慢性血栓栓塞性肺动脉高压的分子标志物和信号通路的改变，转录组测序和生物信息学分析的研究
2022-08-14 刘少飞 MedSci原创
目前，慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）的分子标志物和信号通路的改变仍不清楚。我们旨在通过转录组测序和生物信息学分析，比较CTEPH患者和健康人的分子标志物和信号通路的差异。
慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）被归入肺动脉高压（PH）的第四组，它被认为是肺血栓栓塞的严重并发症。它的特点是急性肺栓塞的不完全或异常解决，慢性血栓性机械阻塞，肺血管重塑，然后是右心室功能障碍。目前，慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）的分子标志物和信号通路的改变仍不清楚。我们旨在通过转录组测序和生物信息学分析，比较CTEPH患者和健康人的分子标志物和信号通路的差异。
研究方法：
我们前瞻性地纳入26名CTEPH患者和35名性别和年龄匹配的健康志愿者作为对照。我们从全血样本中提取RNA来构建文库。然后，在BGIseq平台上使用PE100策略对合格的文库进行测序。随后，我们使用R中的DESeq2软件包筛选了7名CTEPH患者和5名健康志愿者的差异表达mRNAs（DEmRNAs）和差异表达长非编码RNAs（DElncRNAs）。之后，我们对DEmRNAs进行了功能富集和蛋白质-蛋白质相互作用分析。我们还进行了lncRNA-mRNA共表达分析和lncRNA-miRNA-mRNA网络构建。此外，我们对GSE130391数据集进行了诊断性分析。最后，我们对19名CTEPH患者和30名健康志愿者的基因进行了反转录聚合酶链反应（RT-PCR）。
图8. 血样中IGKV1-8（A）、PMP22（B）、PIK3R6（C）、KCNMB2-AS1（D）和TCL6（E）的RT-PCR验证情况。与健康对照组相比，CTEPH组IGKV1-8和TCL6的表达水平呈上升趋势，而PMP22、PIK3R6和KCNMB2-AS1在CTEPH组呈下降趋势。
研究结果：
CTEPH患者和健康对照组之间、测序组和体外验证组之间的性别和年龄是相当的。共获得437个DEmRNAs和192个DElncRNAs。随后，得到了205对相互作用的DEmRNAs和232对lncRNA-mRNA关系。DEmRNAs在趋化因子信号通路、新陈代谢通路、花生四烯酸代谢和MAPK信号通路中明显富集。通过ceRNA网络构建，仅发现SOBP-hsa-miR-320b-LINC00472的一条调节途径。在诊断分析中，LINC00472、PIK3R6、SCN3A和TCL6的曲线下面积（AUC）值分别为0.964、0.893、0.750和0.732。
研究结论：
分子和途径的改变的鉴定可能为CTEPH的发病机制提供进一步的研究方向。此外，LINC00472、PIK3R6、SCN3A和TCL6可能作为CTEPH的潜在基因标志物。
参考文献：
Xu W, Deng M, Meng X, Sun X, Tao X, Wang D, Zhang S, Zhen Y, Liu X, Liu M. The alterations in molecular markers and signaling pathways in chronic thromboembolic pulmonary hypertension, a study with transcriptome sequencing and bioinformatic analysis. Front Cardiovasc Med. 2022 Jul 26;9:961305. doi: 10.3389/fcvm.2022.961305. PMID: 35958401; PMCID: PMC9362860.
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