拟了一个39人的数据,这39人至少有冠心病、心梗、高血压房颤中的一种,我在标1的框中写入这个特征的名称“冠心病”,同时在下面填入有冠心病的患者的ID号。另外三个维度也这样一一填入,右边就自动生成了这个图。点击图中数字,可以在左边的Result框中看到这个特征的研究对象ID号。

右边的上面提供了图像调整功能可以通过下拉菜单选择图的色彩(彩色、黑白、灰度),要不要显示构成比,图中的字体等。

2. Draw Venn Diagram

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

以上是Draw Venn Diagram的起始网页,也是数据录入的位置。韦恩图中的数据可以通过在uploadfiles部分上传数据文件,或者直接在upload lists中填入数据。默认韦恩图的维度是3个,但可以通过点击AddAnother File 或Add Another List来增加维度,最多支持5个维度。

如上图所示,我设计了五个特征:高血压、冠心病、心梗、脑梗、房颤。分别填入有相应特征的患者ID号后,点击submit,就可以得到下面的图



可视化展现了高血压、冠心病、心梗、脑梗、房颤的共患情况。如果在输入数据界面outputcontrol中选择了不对称(Non-symmetric)韦恩图的话,则可以得到下图



各位小伙伴,尤其是今年毕业的研究生,相信大家论文都写完送外审了吧,现在就可以把答辩PPT准备起来了呢。在你们的研究有没有需要展现多种特征共存或者伴随关系呢?如果有,可以利用上面两个在线工具做做韦恩图,为你的毕业答辩提升“逼格”。当然如果你觉得上面的韦恩图做得不够好看,或者形状还可以做更好的调整的话,还可以学习一下R软件的各种过韦恩图的程序包,一定能做出比这些更美观的韦恩图。



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