常用的生物学数据库及网站介绍

2020-06-13 网络 网络

在这个信息大爆炸的年代,浩瀚的信息流如同汪洋大海一般,将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息,对我们每个人,尤其是科研人而言,尤为重要。

在这个信息大爆炸的年代,浩瀚的信息流如同汪洋大海一般,将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息,对我们每个人,尤其是科研人而言,尤为重要。

今天小编就给大家分享一些咱们科研过程中常常会用到的一些生物学相关的数据库和网站,通过这些工具我们不仅可以了解到研究对象的详细背景知识、同时也能对研究方向做出一定的预判。希望能对你们有所帮助~

文献检索和追踪类

1.PubMed

网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

2.Web of Science

网址:http://www.webofknowledge.com

3.Scholarscope插件   

网址:https://www.scholarscope.cn/

4.Google学术   

网址:http://scholar.google.com

5.PubCrawler    

网址:http://pubcrawler.gen.tcd.ie/
常用核酸序列数据库

1.GenBank

网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

2.UCSC

网址:http://genome.ucsc.edu/

3.Ensembl   

网址:http://www.ensembl.org/index.html
常用蛋白研究相关数据库
1.Uniprot
网址:http://www.uniprot.org/
2.OMIM
网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim
3.GeneCards   
网址:http://www.genecards.org/
4.GENATLAS   
网址:http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/
5.BioGPS    
网址:http://www.biogps.org/
6.PAXdb
网址:http://pax-db.org/
7.Proteinatlas
网址:http://www.proteinatlas.org/
8.String   
网址:http://string-db.org
9.ExPASy   
网址:http://www.expasy.org/
10.PDB    
网址:https://www.rcsb.org/
11.KEGG   
网址:http://www.genome.jp/kegg/
12.Reactome    
网址:http://reactome.org/
基因信息查询网页工具
UniProt: http://www.uniprot.org/ 提供蛋白功能、序列、定位、结构域、修饰信息、突变信息和参考文献。
MGI: http://www.informatics.jax.org/,提供KO和转基因小鼠表型和参考文献的数据库。
ProteinAtlas:http://www.proteinatlas.org/,主要通过IHC提供基因在正常组织和肿瘤组织中的表达变化和定位。
CCLE:https://portals.broadinstitute.org/ccle/data, 提供常用细胞系的基因的表达含量和突变信息。
CST Signaling pathway: 
https://www.cellsignal.com/contents/science/cst-pathways/science-pathways
全面了解基因通路要看综述和研究论文,但这太耗费精力了,CST Signaling Pathway可以提供权威的通路信息,CST提供的通路信息是经过反复验证的,可以满足绝大多数研究的机制要求。
KEGG:https://www.genome.jp/kegg/,如果你觉得CST Pathway通路不够详细,那么KEGG应该可以满足你。作为最详细的通路信息数据库,KEGG也是目前通路富集的标配数据库。
预后信息查询网页工具

OncoLnc:http://www.oncolnc.org/,提供TCGA数据集的编码基因和部分microRNA的预后分析。TCGA的预后分析网站很多,但是对于病人样本的处理还是比较耗费精力的,根据我的了解和比较,目前只有OncoLnc的处理最靠谱。

Kaplan Meier-plotter:http://kmplot.com/analysis/,虽然TCAG数据的病理质量和测序质量很可靠,但是如果TCGA的预后信息和我们实验结果不一致怎么办?那么你可以试试Kaplan Meier-plotter,缺点是网页打开较慢。。。需要耐心,但真的可以打开。老版本整合了GEO、EGA、TCGA数据库的芯片数据,提供乳腺癌、肺癌、卵巢癌胃癌等的肿瘤的预后信息。自2019年开始提供RNAseq数据的预后,miRNA的预后等信息。
PROGgeneV2:http://genomics.jefferson.edu/proggene/,由Jefferson大学维护的网页工具,提供GEO数据集的预后分析。如果OncoLnc和PROGgeneV2都不满足我们的需求的话,那就试试这个吧。
引物设计网页工具
PrimerBank:https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/,由Harvard维护的网页工具,提供验证过的qPCR引物。
Primer3:http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/primer3/, 经典的引物设计软件的网页版,可以免费使用,建议使用默认参数。如果PrimerBank没有收录我们感兴趣基因的引物,那么用这个设计吧。记住后面要BLAST一下,确保特异性。
Primer-BLAST: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/, NCBI维护的网页工具。其实我更喜欢用Primer3,简单方便。注意,设计qPCR引物时尽量选择跨越内含子,避免DNA污染可能造成的影响。
TRC shRNA Library:TRC(the RNAi Consortium) 设计的siRNA和shRNA文库,并提供常用细胞系的验证结果,序列信息可以免费查看。根据我的经验,比多数文章里面的shRNA序列更可靠。http://www.sigmaaldrich.com/china-mainland/zh/life-science/functional-genomics-and-rnai/shrna.html
常用软件
Snapgene:最喜欢用的分子克隆软件,没有之一,提供DNA和蛋白的序列查看、标注、比对等,功能非常全面。覆盖MacOS和Windows平台。
FlowJo:使用最广的流式结果分析软件,出图也比较好看。
ModFit:细胞周期分析软件,最经典的细胞周期模型分析软件,没有之一。
GraphPad Prism:科研汪最常用的生物统计分析和作图软件,图比SPSS好看应该有两个Level吧。
Endnote:文献管理工具,不少学校都给采购的有,写论文和报告的好帮手,提供MacOS、Pad OS和Windows客户端。

一个收集数据库的数据库,,,

 

网址:

https://bigd.big.ac.cn/databasecommons/

 

大家可以通过点击左上角的【Browse】、【Statistics】等发掘更多好用的东西,比如点击【Browse】就可以看到全部的生物学数据库了,有数据库检索框,右边的数据库默认按照常用的情况排列,点击相应的数据库名称就可以直接进入数据库的官网了,

 

 

他们的统计显示有4741个数据库,

这个数据库感觉就是一个生物数据库的搜索引擎,非常实用

 

显然我们是不可能完全了解的,不过这其中很大部分数据库可能都因为建立者懒癌的原因无法更新而成了死库,真正常用的其实也不是很多,



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评论区 (3)
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  1. 2020-09-01 逆行星

    谢谢

    0

  2. 2020-08-27 朽而木也

    最近正在学习蛋白相关的课程,数据库这一块真及时!

    0

  3. 2020-08-18 1244630am75(暂无昵称)

    👍️👍️👍️

    0

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