Blood:AML细胞中的CTCF占用率增多与其异常表达基因相关

2020-04-02 MedSci原创 MedSci原创

CTCF是基因表达的关键调节因子;CTCF通过组织染色质结构发挥作用。目前尚不清楚CTCF结合在 白血病或一般癌症中如何受到干扰。

CTCF是基因表达的关键调节因子;CTCF通过组织染色质结构发挥作用。目前尚不清楚CTCF结合在 白血病或一般癌症中如何受到干扰。

Mujahed等人在基因表达,DNA甲基化和氮杂胞苷暴露的背景下,通过ChIP-Seq在急性髓系白血病(AML)患者来源的细胞和正常骨髓(NBM)中研究CTCF结合。

与NBM相比,AML的CTCF结合增多。CTCF结合异常在关键的髓系转录因子模体上富集,如CEBPA、PU.1和RUNX1。携带TET2突变的AML的特征是CTCF结合力特别强,在启动子区域高度富集,但在一般的AML中,通常是在增强子区域富集。

CTCF结合与DNA甲基化之间存在很强的反相关性。CTCF占用的增加与基因表达上调有关,但是,基因组位置(启动子 vs 远端区域)和基序的富集(抑制辅因子 vs 激活辅因子)对基因表达模式起决定性作用。

敲除K562细胞中的CTCF会导致CTCF结合的丧失和AML中CTCF结合发生改变的基因的转录抑制,以及RUNX1/CTCF结合位点处RUNX1结合的丧失。此外,敲低CTCF会导致分化增强。

氮杂胞苷暴露导致AML患者细胞的CTCF占用发生明显改变,部分CTCF结合模式恢复到类似于NBM。

总而言之,本研究提示在AML中,靶向对AML发展的至关重要的基因及其表达的CTCF占用率异常增多。

原始出处:

Huthayfa Mujahed, et al. AML Displays Increased CTCF Occupancy Associated to Aberrant Gene Expression and Transcription Factor Binding. Blood. March 31, 2020.

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