GBE：新冠病毒或一周突变一次，变异速度比此前估计的高50%以上

自新冠大流行以来，尽管全国已经采取多种措施遏制SARS-CoV-2传播，但由于德尔塔、拉姆达等变异菌株纠缠不清，“曝光率”正日渐提高，使得全球疫情一次次陷入危机之中。

此前，有相关研究表明新冠病毒的变异速度为每两周变异一次，然而近日，来自巴斯大学和爱丁堡大学的科研团队发表于《Genome Biology and Evolution》杂志的一篇题为“Causes and consequences of purifying selection on SARS-CoV-2”的新研究似乎又让人心凉了一截。这项最新研究推翻了先前的研究成果，指出此前的研究忽略了大量已经发生但从未被测序的突变。事实上，SARS-CoV-2几乎每周发生一次变异，变异速度比此前认为的高50%以上，未来，新型冠状病毒“异军”的出现速度或许会比我们想象得更快。

病毒的基因组在其增殖过程中不是一成不变的，在其复制过程中遗传物质会出现复制“错误”现象，时时刻刻有突变的风险。然而，这种“风险”对于某些新冠病毒来说可能是好事，即“正面选择”，它们通过变异来完善自己，让自己进化，从而提高自己的传染性。但也有少数新冠变异对病毒有害，发生“负面选择”，会降低其生存率，使他们无法再人体内存活太久，因此当我们在进行新冠病毒测序计算病毒的突变速度时，无法及时捕捉到它们。

在这项最新的研究中，科研人员估计了不同核苷酸组成的四倍简并位点（4DTv）的比率以评估基因组是否发生全基因组复制事件，并使用这些核苷酸依赖的比率来推断真正的潜在突变率，从而推断出缺失突变的比率。不仅如此，他们还利用生物信息学中最常见的Ka/Ks分析法推断出新冠病毒可能“缺失”的突变比率，若Ka/Ks>1，则认为有正选择效应，若 Ka/Ks<1，则认为有负面选择作用。综合研究数据显示，假如考虑到这些“隐身突变”，病毒的真实突变率至少比之前认为的高50%。因此为了降低突变速率，找到清除负面选择的原因十分必要，研究人员发现，负面选择大多源于可预测的原因，如变异使基因变短，或者使蛋白质（如刺突蛋白）功能不良等。

此前，俄罗斯报道在一名患有淋巴瘤的女子体内曾检测出18种变异的新冠病毒，首次确认了新冠病毒在生物体内长期存在会导致大量突变出现，这也警醒我们若人体的免疫系统难以控制病毒时，必须将其隔离，因为新冠病毒在人体内生存超过几个星期，就有可能会进化，促成新的变异体，正如阿尔法变异毒株的诞生一样。但巴斯大学米尔纳进化中心的劳伦斯·赫斯特教授表示：“我们也不必过分恐慌，新冠病毒在患者体内的进化几率并不高，因为大多数人在病毒发生变异之前就已经将体内病毒清除。”未来，希望科研人员能早日找到遏制病毒传播的有效机制，让世界重新回到新冠病毒大流行之前的状态，让大家重新回归正常的生活。

原始出处：

Atahualpa Castillo Morales， Alan M Rice， Alexander T Ho， et al. Causes and consequences of purifying selection on SARS-CoV-2. Genome Biology and Evolution， evab196.