Clin Chem:DNA大小选择后,在干血滴中进行ctDNA检测

2020-07-17 MedSci原创 MedSci原创

样本采集的实际情况限制了循环肿瘤DNA (ctDNA)研究和临床应用。全基因组测序(WGS)越来越多地被用于分析ctDNA,识别拷贝数变化和片段模式。

样本采集的实际情况限制了循环肿瘤DNA (ctDNA)研究和临床应用。全基因组测序(WGS)越来越多地被用于分析ctDNA,识别拷贝数变化和片段模式。我们假设,低深度/浅深度的WGS (sWGS)数据可能来自于微量的游离DNA,而片段大小的选择可能会去除小血量中污染的基因组DNA。在样本采集方面,干血滴有实际的优势,可以促进连续采样,并可以在人类和动物模型中进行新的研究设计。

本研究开发了一种使用滤纸和基于珠粒大小选择的方法从干燥的血点中分离和分析游离DNA的方案。从干燥的血滴中提取DNA并选择大小,使用sWGS和聚合酶链反应(PCR)进行分析。

研究人员通过从冰冻的黑色素瘤患者的全血分析50μL干血,基于肿瘤特异性体细胞拷贝数变化的存在鉴定了ctDNA,并发现了与血浆DNA相似的片段大小特征。 研究发现2例晚期浆液性卵巢癌患者血斑中不同染色体的改变。 将这种方法扩展到小鼠异种移植模型中的系列干血滴,可以检测到肿瘤衍生的游离DNA,并从最初移植的腹水中鉴定到ctDNA。

本研究数据表明,ctDNA可以不仅可以从新鲜血液中,也可以总干血滴中进行监测和监测,这一发现为患者和体内模型样本收集和新的研究/试验设计提供了新的方法。

原始出处:

Katrin Heider,  Jonathan C M Wan,Detection of ctDNA from Dried Blood Spots after DNA Size Selection

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  1. 2020-07-19 wangzheng00

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