Sci Rep：高度可变区域的选择对基于16s的女性生殖道微生物研究是非常关键的
2018-07-07 AlexYang MedSci原创
二代测序方法在人类微生物群体的研究中使用广泛，主要是基于16s rRNA基因序列的部分扩增片段。然而，他们也具有缺陷，特别是在解释结果的的时候，其中包括了基于不同高度可变区域的结果的差异。最近有研究人员表明了利用V3/V4区域扩增引物在阴道微生物中要比V1/V2区域扩增引物筛选到了更大的微生物类群。特殊的是，所有的微生物物种，比如阴道加德纳菌、双歧杆菌和沙眼衣原体，这些能够影响阴道健康和疾病的类群
二代测序方法在人类微生物群体的研究中使用广泛，主要是基于16s rRNA基因序列的部分扩增片段。然而，他们也具有缺陷，特别是在解释结果的的时候，其中包括了基于不同高度可变区域的结果的差异。
最近有研究人员表明了利用V3/V4区域扩增引物在阴道微生物中要比V1/V2区域扩增引物筛选到了更大的微生物类群。特殊的是，所有的微生物物种，比如阴道加德纳菌、双歧杆菌和沙眼衣原体，这些能够影响阴道健康和疾病的类群在基于V1/V2区域扩增引物的类群分析中并不包括。相应地，丢失或者低估这些物种的频率也造成了对其他类群丰度的过高估计，并且也不能正确的评估生殖道微生物多样性情况。研究人员详尽的阐释了利用V3/V4区域扩增引物来覆盖这些类群能够对微生物多样性的评估产生巨大的影响。
最后，研究人员指出，阴道卫生物研究中扩增引物的选择对结果的生物评价具有深远的影响。
原始出处：
Simon Graspeuntner， Nathalie Loeper， Sven Künzel et al. Selection of validated hypervariable regions is crucial in 16S-based microbiota studies of the female genital tract. Sci Rep. Jun 26 2018.
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