NF2、LZTR1和SMARCB1相关神经鞘瘤病的基因组特征，高深度测序助力嵌合型NF2变异检出

深度解析医学证据，DeepEvidence为你支撑决策

三种主要的神经鞘瘤病相关基因NF2、LZTR1和SMARCB1均位于22号染色体约9Mb的区域内，这三种基因的突变会引发三种基因学特征不同但临床表型高度重叠的疾病。所有类型的神经鞘瘤病均易导致多发性神经鞘瘤的发生，但其肿瘤发病部位和长期预后存在差异。此外，高度嵌合型病变会增加临床诊断的难度。基因诊断对于区分这三种疾病、优化临床管理至关重要，在嵌合型病变病例中尤为如此。本文综述了各类神经鞘瘤病的临床和基因学特征差异，并探讨了用于检测此类疾病相关变异的常用基因分析手段。

研究背景

神经鞘瘤病（SWN）是一组基因学特征不同、呈常染色体显性遗传的肿瘤易感性综合征，其临床表型存在重叠。与神经鞘瘤病相关的三个主要基因为NF2、SMARCB1和LZTR1。所有类型的神经鞘瘤病均易导致多发性神经鞘瘤的发生，肿瘤可累及整个神经系统，出现在颅神经、脊神经和/或周围神经上。NF2相关型神经鞘瘤病（NF2-SWN）是最常见的类型（根据英国数据，其患病率为1/60000），其特征为易发生多发性神经鞘瘤、脑膜瘤和室管膜瘤。几乎所有非嵌合型NF2-SWN患者都会发展为双侧前庭神经鞘瘤，这类肿瘤会导致重度听力损失的高风险，患者需借助助听器或人工听觉脑干植入装置改善听力。超过50%的NF2-SWN患者会发生至少1例脑膜瘤，约30%的患者会发生室管膜瘤。脑膜瘤因其发病部位引发的机体损伤，成为疾病严重程度的标志物。NF2-SWN还会表现出特征性的眼部症状，包括视网膜错构瘤、晶状体混浊和视网膜前膜。

非NF2相关型神经鞘瘤病通常表现为多发性非真皮内周围神经鞘瘤和脊髓神经鞘瘤。这类肿瘤常伴随剧烈的药物难以缓解的疼痛，有研究表明，疼痛程度可能与致病基因（即SMARCB1或LZTR1）相关。已有研究证实，疼痛性神经鞘瘤表达的白细胞介素-6、白细胞介素-8和血管内皮生长因子（VEGF）等炎性细胞因子水平高于非疼痛性神经鞘瘤，且SMARCB1致病性变异相关神经鞘瘤的分泌组与LZTR1致病性变异相关神经鞘瘤的分泌组存在差异。

非前庭颅神经鞘瘤的发病率低于周围神经鞘瘤。目前尚未有LZTR1相关型神经鞘瘤病（LZTR1-SWN）患者发生脑膜瘤的报道，但约5%的SMARCB1相关型神经鞘瘤病（SMARCB1-SWN）患者会出现脑膜瘤。与之相反，目前尚无确凿证据表明SMARCB1-SWN与前庭神经鞘瘤相关，但约5%的LZTR1-SWN患者会发生前庭神经鞘瘤。

各类神经鞘瘤病的预后存在差异，例如NF2-SWN患者的预期寿命会缩短。其临床管理需求也各不相同，如NF2-SWN患者可采用贝伐珠单抗治疗，而非NF2-SWN合并疼痛性神经鞘瘤的患者则需使用止痛药或接受手术治疗。准确的基因诊断对于区分这些疾病、为可能存在嵌合型病变的个体进行精准的遗传风险评估，以及实施最优的临床管理和监测具有关键意义。研究表明，NF2-SWN患者中，良性肿瘤接受放射治疗后20年的恶性转化风险为6%，而未接受放射治疗的肿瘤该风险低于1%，因此对于存在NF2胚系致病性变异的患者，不建议将放射治疗作为一线治疗方案。

当前的临床诊断指南已将基因诊断列为区分各类神经鞘瘤病的标准之一，这也凸显了基因检测的重要性。本文总结了这些疾病的特征差异，并探讨了检测其相关变异的常用基因分析手段。

NF2-SWN的基因学特征

NF2-SWN最初被认为是神经纤维瘤病的一个亚型，但神经纤维瘤并非其临床表型的组成部分。1993年NF2基因的发现，明确将NF2-SWN界定为一种独立于神经纤维瘤病的疾病。NF2基因全长95kb，位于22号染色体q12.2区，包含17个编码外显子，可编码两种主要的剪接异构体，差异在于最后一个外显子。美国国家生物技术信息中心（NCBI）和欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）的匹配注释（MANE）选定的转录本为异构体1（NM_000268.4），包含外显子1-15和17，编码由595个氨基酸组成的蛋白质，该异构体被认为具有临床相关性。异构体2（NM_016418.5）包含全部外显子，但其外显子16存在终止密码子，导致外显子17无法翻译，最终编码出一种更短的、由590个氨基酸组成且C端序列不同的蛋白质。图1展示了各神经鞘瘤病相关基因编码蛋白的主要结构域示意图，并标注了编码各结构域的外显子。

图1

NF2基因的编码产物为膜突蛋白、埃兹蛋白、根蛋白样蛋白（Merlin），该蛋白作为肌动蛋白细胞骨架与细胞膜组分之间的连接分子，包含三个参与蛋白质间相互作用的FERM（4.1、埃兹蛋白、根蛋白、膜突蛋白）结构域。FERM1结构域由前3个外显子编码，FERM2结构域由外显子4-6编码，FERM3结构域大致由外显子7-9编码，这三个结构域折叠成“三叶形”构象。其后是由外显子10-13编码的α-螺旋结构域，以及由外显子14-15编码的C端尾部结构域。α-螺旋结构域的折叠会使C端和N端结构域相互靠近，当Merlin蛋白处于这种折叠的“闭合”构象时，无法与肌动蛋白结合；当N端和C端结构域解离，Merlin蛋白形成“开放”构象，并发生同源二聚化，其蛋白质结合特性也会随之改变。这些特征凸显了Merlin蛋白构象的重要性，也解释了为何导致正常蛋白折叠异常的致病性变异可能引发肿瘤发生。

作为抑癌基因，NF2基因需要发生双等位基因失活才能启动肿瘤的发生。对受累个体的NF2基因筛查研究发现，多种胚系变异可作为“第一次打击”，使个体易患NF2-SWN，包括截短型变异（无义突变、移码突变和部分剪接位点变异）以及非截短型变异（错义突变和部分剪接位点变异）。致病性变异遍布整个编码区，但最后两个外显子（即选择性剪接的外显子16和17）除外。大多数NF2胚系致病性变异为单核苷酸变异或小片段插入缺失。剪接区变异约占NF2致病性变异的30%，而基因内拷贝数变异（CNV）、全基因缺失和更大的结构变异（SV）约占NF2-SWN家系中易感性变异的20%。对小片段变异的基因型-表型分析表明，变异在基因内的位置与疾病严重程度相关。基因前端的变异通常比基因后端的变异引发更严重的临床表型，脑膜瘤的发生和发病年龄提前等疾病严重程度标志物可印证这一点。

研究人员在两个NF2-SWN家系的多名成员中，还发现了位于5'非翻译区（5’-UTR）的致病性变异c.66_65insT。非编码区的变异通常更难鉴定，因其效应往往难以解读。但对c.66_65insT变异的生物信息学分析表明，该变异改变了一个已被核糖体图谱分析发现的上游开放阅读框（uORF）的读码框，这种移码突变破坏了uORF的终止密码子，导致uORF的翻译持续经过NF2的经典翻译起始密码子，从而降低了野生型转录本的表达。

如上所述，约20%的NF2致病性变异为较大的基因内缺失/重复或全基因缺失。与小片段截短型变异相比，全基因缺失通常导致较轻的临床表型，这与NF1胚系全基因缺失往往引发更严重表型的特点相反。研究认为，NF2全基因缺失引发较轻表型的原因在于，缺失区域内无其他抑癌基因，且以大片段缺失为原发性致病性变异的患者，其肿瘤中发生影响反式等位基因的第二次体细胞变异的机制受到抑制。这一理论得到了相关研究的支持：胚系全基因缺失患者的肿瘤中未发现杂合性缺失（LOH）事件，而以单核苷酸变异为第一次基因打击的患者，其约75%的肿瘤中均存在LOH这一最常见的第二次打击。偶尔在检测前庭神经鞘瘤时，会发现多个第二次打击的存在，这与该类型肿瘤的多灶性发生特点相关。

NF2基因一个较为复杂的基因学特征是，散发性NF2-SWN患者中嵌合现象的发生频率极高。研究认为，胚胎发育早期NF2基因特定CpG二核苷酸序列的甲基化，可能是导致大量新生突变事件的原因，因为在CpG二核苷酸位点发生的少数复发性无义突变，占了NF2新生致病性变异的一半以上。研究还发现，这类重度截短型变异比轻度非截短型变异更易以嵌合形式存在；而非截短型变异更易以遗传性杂合形式被检测到，因其以嵌合形式存在时通常无明显症状。嵌合型NF2-SWN患者的后代发生遗传性疾病的风险较低，且该风险可能与淋巴细胞中检测到的变异等位基因频率相关。

研究人员开发了一种基因严重程度评分系统，根据易感性变异对临床严重程度进行预测分类。在该系统中，非嵌合型截短型变异被归为重度疾病（3类）；涉及外显子1-7的剪接位点变异、不包含启动子或外显子1的大片段缺失、外显子14-15的截短型变异，以及外显子2-13的嵌合型截短型变异，均被归为中度疾病（2B类）；错义突变、框内缺失/重复、包含NF2启动子或外显子1的大片段缺失、外显子8-15的剪接位点变异、外显子1的截短型变异，以及外显子2-13的嵌合型非截短型变异，均被归为轻度疾病（2A类）。当患者符合临床诊断标准，但在血液中未检测到变异时，若在两个解剖学上相互独立的肿瘤中检测到相同的NF2变异，则可归为确诊的组织嵌合型（1B类）；若仅能获取一个肿瘤样本或无肿瘤样本可供验证，则归为疑似组织嵌合型（1A类）。

研究表明，基因严重程度评分越高，患者发生双侧前庭神经鞘瘤、颅内脑膜瘤和脊髓神经鞘瘤的可能性越大。但该评分系统对重度疾病表型的分类准确性，高于对轻度或嵌合型病例的分类。后续研究通过纳入患者成纤维细胞的蛋白表达检测，明确特定致病性变异对Merlin蛋白功能的影响，在一定程度上解决了这一问题。这些特征均凸显了分子诊断的重要性，以及了解各致病性变异对疾病严重程度影响的必要性。

SMARCB1-SWN的基因学特征

SMARCB1基因全长50kb，位于22号染色体q11.23区，在NF2基因着丝粒侧6Mb处，包含9个编码外显子，可编码两种主要的剪接异构体，差异在于外显子2末端的27个核苷酸。MANE选定的转录本为较长的转录本NM_003073.5，其编码人SWI/SNF染色质重塑复合物的核心亚基，该复合物参与调控全基因组约5%基因的表达。SMARCB1蛋白包含由外显子1-3编码的N端翼状螺旋结构域、分别由外显子5-6和外显子6-7编码的两个重复结构域，以及由外显子8-9编码的C端结构域，该C端结构域与核小体酸性区相互作用，介导染色质重塑（图1b）。

已知SMARCB1胚系致病性变异可引发至少三种不同的疾病：横纹肌样瘤易感性综合征1型（RTPS1）、神经鞘瘤病（SMARCB1-SWN）和科芬-西里斯综合征，其中仅RTPS1和SMARCB1-SWN为肿瘤综合征。科芬-西里斯综合征是一种发育障碍性疾病，表现为智力低下、特征性面部畸形和手指脚趾发育不全，这些特征在RTPS1或SMARCB1-SWN患者中均未出现。引发科芬-西里斯综合征的SMARCB1变异通常为位于C端结构域（外显子8和9）的错义突变或小片段框内插入缺失，少数变异也可见于上游外显子。大多数变异仅与其中一种疾病相关，但也有罕见病例报道，同一变异可在同一患者中同时引发神经鞘瘤病和科芬-西里斯综合征。

RTPS1是一种侵袭性儿童癌症综合征，恶性肿瘤发生风险高。与RTPS1相关的胚系变异多为功能丧失型变异，会导致蛋白表达完全缺失，其中全基因缺失的发生频率较高。有研究发现，部分家系中携带遗传性SMARCB1变异的成年个体并未发生横纹肌样瘤，因此提出这类变异引发横纹肌样瘤存在一个发育窗口期。与之相反，神经鞘瘤病相关肿瘤通常为良性，发病年龄晚于RTPS1相关肿瘤，恶性转化风险总体较低。但也有SMARCB1-SWN患者发生恶性肿瘤的报道，Manchester的研究显示，75例SMARCB1-SWN患者中有4例发生了恶性周围神经鞘膜瘤（MPNST）。SMARCB1-SWN患者中未发现全基因缺失，全外显子或多外显子缺失也极为罕见，且仅发生在最后两个外显子。引发SMARCB1-SWN的变异多为非截短型低功能变异，这类变异预计会导致蛋白表达降低和/或蛋白功能异常。家族性神经鞘瘤病患者的神经鞘瘤组织中SMARCB1蛋白的免疫组化染色研究为该结论提供了支持，其染色结果通常呈嵌合模式，表明部分细胞有蛋白表达，而部分细胞无蛋白表达。这种嵌合染色模式在散发性神经鞘瘤病相关神经鞘瘤中较少见，在孤立性神经鞘瘤中则更为罕见，后者的SMARCB1染色通常呈弥漫性。

非NF2-SWN患者的肿瘤DNA中通常可检测到SMARCB1体细胞致病性变异，这在过去曾导致其他类型神经鞘瘤病的界定出现混淆。目前已知，SMARCB1失活引发神经鞘瘤形成的机制遵循“三事件/四打击”假说（图2）：首先，胚系变异作为第一次打击；随后发生体细胞第二次事件，即野生型反式等位基因缺失，导致SMARCB1的另一个拷贝和NF2的一个拷贝同时丢失（第二次和第三次打击）；第三次事件为NF2剩余拷贝发生体细胞突变（第四次打击）。最终结果是SMARCB1和NF2的双等位基因均发生失活，但仍有部分突变型SMARCB1蛋白的残留表达。并非所有非NF2相关肿瘤中都能检测到全部四次打击，这可能由多种原因导致，例如样本中存在非肿瘤细胞的DNA。

图2

大多数SMARCB1-SWN胚系变异位于基因的5'端和3'端。首个与SMARCB1-SWN相关的致病性变异是外显子1中看似截短型的变异c.34C>T p.(Gln12Ter)，该变异被预测会引发无义介导的mRNA降解（NMD）。但后续对该变异及另外三个与SMARCB1-SWN相关、同样位于外显子1上游且预测会引发降解的变异（c.30delC、c.38delA和c.46A>T）的研究发现，这些突变转录本可通过在下游c.79_81位点的起始密码子重新起始翻译，避免被降解，这也证实了神经鞘瘤病相关变异的转录本可编码低功能蛋白的理论。

SMARCB1-SWN最常见的复发性变异是位于3'非翻译区的c.*82C>T，该变异被认为会导致转录本不稳定，进而降低蛋白表达。SMARCB1中与神经鞘瘤病相关的独特变异大多为错义突变，其中编码区最常见的复发性变异是外显子1中的错义突变c.41C>A p.(Pro14His)。

研究表明，与SMARCB1-SWN相关的剪接位点变异会产生读码框保持不变的异常转录本，但位于基因3'端的剪接位点变异更易引发读码框移位。研究发现，内含子6中的一个深内含子变异c.795+1498C>T会导致内含子6中一个隐蔽外显子的插入，进而引发提前终止和不同程度的无义介导的mRNA降解，该变异与一个家系中重度神经鞘瘤病表型相关。目前尚不清楚该变异为何引发神经鞘瘤病而非RTPS1，可能是其他修饰因子的作用，也可能是该剪接变异的“渗漏效应”使野生型转录本得以充分表达，从而产生低功能效应而非蛋白完全缺失。研究人员还在内含子5中发现了另外两个深内含子变异c.500+883T>G和c.500+887G>A，这两个变异均会导致剪接异常，产生读码框改变的转录本，但相关研究未探讨其疾病严重程度。

LZTR1-SWN的基因学特征

LZTR1基因位于22号染色体q11.21区，在SMARCB1基因上游3Mb处，全长17kb，包含21个外显子，其MANE选定的转录本为NM_006767.4。亮氨酸拉链样转录调节因子1（LZTR1）蛋白由840个氨基酸组成，N端有六个KELCH结构域，折叠成β-螺旋桨结构；C端附近有两个广谱复杂域、三轨迹域和砖状域/痘病毒和锌指域（BTB/POZ）结构域。与其他亮氨酸拉链样家族蛋白相比，LZTR1的这些结构域排列方向相反，前者的KELCH结构域位于C端，两个BTB/POZ结构域位于N端。LZTR1还包含两个部分的BTB和C端KELCH（BACK）结构域，后者可能在底物识别中发挥重要作用（图1c）。

已知BTB-KELCH超家族蛋白参与细胞形态调节、细胞迁移和基因表达调控，而LZTR1蛋白被认为通过Cullin 3泛素连接酶复合物调控RAS蛋白的泛素化，并参与MAPK通路的激活。

已知LZTR1胚系致病性变异可使个体易患至少两种疾病：神经鞘瘤病和努南综合征。努南综合征是一种发育障碍性疾病，典型症状为心脏缺陷、生长迟缓、身材矮小和面部粗糙，但无肿瘤发生风险升高的特点。神经鞘瘤病和努南综合征的相关变异存在重叠，不过LZTR1-SWN中的这类变异通常为常染色体显性遗传的功能丧失型变异，而努南综合征中则为常染色体隐性遗传模式。部分研究表明，努南综合征、1型神经纤维瘤病和神经鞘瘤病之间存在表型重叠，例如仅表现为咖啡牛奶斑的LZTR1胚系变异，也有病例报道LZTR1相关型努南综合征合并前庭神经鞘瘤或疑似神经鞘瘤的神经肿瘤。但目前多数变异的肿瘤发生风险仍不明确。研究人员在LZTR1-SWN患者中发现了遍布LZTR1基因的多种变异类型，包括无义突变、移码突变、剪接异常和错义突变。LZTR1基因的大片段缺失（包括全基因缺失）极为罕见，这一特点与NF2-SWN相似，研究认为其原因是，以大片段缺失为第一次基因打击的患者，其反式等位基因的失活机制受到抑制。22q11.2缺失综合征患者的研究为该结论提供了证据，这类患者存在包含LZTR1基因的胚系大片段缺失，其神经鞘瘤的发生风险低于普通人群。对于以大片段缺失为第一次基因打击的肿瘤，第二次打击通常为反式等位基因上的单核苷酸变异，这使得同一等位基因上的NF2基因拷贝受影响的可能性降低，因此无法遵循上述典型的三事件/四打击机制。此外，若LZTR1的两个拷贝均完全失活，其产生的致病效应可能与低功能蛋白不同，甚至可能导致细胞死亡。

LZTR1变异的解读存在一定难度，原因在于LZTR1-SWN存在不完全外显率，且部分看似致病性的变异在普通人群中的发生频率高于预期。LZTR1-SWN家系中，携带已知家族致病性变异的个体中仅约50%会发生神经鞘瘤。此外，根据基因组聚合数据库第4版（gnomAD）的数据，每323人中就有1人携带LZTR1功能丧失型变异，而LZTR1-SWN的患病率仅约1/527000，这意味着携带LZTR1杂合功能丧失型变异的人群中，仅有不到0.1%的个体实际会发展为神经鞘瘤病。因此目前的临床建议为，对于无神经鞘瘤病史且无神经鞘瘤病家族史的个体，其检测到的功能丧失型变异不应作为诊断依据。

对比神经鞘瘤病患者中LZTR1胚系功能丧失型变异的发生频率，与非癌症人群的gnomAD队列中LZTR1功能丧失型变异的发生频率发现，神经鞘瘤病患者中LZTR1功能丧失型变异的频率显著更高，这表明功能丧失型变异与神经鞘瘤病的关联总体上是明确的。病例-对照研究中，已知肿瘤易感性基因的截短型变异显示出较高的比值比，这也表明，人群数据中这些变异的发生频率高于预期，不应作为变异分类的矛盾证据。但在判断LZTR1变异的潜在致病性时，仍需特别谨慎地评估其病理效应和发生频率。

目前，许多与神经鞘瘤病相关的错义突变被归为意义未明变异（VUS）。在缺乏可靠的病例-对照数据，或无肿瘤数据证实变异保留且野生型等位基因缺失的情况下，这类变异的解读极具挑战性。此外，研究人员在神经鞘瘤病患者中发现了多个复发性截短型变异，而这些变异在英国生物银行的人群数据中也有较高的发生频率，例如c.27delG p.(Gln10Argfs*15)（英国生物银行中检出101例/389101人），病例-对照研究显示该变异的比值比为35，表明其与神经鞘瘤病易感性高度相关。与神经鞘瘤病相关的移码突变也可见于最后一个外显子。通常认为，位于倒数第二个外显子3'端50个核苷酸以内的截短型变异可逃避无义介导的mRNA降解，因此致病性较低。但变异c.2463dupA p.(Asp822ArgfsTer29)和c.2487dupA p.(Asp830Argfs*21)被预测会改变并延长LZTR1蛋白的C端，因此被认为具有致病性。

约1/3的非NF2相关型神经鞘瘤病为节段性神经鞘瘤病，但这类病例通常未检测到可明确的SMARCB1或LZTR1嵌合型变异。

神经鞘瘤病的基因检测技术

各类神经鞘瘤病的表型重叠性使得基因检测对于准确诊断和临床管理至关重要。通过全面的基因分析，NF2-SWN家系中第二代成员的变异检出率可高达95%，而标准的临床检测检出率约为87%。散发性NF2-SWN的变异检出率更低，其中非嵌合型NF2致病性变异的检出率约为37%，嵌合型NF2变异的检出率可再提高22%，散发性病例中嵌合型NF2-SWN的预估发生频率高达60%。非NF2-SWN致病性变异的检出率低于NF2-SWN，家系病例的检出率约为70%-86%，散发性病例约为30%-40%。在Manchester的研究中，对父母血液中存在嵌合型变异的儿童进行的75项预测性检测中，有10.7%的结果呈阳性；而对父母患有疑似嵌合型变异但未在血液中检出的儿童进行的85项预测性检测中，没有一项结果呈阳性。

对于符合NF2-SWN临床诊断标准的患者，初步可仅对NF2基因进行变异检测。目前针对神经鞘瘤患者的靶向panel检测通常包括NF2、SMARCB1和LZTR1的测序，部分机构的筛查还会纳入DGCR8和SMARCA4基因，尽管这两个基因与神经鞘瘤病的关联极为罕见。对于仅发生脑膜瘤的患者，胚系检测还可纳入SMARCE1和SUFU基因，这两个基因是引发非NF2相关型脑膜瘤的罕见病因。

安捷伦SureSelect定制panels等靶向测序panels的设计，至少包含每个基因的编码区以及每个外显子两端15个核苷酸的内含子序列，同时也可检测已知的内含子可能致病性/致病性变异。该方法可可靠地检测单核苷酸变异和小片段插入缺失，但靶向NGS筛查通常无法识别平衡易位或复杂倒位，且通过该方法检测到的变异通常还需通过Sanger测序等正交方法验证。

传统的Sanger测序技术可检测等位基因频率（VAF）低至约10%的嵌合型胚系变异，而测序深度至少为350×的靶向NGS panels，在部分情况下可检测到VAF低至4%的变异，这一检测限与变异类型相关，且可能受部分区域测序深度波动的影响。由于NF2-SWN的嵌合现象发生频率极高，若标准靶向测序未检测到变异，可进一步采用经优化的高深度测序检测技术以检测嵌合型变异，能够发现血液中存在但标准检测遗漏的极低水平变异，部分情况下甚至可检测到VAF低于1%的变异，若能获取肿瘤DNA进行肿瘤导向分析，检测效果会更佳。该方法可通过单个肿瘤样本和血液样本进行变异评估，但血液中极低频的嵌合型变异仍可能无法被检测到，这类变异只能通过在两个解剖学上相互独立的肿瘤中检测到相同变异来确认。研究表明，当血液中无法检测到变异时，对两个独立的肿瘤样本进行检测可提高嵌合型NF2变异的检出率，但大多数患者无法提供多个肿瘤样本，这也是大量嵌合型病变无法确诊的重要原因。Manchester的研究数据显示，179例通过NGS检测嵌合型变异频率的患者中，43例（24%）的血液中检测到VAF低于4%的低水平变异，其中4例的VAF低于1%；91例（51%）的血液中未检测到任何变异。

可通过DECoN等生物信息学工具，在靶向测序数据中检测拷贝数变异（CNV），并通过荷兰皇家艺术与科学学院的多重连接依赖探针扩增（MLPA）试剂盒或微滴式数字PCR等正交技术验证检测结果。但这些技术无法检测某些类型的CNV，例如涉及重复序列的CNV或未被靶向区域捕获的CNV。MLPA检测嵌合型变异的灵敏度也相对较低，仅能检测VAF高于30%的嵌合型变异。这一点对于NF2-SWN尤为重要，因其致病性CNV的占比高且嵌合现象发生率高，这意味着常规临床基因检测可能无法检测到大量低水平的嵌合型CNV。

深内含子剪接位点变异约占所有致病性变异的1%-5%，在NF2-SWN和SMARCB1-SWN中均已发现此类变异。标准的靶向测序panels通常不覆盖这些区域，即使是旨在包含主要神经鞘瘤病相关基因全序列的panels，也可能无法在这些区域提供足够的测序覆盖度。当检测到的潜在剪接位点变异不位于经典的±1、2剪接位点，或剪接受体位点（-20至+1）、剪接供体位点（-3至+6）区域，且无法通过生物信息学预测明确其对转录本的影响时，判断该变异是否具有致病性的难度极大。部分被预测会导致单个外显子跳跃且读码框保持不变的剪接位点变异，实际可能导致多个外显子跳跃、外显子部分缺失或内含子序列异常插入，进而破坏读码框，这会显著影响其致病性和/或相关疾病严重程度的评估。采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）和短读长测序的标准cDNA分析，可检测到大部分这类变异，但该方法仅为半定量，无法检测异构体特异性的变异，也无法评估多种剪接产物，因此在这类病例中，纳入定量RNA测序可能会提供更多信息。

仅应将根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）变异解读框架归为致病性或可能致病性的变异反馈给患者，而归为意义未明变异、良性或可能良性的变异可被储存，若后续获得新的证据，可对其进行重新分类。由美国国立卫生研究院资助的临床基因组资源库（ClinGen：https://clinicalgenome.org）通过变异注释专家小组（VCEP），持续致力于明确各已知神经鞘瘤病相关基因变异的临床意义，该小组旨在为ACMG框架在神经鞘瘤病相关变异中的应用，提供基因特异性的指导方案。

目前仍有大量病例，在对所有已知致病基因进行检测后，未发现任何变异，这类病例目前被归为未分类神经鞘瘤病（SWN-NEC）。这类基因未确诊的病例中，部分可能为嵌合型病变，在NF2-SWN中尤为常见。但也不排除存在其他尚未被发现的神经鞘瘤病相关基因的可能性。随着长读长测序等新技术的广泛应用，这些未知基因以及标准检测难以发现的其他变异类型，有望被逐步识别。

参考文献：

Smith, M.J. Molecular pathogenesis of the schwannomatosis genes and genetic testing strategies. Familial Cancer 24, 86 (2025). https://doi.org/10.1007/s10689-025-00507-2