肿瘤突变评分预测免疫治疗预后可能优于TMB

2019-12-03 李源 肿瘤资讯

欧洲肿瘤学会亚洲会议(ESMO Asia 2019),来自亚洲及全球肿瘤领域专家共聚一堂,交流学术进展。本次大会上,武汉大学人民医院肿瘤中心李源博士提出了一种预测免疫治疗预后的新方法,肿瘤突变评分对比肿瘤突变负荷预测多种肿瘤免疫治疗预后的研究获选壁报展示,并荣获ESMO Asia优异奖(Merit Award)。

欧洲肿瘤学会亚洲会议(ESMO Asia 2019),来自亚洲及全球肿瘤领域专家共聚一堂,交流学术进展。本次大会上,武汉大学人民医院肿瘤中心李源博士提出了一种预测免疫治疗预后的新方法,肿瘤突变评分对比肿瘤突变负荷预测多种肿瘤免疫治疗预后的研究获选壁报展示,并荣获ESMO Asia优异奖(Merit Award)。

李源,主治医师,武汉大学人民医院肿瘤二科 主治医师,毕业于北京协和医学院中国医学科学院肿瘤医院,从事胸部肿瘤和肿瘤生物信息领域研究,主持国家自然科学基金青年基金1项,第一作者发表SCI论文5篇,累计影响影子28分.

在2019年世界肺癌大会(WCLC 2019)上,李源博士首次报道肿瘤突变评分(Tumor Mutation Score,TMS)预测非小细胞肺癌免疫治疗疗效,研究结果显示,TMS预测非小细胞肺癌免疫治疗疗效可能优于肿瘤突变负荷(Tumor Mutation Burden, TMB),相比于TMB,TMS更加精准高效、操作简单且经济。此次ESMO Asia 2019会议上,进一步展示了TMS预测多种实体肿瘤(Pan-cancer)免疫治疗预后可能优于TMB。

背景

TMB是免疫检查点抑制剂疗效和预后的重要标志物之一,目前其检测主要基于包含庞大的基因组合(通常400+基因)的靶向基因测序。但随着基因组合、计算方法和肿瘤类型的不同,对于高TMB一直缺乏统一的cutoff值;此外,TMB在计算时纳入了所有非同义突变,包括驱动基因和一些负性相关基因突变,极大地影响了TMB作为标志物的预测效能。TMS相比TMB最大的区别在于发现其中的关键突变并剔除负性突变和不必要的突变,在精准的基础上进而实现统一的cutoff值。

方法

在1661例接受免疫治疗和TMB检测的晚期肿瘤患者中,将与好的总体生存(OS)显着相关的基因突变定义为正性突变基因。TMS定义为正性突变基因组合中含有的非同义突变的基因个数。本研究中,共鉴定出55个与Pan-cancer患者免疫治疗预后显着相关的基因。因此,基于55个正性突变基因的TMS55的值为0-55的整数。进而通过生存分析,对比了TMS55和TMB在Pan-cancer中作为免疫治疗预后标志物的预测效能。

结果

共计55基因被鉴定为正性突变基因,即具有该基因突变的患者比无突变的患者的OS显着延长。TMS55与TMB显着相关。在Pan-cancer中,高TMS55(TMS55 >5)比高TMB(各肿瘤中的top20%)对OS的预测效能更高;在10种实体肿瘤中,与TMB相比,TMS55在更多的肿瘤类型中与OS显着相关,并且HR值及P值更小,更具有显着性。比如,TMS55能够有效预测结肠癌、黑色素瘤及肾细胞癌患者免疫治疗的预后,但TMB在这些肿瘤中与OS无显着相关性。值得注意的是,有些基因突变在不同肿瘤类型中角色不同,分别和好的预后和坏的预后相关。

结论

TMS相比于TMB而言,计算方法简单,具有统一的cutoff值,预测效能更佳;同时,所需检测的基因数量由检测TMB的400+基因可降至50+基因,性价比更高。因此,TMS55预测晚期肿瘤免疫治疗疗效可能优于TMB。同时,针对不同类型肿瘤设计特异性的TMS,将可能获得更好的效果。下一步需要在大量临床研究数据中进行验证,肿瘤突变评分系统有望成为在预测临床免疫疗效和预后的一种新方法。

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