A&R：纵向队列中与SLE亚型相关的CpG位点甲基化动态变化

背景/目的：横断面研究揭示了DNA甲基化与系统性红斑狼疮(SLE)结局之间的关联。该研究团队之前根据美国风湿病学院(ACR)分类标准和子标准，对加州狼疮流行病学研究队列患者确定了三个亚型。根据自身抗体和内部器官涉及的模式将它们标记为轻度(M)、重度1 (S1) 和重度2 (S2)，并确定了256个与亚型显著相关的CpG，其中许多映射到干扰素途径。为了研究DNA甲基化的动态，该研究团队检查了在两个时间点取样的SLE纵向队列的参与者。

方法：对来自加州狼疮流行病学研究的101名参与者进行了研究。使用Illumina EPIC BeadChip分析在队列登记时和两年后从血液中提取的DNA。配对t检验用于识别先前与SLE亚型以及全基因组相关的256个CpG位点的变化。开发了混合线性模型以了解DNA 甲基化与疾病活动、药物使用和样本细胞比例之间的关系，并根据年龄、性别和遗传主成分进行调整。

结果：大多数先前与SLE亚型相关的CpG在两年内保持稳定（185个CpG (72.3%)，t检验FDR >0.05）。与背景全基因组甲基化相比，SLE亚型相关CpG的富集随时间而变化（27.7% vs 0.34%）。细胞比例的变化与67个CpG的变化有关（p<2.70E-05），15个 CpG与使用免疫抑制药物至少有一个显著关联。

结论：在这个SLE纵向队列中，研究人员确定了SLE亚型相关CpG的一个子集，它们随着时间的推移是稳定的，并且可能可用作疾病亚型的生物标志物。与全基因组甲基化组相比，另一个与SLE亚型相关的CpG子集的变化比例更高。需要更多的研究来了解SLE相关CpG中这些甲基化变化的病因和影响。

出处：Lanata, C.M., Nititham, J., Taylor, K.E., Solomon, O., Chung, S.A., Blazer, A., Trupin, L., Katz, P., Dall’Era, M., Yazdany, J., Sirota, M., Barcellos, L.F. and Criswell, L.A. (2022), The dynamics of methylation of CpG sites associated with SLE subtypes in a longitudinal cohort. Arthritis Rheumatol. Accepted Author Manuscript. https://doi.org/10.1002/art.42237