真实世界：BRAF突变/RET融合/TMB-H广泛存在于多种晚期癌症，匹配靶向疗法显著获益

本研究报告了BRAF p.V600E（BRAF V600E）突变、高肿瘤突变负荷（TMB-H）及RET融合的发生频率，以及采用基因组匹配疗法（GMTs）治疗上述突变/融合患者的临床结局。为提高临床对基因组匹配疗法的认知并提供真实世界数据，研究者开展了KISMET项目。本文旨在报告携带以下三类分子变异的晚期癌症患者的临床特征及治疗结局：BRAF V600E突变、TMB-H及RET融合。研究者回顾性分析2020年2月至2022年5月期间接受下一代测序（NGS）检测的10,893例患者，评估上述三类泛癌种靶点的检出率。针对携带每类特定分子变异的患者队列，分别比较接受GMT与非GMT治疗患者的客观缓解率（ORR）、中位无进展生存期（mPFS）及中位总生存期（mOS）。

在可评估患者中，BRAF V600E突变检出率为6.5%（662/10,158），TMB-H检出率为11.2%（265/2,369），RET融合检出率为0.6%（42/7,105）。在NGS检测后启动新一线治疗的159例患者中，115例（72.3%）接受了GMT治疗：其中BRAF V600E突变患者85例，65例接受GMT；TMB-H患者65例，42例接受GMT；RET融合患者9例，8例接受GMT。所有患者中，GMT组与非GMT组的ORR分别为55.6% vs 12.8%（P＜0.0001）；BRAF V600E突变队列中，两组ORR分别为51% vs 17.6%（P=0.016）；TMB-H队列中，两组ORR分别为57.6% vs 9.5%（P=0.004）；RET融合队列中，两组ORR分别为75% vs 0%（P=0.30）。生存期方面，所有患者中，GMT组与非GMT组的mPFS分别为9.6个月 vs 3.7个月（P=0.001）；BRAF V600E突变队列中，两组mPFS分别为9.2个月 vs 4.2个月（P=0.08）；TMB-H队列中，两组mPFS分别为7.9个月 vs 3.7个月（P=0.04）；接受RET抑制剂治疗的8例RET融合患者，其mPFS为15.0个月。

BRAF V600E突变、TMB-H及RET融合广泛存在于多种晚期癌症中。针对上述靶点的泛癌种GMT可改善患者肿瘤学结局，这一结果支持在临床实践中整合全面NGS检测与GMT的应用价值。

• 泛癌种靶点的临床检出率具有重要意义（BRAF V600E、TMB-H和RET融合的检出率分别为6.5%、11.2%和0.6%）；

• GMT的ORR显著高于非GMT（55.6% vs 12.8%，P＜0.0001）；

• 本研究中三个泛癌种靶点均显示出较高的ORR（BRAF V600E突变组51%、TMB-H组57.6%、RET融合组75%）；

• GMT组的PFS显著长于非GMT组（9.6个月 vs 3.7个月，P=0.001）。

研究背景

精准肿瘤学的目标是为癌症患者提供基于个体肿瘤分子特征的个性化治疗方案。基于生物标志物类型、样本特性及成本考量，可采用不同技术检测与特定治疗响应相关的生物标志物。NGS作为一种高通量测序技术，在生物标志物检测中具有重要价值，可同时分析大量基因（包括全外显子组和全基因组），能以较高的分析灵敏度检测DNA和/或RNA序列变异，且单位生物标志物检测成本相对较低。近年来，美国FDA已批准多款基因组匹配抗肿瘤药物，目前已有8种药物获批用于生物标志物匹配的泛癌种适应症。随着FDA泛癌种抗肿瘤药物批准数量的快速增长，如何提高临床医生认知、保障患者用药可及性，已成为亟待关注和追踪的重要问题。为此，研究者在德克萨斯大学MD安德森癌症中心（及其他机构）开展了Kismet项目——一项精准肿瘤学真实世界结局研究，旨在解决上述问题，并提高临床对精准肿瘤学的认知与应用水平。目前FDA已批准9类泛癌种适应症，但本研究聚焦于携带BRAF V600E突变、高肿瘤突变负荷（TMB-H，定义为TMB≥10 mut/Mb）或RET融合的晚期实体瘤患者；其余FDA批准的泛癌种适应症的真实世界数据将在未来报告。

RAF抑制剂达拉非尼联合MEK抑制剂曲美替尼最初用于BRAF突变型黑色素瘤的研究，并获FDA批准。基于ROAR试验及NCI-MATCH子方案H的研究数据，FDA于2022年6月批准该联合方案用于经治的BRAF V600E突变型实体瘤（BRAF突变型结直肠癌除外，此类患者需联合表皮生长因子受体抑制剂治疗）。基于KEYNOTE-158试验结果，FDA于2020年6月批准人源化抗程序性死亡蛋白1（PD-1）单克隆抗体帕博利珠单抗，用于经治的TMB-H晚期实体瘤患者。RET融合是一种罕见分子变异，可见于甲状腺癌、非小细胞肺癌（NSCLC）及其他癌症。RET抑制剂塞普替尼最初已获FDA批准用于RET融合阳性NSCLC、RET融合阳性甲状腺癌及RET突变型甲状腺髓样癌；基于LIBRETTO-001试验数据，该药后续又获批用于经治的RET融合阳性晚期实体瘤患者。

本研究首先评估了BRAF V600E突变、TMB-H及RET融合在不同实体瘤类型中的检出率，进而在综合性癌症中心层面，分析并比较携带上述分子变异的患者接受GMT与非GMT的临床结局。

研究结果

BRAF V600E突变、TMB-H及RET融合的检出率：

本研究共纳入经333种不同诊断的10,893例晚期实体瘤患者，所有患者均接受了NGS检测。其中，分别有10,158例、2,369例和7,105例患者通过检测平台评估了BRAF V600E突变、TMB-H和RET融合状态。结果显示，BRAF V600E突变阳性患者共662例（占比6.5%），TMB-H患者共265例（占比11.2%），RET融合阳性患者共42例（占比0.6%）。表1和图1总结了不同肿瘤类型中上述基因变异的检出情况。

表1

图1

BRAF V600E突变的检出率：  

BRAF V600E突变可见于多种癌症类型。其中，242例BRAF V600E突变患者符合研究标准并纳入本研究。最常见的肿瘤类型包括：内分泌肿瘤（76/340，占比22.3%），其中含62例乳头状甲状腺癌（PTC）和14例未分化甲状腺癌；原发灶不明癌（CUP，19/269，占比7.0%）；皮肤癌（均为黑色素瘤，共53例，占比11.7%）（表1、图1A）。在所有肿瘤类型中，乳头状甲状腺癌的BRAF V600E突变检出率最高（62/120，占比51.6%）。在184例非黑色素瘤BRAF突变实体瘤患者中，97例（占比52.7%）接受了GMT治疗：其中40例（占比41.2%）的GMT治疗符合治疗时美国FDA批准的适应症，41例（占比42.3%）为超说明书用药，16例（占比16.5%）为临床试验用药。值得注意的是，大多数超说明书治疗所使用的BRAF抑制剂，其用药依据来自学术会议报告或已发表文献中的研究结果。

生存分析纳入了85例在完成全面NGS检测后启动新一线治疗的患者：其中65例接受GMT治疗（使用任意一种BRAF抑制剂），20例接受非GMT治疗。

TMB-H的检出率：  

本研究排除了152例患者（其中70例未接受NGS检测、7例为多原发癌、75例为早期疾病），最终通过机构NGS检测确定了113例（占比4.7%）TMB-H晚期实体瘤患者。在2,369例接受TMB评估的患者中，113例（占比4.8%）符合TMB-H定义（即TMB≥10 mut/Mb）。TMB-H检出率最高的肿瘤类型包括：原发灶不明癌（CUP，6/44，占比13.6%）；尿路肿瘤（36/516，占比6.9%）；浸润性乳腺癌（13/197，占比6.1%）（不同肿瘤类型的TMB-H检出率详见表1、图1B）。此外，鉴于部分研究探索了更高的TMB阈值（即TMB≥16 mut/Mb），本研究在生存分析中还统计了该替代阈值下TMB-H（TMB≥16 mut/Mb）的患者占比（图1C）。

42例（占比37.1%）患者接受了GMT治疗（定义为PD-1/PD-L1抑制剂治疗）：其中37例（占比88.1%）的治疗符合当时FDA批准的适应症，3例（占比7.1%）为超说明书用药，2例（占比4.7%）为临床试验用药。

本研究进一步排除了48例患者（其中6例失访、42例在基因组检测后未启动治疗），最终对65例患者进行生存分析：其中42例接受抗PD-(L)1治疗（即GMT治疗，36例可评估治疗响应，14例可评估PFS2/PFS1比值），另有23例患者接受GMT治疗（21例可评估治疗响应）。

RET融合的检出率：  

在7,105例接受RET融合评估的患者中，42例（占比0.6%）为RET融合阳性（图1D）。在9例符合临床结局评估条件的患者中，8例（占比57.1%）接受了GMT治疗：其中6例的治疗符合FDA批准的适应症，2例为临床试验用药。

接受GMT治疗与非GMT治疗患者的特征对比：  

生存分析共纳入159例患者：其中GMT组115例（BRAF V600E队列中有3例无法评估PFS），非GMT组44例。

在TMB分析中，GMT组的TMB≥16（mut/Mb）患者占比（31/42，73.8%）显著高于非GMT组（7/23，30.4%），差异具有统计学意义（P＜0.001）。此外，TMB-H队列中，GMT组与非GMT组患者在年龄分层、东部肿瘤协作组（ECOG）体力状态（PS）及肿瘤类型方面存在差异；BRAF队列中，两组患者的肿瘤类型存在差异（表2）。

表2

在TMB-H队列中，GMT组有32/42例（76.2%）患者、非GMT组有14/23例（60.9%）患者既往接受过少于3线治疗；生存分析纳入的9例RET融合阳性晚期实体瘤患者，既往均接受过少于3线治疗（表2）。各队列中GMT组与非GMT组患者的晚期疾病既往治疗线数中位数分别为：TMB-H队列：1线 vs 2线；BRAF队列：1线 vs 0线；RET队列：0线 vs 0线。在接受RET抑制剂治疗的8例患者中，7例为NSCLC，1例为结直肠癌。

GMT治疗与非GMT治疗的疗效对比：  

在可评估ORR的129例患者中，GMT组的ORR（50/90，55.6%）显著高于非GMT组（5/39，12.8%），差异具有统计学意义（P＜0.0001）。具体到各队列：BRAF V600E队列：GMT组ORR为51%，非GMT组为17.6%（P=0.016）；TMB-H队列：GMT组ORR为57.6%，非GMT组为9.5%（P=0.004）；RET融合队列：GMT组ORR为75%，非GMT组为0%（P=0.30）。值得注意的是，RET融合队列中，9例患者中有8例接受了GMT治疗，且这8例患者中有6例对治疗产生响应，其中3例达到完全缓解（CR）（表3）。

表3

GMT治疗与非GMT治疗的单因素生存分析：  

在携带上述三种基因变异的所有患者中，GMT组的mPFS（9.6个月，95%CI：7.3-14.0个月）显著长于非GMT组（3.7个月，95%CI：2.8-6.8个月），差异具有统计学意义（P=0.001，HR=0.51，95%CI：0.34-0.77）。两组的mOS无显著差异（GMT组：24个月，95%CI：19个月-未达到（NE）；非GMT组：16个月，95%CI：12个月-NE；HR=0.72，95%CI：0.42-1.23，P=0.23，图2A、2B）。

图2

在BRAF V600E队列中，GMT组的mPFS（n=62，9.2个月，95%CI：5.8-17.0个月）较非GMT组（n=20，4.2个月，95%CI：2.3个月-NE）呈改善趋势，但差异未达到统计学意义（P=0.076，HR=0.59，95%CI：0.33-1.06）。两组的mOS无显著差异（GMT组：19个月，95%CI：15-25个月；非GMT组：12个月，95%CI：4.8个月-NE；P=0.8，HR=0.62，95%CI：0.31-1.24，图2E、2F）。

在TMB-H队列中，GMT组的PFS（n=42，7.9个月，95%CI：2.6个月-NE）显著优于非GMT组（n=23，3.7个月，95%CI：2.8-7.8个月），差异具有统计学意义（P=0.04，HR=0.54，95%CI：0.30-0.98）。两组的OS无显著差异，且未达到mOS（P=0.8，图2C、2D）。

在RET融合队列中，GMT组的mPFS为15个月（95%CI：11个月-NE），且未达到mOS（n=8）。由于该队列中非GMT组仅1例患者，故GMT组与非GMT组的生存对比无统计学意义。

GMT治疗与非GMT治疗的多因素生存分析：  

在纳入所有生物标志物的多因素分析中，对协变量进行校正后，GMT治疗带来的PFS改善效应消失（P=0.09）。与预期一致，在校正年龄（＜60岁 vs ≥60岁）、原发肿瘤类型及TMB值后，ECOG PS≥2分及既往接受过大量治疗（晚期疾病既往治疗线数≥3线）均与更差的生存结局显著相关。

本研究在多因素分析中，还纳入了BRAF队列和TMB-H队列中既往接受过针对相同分子变异药物治疗的患者。其中，12例患者既往接受过抗BRAF药物治疗，9例患者既往接受过抗PD-(L)1药物治疗；RET融合队列中无患者既往接受过RET抑制剂治疗。结果显示，在TMB-H队列中，既往接受过GMT治疗与更差的PFS独立相关（HR=3.01，95%CI：1.03-8.81，P=0.04）；而在BRAF队列中，或在合并三个队列的整体分析中，仅观察到PFS和OS恶化的趋势，但差异未达到统计学意义。

PFS2/PFS1比值分析：  

本研究将接受GMT治疗且既往一线治疗PFS可评估的患者纳入PFS2/PFS1比值分析（注：PFS2指GMT治疗期间的PFS，PFS1指既往一线治疗的PFS）。BRAF V600E队列：共30例患者可评估，其中16例（占比53.3%）的PFS2/PFS1比值≥1.3；TMB-H队列：共14例患者可评估，其中7例（占比50%）的PFS2/PFS1比值≥1.3；RET融合队列：共3例患者可评估，其中1例（占比33.3%）的PFS2/PFS1比值≥1.3。

讨 论

尽管泛癌种疗法的研发备受关注，但由于不同疾病的标准治疗方案和预期PFS存在差异，这类药物的疗效往往难以明确判断。本研究梳理了10,893例实体瘤患者的数据（涵盖333种不同诊断），旨在报告近期获批的三个泛癌种治疗靶点的检出频率，并分享综合性癌症中心开展GMT的临床实践经验。

本研究中，BRAF V600E突变的检出率为6.5%，这一结果与该团队早期研究中2000例不同类型肿瘤患者7%的检出率及其他研究报道的结果一致。在多种实体瘤中，TMB-H的检出率为4.7%，与此前文献报道的检出率水平相当。RET融合属于罕见分子变异，本研究中其在PTC（2.4%）和NSCLC（0.9%）中的检出率最高，这也与既往研究结论相符。值得注意的是，本研究采用的NGS平台在本机构仅针对特定肿瘤类型开展检测，肺癌和黑色素瘤患者的检测数量较少，这可能导致此类肿瘤在本研究队列中的代表性不足。

本研究结果对评估广泛NGS检测的临床意义、帮助癌症患者获得具有高临床应用证据的靶向治疗具有重要价值。在基因组检测后启动治疗的159例患者中，115例（72.3%）接受了GMT治疗，这表明对于携带上述高价值靶点的患者，NGS检测在很大比例上改变了其治疗方案。

此外，本研究在真实世界场景中证实了针对BRAF V600E突变、TMB-H和RET融合的靶向治疗疗效：在BRAF V600E突变肿瘤患者中，ORR为51%，这与ROAR试验中BRAF突变罕见癌症患者0%-89%的ORR范围一致；本研究中该队列的mPFS为9.2个月，与ROAR试验报道的mPFS（因肿瘤类型不同为5.5-9.5个月）相当。

另一方面，本研究中TMB-H患者的ORR（57.6%）高于既往特定TMB-H患者群体的报道——在推动帕博利珠单抗获美国FDA泛癌种批准的KEYNOTE-158试验中，生物标志物探索性分析显示TMB-H患者的ORR为29%。KEYNOTE-158试验中肿瘤出现缩小的患者占比为58%，本研究与该试验的结果差异可能源于疗效评估标准的不同：KEYNOTE-158试验采用RECIST 1.1标准评估ORR，而本研究为真实世界研究，根据再分期检查类型及疾病部位，酌情采用了RECIST 1.1、PERCISTmax或RANO标准。在KEYNOTE-158试验中，部分肿瘤缩小但未达到RECIST 1.1标准的患者，可能符合PERCISTmax代谢缓解标准，这一因素或可解释两者的结果差异。Palmeri等人于2022年发表的一项真实世界研究评估了TMB-H和微卫星不稳定（MSI）作为免疫治疗生物标志物的价值，该研究报道的ORR为55.9%、mPFS为24.2个月，均高于本研究的7.9个月；这一差异可能与该研究采用“TMB≥20 mut/MB”作为TMB-H的定义阈值有关，已有研究表明，TMB值与肿瘤治疗响应呈线性相关，进而可能与更长的PFS相关。

尽管本研究生存分析纳入的RET融合患者样本量较小，但其ORR高达75%，与LIBRETTO-001试验中NSCLC患者61%的ORR无显著差异；且患者对治疗的响应具有持久性，这凸显了识别这一罕见但重要靶点的临床意义。

本研究存在若干局限性，可能影响结果的普适性：研究队列具有异质性，部分患者在临床试验中接受治疗（需符合严格的入排标准），另一些患者接受超说明书治疗或标准治疗，因此需通过回顾性分析影像学资料来评估疗效。尽管NGS是强大的检测工具，但肿瘤异质性和低肿瘤纯度的样本可能导致假阴性结果。此外，本研究仅能检测基于扩增子的RNA NGS检测方案中靶向的RET融合类型，可能遗漏其他RET融合亚型，从而低估该分子变异的检出频率。在研究后期，本机构才在黑色素瘤或胸部肿瘤诊疗中心部署评估TMB的机构NGS检测方案，这可能导致黑色素瘤或NSCLC的检测数量被低估。再者，本机构作为大型转诊中心，接收的患者多为经多线治疗失败的病例，因此纳入本研究、接受基因组检测并考虑GMT治疗的患者群体，在种族、民族及既往治疗线数方面可能与普通患者群体存在差异。此外，本研究对GMT组和非GMT组治疗线数的选择采用了不同标准：所有在机构基因组检测后接受GMT治疗的患者均纳入GMT组，而非GMT组仅纳入基因组检测后启动的首线非GMT治疗；这种方法可能低估GMT带来的获益。不过，三个基因变异队列中患者的既往治疗线数中位数均较低，这表明患者在疾病晚期通常较早接受NGS检测，更重要的是，能较早接受针对性的靶向治疗。

研究队列的异质性在一定程度上可能导致多因素分析中PFS未显示出统计学意义上的显著改善，OS分析也未观察到显著差异。但另一方面，在真实世界研究背景下，队列的异质性也构成了研究的优势：事实上，本研究中的患者接受了多种GMT治疗，部分患者甚至在临床试验中接受了早期研发阶段的药物，但疗效改善仍十分显著。这表明，只要存在具有高临床应用证据的基因变异，就应尽可能针对该变异进行治疗；在难以获取FDA批准药物的情况下，应寻求其他途径（如基因组匹配的临床试验）。

综上，BRAF V600E突变、TMB-H和RET融合以具有临床意义的检出率广泛存在于多种晚期癌症中。与非GMT治疗相比，GMT治疗与更高的ORR和更长的PFS相关。本研究表明，精准医疗领域的真实世界研究确实能够验证那些通过单臂基因组筛选研究获批的药物所具有的临床获益。

参考文献：

Ronaghy A, Crimini E, Holla VR, et al. Clinical outcomes of tumor-agnostic targeting of BRAF, tumor mutation burden-high, and RET. ESMO Open. 2025;10(6):105061. doi:10.1016/j.esmoop.2025.105061