加州大学付向东教授实名举报上海神经所杨辉教授学术抄袭、造假;附杨辉教授回应!

2020-07-03 网络 网络

美国加州大学圣地亚哥分校细胞与分子医学系付向东教授实名举报中科院上海神经所80后明星教授杨辉学术抄袭、造假。你怎么看?

美国加州大学圣地亚哥分校细胞与分子医学系付向东教授实名举报中科院上海神经所80后明星教授杨辉学术抄袭、造假。你怎么看?

网传举报信:

尊敬的中科院、科技部、基金委领导:

我是付向东,目前就职于加州大学圣地亚哥分校、担任细胞和分子医学系教授。在此写信实名举报中科院神经所研究员杨辉剽窃和涉嫌造假等学术道德不端行为, 同时希望借这一事件恳请国家科技管理高层关注和重视当前国内学术界日益凸显和 严重的科学诚信和学术道德问题,以维护中国科学界的声誉。

事件原委:

在过去十多年间,我们团队致力于阐析细胞命运决定关键因子 PTBP1 在神经发 生和神经元发育中的功能与作用机制,并于 2013 年首次报道了 PTBP1 介导的基因调 控网络可高效转分化非神经元细胞为神经元(详见 Cell 152:82-86, 2013);同 时,我们还着手探索 PTBP1 调控的转分化神经元在神经退行性疾病治疗中的应用。经过 9 年多的不懈努力(包括 6 年的实验工作,以及近 3 年审稿过程中的补充实验 工作),我们在帕金森综合征疾病小鼠模型中,成功地实现了一次性注射抗 PTBP1 因子就可重建帕金森综合症黑质纹状体回路、完全消除帕金森综合征症状 (详见今 年6月25号《自然》,2018年11月12号投稿)。

2018 年 6 月 14 号,受蒲慕明所长特邀学术报告,我在中科院神经所报告了我 们这项未发表的、治疗帕金森综合征的研究成果,详细介绍了此项研究工作的科学 思路、全部实验设计和研究结果;同时,我还分享了将抗 PTBP1 因子成功应用到视 网膜疾病治疗的一项合作研究工作。杨辉和神经所百余名科研人员参加了我的学术 报告。报告之后,杨辉和几位研究员与我共进晚餐,在晚餐期间杨辉向我咨询了许 多关于实验细节问题。

让我始料未及的是,杨辉在全面了解了我们的研究思路和成功的实验结果后, 立即着手换一种实验技术敲降 PTBP1,重复我们的研究工作,得到了相似的实验结 果,并在短短 6 个月后便将他们的论文投稿,最终在今年的《细胞》杂志发表(4 月 8 号上线,4 月 30 号出版)。更让人难以置信的是,在杨辉论文发表后,蒲慕明 所长领导的神经所还召开了新闻发布会,宣称此项工作是他们研究所的“原始发现” 和“重大突破”,不知那天参加过我学术报告会的各位神经所研究员和研究生对此 该作何感想?而杨辉本人则在微信朋友圈恬不知耻地宣称,这是他迄今最满意、最 有成就感的一项工作!剽窃来的工作竟然也有成就感?实在是令人不齿又匪夷所思!

得知杨辉的《细胞》论文即将在线发表后,我立即联系了蒲慕明所长,指出这篇论文剽窃了我在神经所报告的、尚未发表的工作,虽然选择略有不同的脑区进行敲降 PTBP1,但剽窃事实一目了然。蒲慕明所长答复,如果情况属实,杨辉的行为 属于学术不端(scientific misconduct),应该认真调查和严肃处理;但他同时声 称杨辉的工作有可能是基于我们实验室 2013 年发表的论文,属于所谓“灰色地带”。杨辉也随即声明他们的研究工作始于 2018 年 5 月 17-18 号,“正巧”在我去神经 所做报告之前(2018 年 6 月 14 号)。但事实上,我有证据在我去神经所学术报告 之前,杨辉居然连 PTBP1 为何物都不知道,这充分说明“研究工作始于 2018 年 5 月 17-18 号”是彻头彻尾的谎言。随即,我请蒲慕明所长让杨辉提供订购 PTBP1 相关

DNA 引物的时间及证据,这应该是开始实验的最先步骤。然而,至今没收到他们的 任何回复。如此简单的证据为何拿不出来,这不做实他的谎言和剽窃行为吗?如果 他继续捏造假证据,事件的性质就从剽窃进一步恶化成为欺诈行为。

论文的科学数据问题:

杨辉的这篇《细胞》论文在 4 月份在线发表后,许多神经生物学领域的专家随 即对其数据的质量和可靠性提出了一系列质疑,指出论文并没有确凿的证据证明诱 导新产生的神经元细胞所必经的细胞迁移、渐近的细胞形态和基因表达转变以及新 获得的神经电生理特性等等。通俗地说,由于没有细胞转分化过程的系列实验数据 的支持,很难说他们的结论真实可靠,不能排除他们看到的阳性结果是出于实验室 常见的实验假象。我在阅读他们的论文之后认为,支持他们结论的大多数所谓证据, 很有可能是由于 GFAF-Cre 在内源神经元中的泄漏表达所致,这种泄漏表达是领域中 众所周知的现象。

神经生物学专家都知道,诱导型疾病动物模型的表型通常存在较大的差异和不 稳定性。以我们的研究为例,在进行细胞重新编程之前,首先需要建立稳定的疾病 表型动物模型,然后再诱导细胞转分化,同时进行严密观察和实时跟踪,并留下一 组动物进行长达 2 年观察,分析所有阳性和阴性结果,以便得到真实可靠的结论。因为这个原因,我们花了整整 9 年时间,进行了多次重复并采用多种方法反复验证 后才完成这项研究工作。与之相反,杨辉小组在短短六个月内就完成了从课题启动 到论文撰写,据悉他们在 2019 年初就将研究论文提交给《自然》,但因缺乏充分实 验证据支持论文结论而被拒稿,虽然这项工作最终在《细胞》杂志发表,但并不代 表他们数据真实可靠。他们是如何能够在如此短时间内获得动物实验数据?从时间 上推论,他们甚至没有足够时间重复动物实验。唯一的解释是他们极有可能是有目 的地挑选对其有利的实验数据,甚至还不能排除伪造实验数据的可能性。这让我联 想到杨辉在博士后阶段发表的“高效插入基因突变方法”研究论文(详见 Cell 154: 1370-1379, 2013),遭到领域内科学家广泛质疑,有 20 多个独立实验室联合报道 不能重复他的实验结果(详见 Genome Biology 20:171, 2019)。对于其他科学家 的质疑,杨辉除了辩称自己比别人高明,强调实验条件略有不同外,没有任何合理 解释,至今我们再也没有看到他重复自己结果的实验证据。这里我们不禁要问,杨 辉究竟是自古英雄出少年,还是从来就是惯于剽窃,甚至有造假嫌疑的作弊高手?

就本次 PTBP1 相关的《细胞》论文工作而言,究竟他们的研究是何时开始?数 据是如何得到的?等等一系列疑问,我认为应该成立一个由神经所以外的科学家组 成的独立调查委员会,进行严肃认真的调查,因为这次事件已超过了蒲慕明所长所 指的科学研究中“灰色地带”问题。

杨辉团队的回应:

针对付向东教授提出的几点质疑,我的回复如下:

1. 付向东教授在神经所做的报告是采用小分子抑制剂的方法,而他们在Nature发表的论文采用的却是shRNA和ASO的方法。连他自己在Nature文章中都没有提及他在报告中采用的小分子抑制剂的方法。他又是如何在当时向我们透入大量的技术细节的?他报告中的方法最终证明是错误或不可行的,难道已经公开发表5年的位点就可以霸占,不允许其他人用新的技术来尝试吗?这和大佬圈地有何区别呢?

2. 根据付教授发表的文章和公布的专利(2018年4月递交,2019年10月公开),丝毫没有提及用基因编辑方法治疗帕金森病。而且他还宣称在我们注射的纹状体脑区通过在星形胶质细胞内敲低Ptbp1几乎不可能形成多巴胺神经元。而我们恰恰是在纹状体中高效诱导出多巴胺神经元产生,进而达到治疗效果。在举报信中,他通过混淆视听,让大家认为我完全抄袭他的结果。

3. 付教授提到,他还分享了Ptbp1应用到视网膜疾病治疗的工作,首先我确实不知道他的分享,其次,最近我们通过BioRxiv检索,也找到2020年4月8日在线刊登的这篇文章。他们从实验方法到动物疾病模型没有一处一样,更重要的是他们的目的是将穆勒胶质细胞转分化为视锥细胞(Cone),而不是我们文章中的目的神经元视神经节细胞。两篇文章的连实验目的都不一样,何来剽窃?付向东教授专利中涵盖的疾病和方法,并没有涵盖任何RGC细胞的转分化。可见他是如何向我透入这些技术细节。最后我想指出的是,我们Cell文章主要关注点是视神经节细胞的转分化(7个主图中有5个与视神经节细胞的转分化有关)

4. 关于我造假的言论,纯属污蔑。我2013年Cell文章已经有许多实验室重复出我们的结果和方法,详见下文。他为了抹黑我,连基本的科学事实都不顾,这不是一个正派的科学家做的事情。

关于本人2020年Cell文章抄袭和剽窃美国加利福尼亚大学圣迭戈分校付向东教授文章、造假的争论
 
1. 付向东教授在神经所报告中提到的Ptbp1靶点,已经于2013年发表
他报告中提到利用小分子抑制剂靶向Ptbp1进行体内转分化的相关研究。但是我们认为小分子药物既没有强大的分子靶向特异性,又没有足够的细胞靶向特异性,因此我们也意识到我们擅长的基因编辑策略具有很多的优势。RNA靶向基因编辑技术不仅可以实现细胞靶向特异性,而且在体内可以实现高效特异性编辑。难道已经公开发表5年的位点就不允许其他人用新的技术来尝试吗?而且在他公布的专利中并没有涵盖利用基因编辑技术来实现转分化,可见他们团队当时并不是十分了解基因编辑技术。
2. 付向东教授说向我透漏了许多实验细节。我们希望他能提供任何支持他观点的证据。
事实上,付向东教授在神经所做的报告是采用小分子抑制剂的方法,而他们在Nature发表的论文采用的却是shRNA和ASO的方法。连他自己在Nature文章中都没有提及他在报告中采用的小分子抑制剂的方法。他们又是如何在当时向我们透入大量的技术细节的?他报告中的结果最终证明是错误或不可行的,难道能让所有其他人都不能尝试他已经2013年报道的靶点吗?这和大佬圈地有何区别呢?其次,根据付教授发表的文章和在我们文章投稿后公布的专利(公布时间:2019年10月17日),他发现在我们注射的纹状体脑区几乎不可能形成多巴胺神经元。而我们恰恰是在纹状体中高效诱导出多巴胺神经元产生,进而达到治疗效果。
 
事情的来龙去脉
我们实验室从2014年至今一直致力于基因编辑技术在各个领域的应用以及安全性评价。这项工作的主要完成人为我实验室博士后周海波,他在获得神经科学博士学位后来到我实验室,在神经研究方面具有非常强的背景和训练。我们15年开始优化并测试利用基因编辑技术进行体内星形胶质细胞向神经元转分化,并于2018年一月份将此项工作发表在Nature Neuroscience上。由于我们这篇文章中使用的基因激活元件太大,很难实现体内运输,导致很难应用此技术进行神经元转分化通过成体治疗的方式治疗神经系统疾病。但我们一直都没有就此停止探索其他利用基因编辑技术方式进行神经元转分化的策略。2013年付向东教授在Cell上发表的文章证明,通过shRNA敲低Ptbp1基因就可以实现各种细胞向神经元的转分化。虽然还有少数其他通过被抑制就可以实现神经元转分化的靶点,但它们效率都很低,这点也在付向东教授的文章中进行了比较。因此, Ptbp1可以说是目前唯一个通过敲低就可以高效实现神经元转分化的靶点,在领域内非常著名。
 
虽然考虑通过基因编辑抑制基因表达来实现神经元转分化,但由于当时没有合适的基因编辑工具出现,该想法就暂时被搁置。2018年3月15日,CasRx在Cell上发表,显示极其高效的mRNA敲低效率,并且相对于shRNA技术具有更强的特异性。同时,CasRx体系足够小,非常适合通过AAV递送到体内进行靶向治疗。这项技术与以往的shRNA相比展现了极大的治疗潜力,我们认为小分子药物既没有强大的分子靶向特异性,又没有足够细胞的靶向特异性,因此我们敏感的察觉到我们擅长的基因编辑策略具有很多的优势。所以我们迅速跟进。我们首先针对外源性的荧光蛋白进行了测试,并于2018年5月初得到了非常好的敲低结果。其后我们又针对一个内源性的治疗靶点Vegfa进行了测试,因为该靶点是被验证过的年龄相关性黄斑变性的治疗靶点,而眼睛又是我们非常擅长递送AAV且容易检测的系统。2018年5月,我们首先在最擅长且最容易运输的眼睛系统中检测CasRx是否能在体内实现高效的mRNA敲低。2018年7月初我们获得了非常好的CasRx体内敲低数据,之后我们全面铺开在眼睛、耳朵、肝脏和大脑中对包括Ptbp1在内的已经明确发表的治疗靶点进行大量测试。
(2018年5月7号,我们首次在实验室证明CasRx可以在细胞内靶向过表达的荧光蛋白mCherry,详细数据请见附件一。随后我们开始针对能够通过敲低实现疾病治疗的多个基因靶点进行了测试。)
2018年5月25日,我们拿到了通过CasRx在293T细胞内能够高效的敲低黄斑病变的治疗靶点VEGFA的数据。
2018年5月31日,我们拿到细胞内的数据,证明CasRx可以在对视网膜色素变性治疗靶点Rho的点突变的RNA进行敲低。
2018年6月9日,在细胞内拿到CasRx能够对遗传性耳聋的治疗靶点Tmc1敲低的数据。
2018年6月20日,在细胞内证明CasRx能够对天使综合征的治疗靶点Ube3a-ATS进行敲低。
2018年6月27日,在细胞内证明CasRx能够对脊髓性肌萎缩症(SMA)的治疗靶点SMN_AS1进行敲低。
2018年7月12日,在N2a细胞内证明CasRx能够对帕金森综合征的治疗靶点Ptbp1进行敲低。
2018年9月15日,在小鼠的N2A细胞内证明CasRx能够靶向黄斑病变另外一个治疗靶点Hif1a。
2018年11月3日,设计了CasRx靶向一型糖尿病的治疗靶点HPD。
 
附文章审稿人意见
Reviewer comments: “In particular, previous efforts of RNA-targeting CRISPR systems focused on knockdown of toxic mutant transcripts in models of mendelian inherited genetic disease, whereas this study presents the novel aspect of using these tools for in vivo therapeutic cell fate conversion, which is quite interesting and could be a broadly applicable approach.”
译文:审稿人评论:“尤其是,以往的研究都集中在利用RNA靶向CRISPR系统来直接降低遗传病模型中有害的突变转录本,而这项研究却利用这些工具在体内进行治疗性的细胞命运转分化,从而展现一个全新的视角,这是非常有意思的,而且可以得到广泛的应用。” 
Reviewer comments: The concept of converting already present precursor cells to neurons that are capable of integrating and extending axons is extremely valuable
“把已经存在的前体细胞直接转化为拥有可以整合和延伸的轴突的神经元,这个概念极其的有价值。”
付向东教授于2018年6月14日来到神经所做报告。我们了解到,付向东教授在利用小分子抑制剂靶向Ptbp1进行体内转分化的相关研究。我们一直认为小分子药物既没有强大的分子靶向特异性,又没有足够细胞的靶向特异性,因此我们仍一直坚持我们自己原有的基因编辑策略进行体内转分化研究。后来我们从付向东教授后来的bioRvix中得知,他们用的方法是shRNA和ASO。关于抄袭的诬告,付教授声称把所有技术细节都告诉我了,希望他能提供任何支持他观点的证据。根据付教授发表的文章和公布的专利(在我们投稿后公布),他发现在我们注射的纹状体脑区几乎不可能形成多巴胺神经元,而我们的结论与之恰恰相反,我们是在纹状体中高效诱导出多巴胺神经元产生,进而达到治疗效果。需要指出的是付向东教授的文章通过在GFAP-Cre转基因小鼠结合Cre-dependent的shRNA实现帕金森症状的治疗,但是此项技术在临床上是无法应用的。付向东教授还使用了ASO策略,但这种方法无法实现细胞靶向特异性。我们的文章,通过RNA靶向基因编辑技术不仅可以实现细胞靶向特异性,而且在帕金森小鼠模型上实现了非常好的治疗效果。同时,我们的基因编辑方法可以在不同的非基因修饰疾病动物模型中进行应用,展示了强大的临床潜力。关于穆勒胶质细胞标记的特异性低导致的误标,我们的数据已经显示可以实现非常特异的细胞靶向性。而且我们也非常乐意分享我们的方法以及材料,希望全世界所有感兴趣的科学家进行重复。
关于在视网膜研究的指控
付教授提到,他还分享了Ptbp1应用到视网膜疾病治疗的工作,我们通过BioRxiv检索,也找到2020年4月8日在线刊登的,美国加州圣地亚哥大学的Kang Zhang与付向东教授合作的文章Visual function restoration in genetically blind mice via endogenous cellular reprogramming 

该文章中用到的方法、小鼠模型、质粒、病毒都与我们不同。而且,他们的研究是Rd10小鼠(一种视锥细胞和视杆细胞退化的小鼠) 中进行的。最重要的是,他们的目的是将Muller细胞转分化为视锥细胞(Cone),而不是视网膜神经节细胞。两篇文章的连目的都不一样,更没有一样的数据。
关于因GFAP-Cre可能会在RGC中表达泄露而怀疑我们做假,我认为,生物实验最重要的是尊重实验结果,而不是根据猜测或者 “众所周知”而下结论。面对这个学术争议,我立刻让实验室其他学生重复了这个实验,实验结果很好的验证了我们结论的可靠性。这一实验并不复杂,转基因小鼠是常用的类型,国内外许多实验室都可及;注射的病毒商业化的公司都可以提供,可现货购买。小鼠和病毒准备好,只需要2-3周的时间就能验证我们的结果是否可靠。我们文章已发表2个多月,我们欢迎所有实验室重复我们的实验结果并讨论。
更有意思的是,付向东教授和Kang Zhang合作的文章中也用到GFAP-Cre的AAV病毒系统进行标记,并声明能用GFAP-Cre特异性标记胶质穆勒细胞(见下图)。而且需要指出的是,他们用的是GFAP-Cre+CMV-LSL-RFP 双AAV病毒系统,我们用的是GFAP-Cre单AAV病毒系统注射到Ai9小鼠中。如果我也来一个“众所周知”,双病毒系统比单病毒系统更容易泄露,那我也有理由怀疑这篇文章中的结果存在造假的可能。我是否也可以怀疑他们要么观察到了泄露现象而不实报道,要么没有观察到泄露现象而故意抹黑我们,希望他们能够正面回应一下。
付向东教授Nature文章专利申请号WO2019200129A1,公布时间:2019年10月17日(在我们Cell文章投稿后公布)
https://patents.google.com/patent/WO2019200129A1/en?inventor=xiang-dong+fu
付向东教授Nature文章和专利中都指明在纹状体(striatum)中几乎不可能实现多巴胺神经元转分化: 

 

付向东教授专利中涵盖的疾病和方法,并没有涵盖视神经节细胞转分化和基因编辑技术

来源:网上综合整理,仅供学术交流!



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  1. 2020-07-03 mswert122

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