Blood：AML细胞中的CTCF占用率增多与其异常表达基因相关
2020-04-02 MedSci原创 MedSci原创
CTCF是基因表达的关键调节因子；CTCF通过组织染色质结构发挥作用。目前尚不清楚CTCF结合在 白血病或一般癌症中如何受到干扰。
CTCF是基因表达的关键调节因子；CTCF通过组织染色质结构发挥作用。目前尚不清楚CTCF结合在 白血病或一般癌症中如何受到干扰。
Mujahed等人在基因表达，DNA甲基化和氮杂胞苷暴露的背景下，通过ChIP-Seq在急性髓系白血病（AML）患者来源的细胞和正常骨髓（NBM）中研究CTCF结合。
与NBM相比，AML的CTCF结合增多。CTCF结合异常在关键的髓系转录因子模体上富集，如CEBPA、PU.1和RUNX1。携带TET2突变的AML的特征是CTCF结合力特别强，在启动子区域高度富集，但在一般的AML中，通常是在增强子区域富集。
CTCF结合与DNA甲基化之间存在很强的反相关性。CTCF占用的增加与基因表达上调有关，但是，基因组位置（启动子 vs 远端区域）和基序的富集（抑制辅因子 vs 激活辅因子）对基因表达模式起决定性作用。
敲除K562细胞中的CTCF会导致CTCF结合的丧失和AML中CTCF结合发生改变的基因的转录抑制，以及RUNX1/CTCF结合位点处RUNX1结合的丧失。此外，敲低CTCF会导致分化增强。
氮杂胞苷暴露导致AML患者细胞的CTCF占用发生明显改变，部分CTCF结合模式恢复到类似于NBM。
总而言之，本研究提示在AML中，靶向对AML发展的至关重要的基因及其表达的CTCF占用率异常增多。
原始出处：
Huthayfa Mujahed， et al. AML Displays Increased CTCF Occupancy Associated to Aberrant Gene Expression and Transcription Factor Binding. Blood. March 31， 2020.
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