Acta Neuropathologica: 神经鞘瘤病的表观遗传学、基因组学和转录组学
2020-10-13 MedSci原创 MedSci原创
神经鞘瘤病(SWNTS)是一种遗传性肿瘤易感综合征，是神经纤维瘤病的一种形式。
神经鞘瘤病(SWNTS)是一种遗传性肿瘤易感综合征，是神经纤维瘤病的一种形式，每126，315人中约有1人受到影响，其特征是发展为多种非皮内神经鞘瘤(SWNs)，主要发生在外周神经(90%)和脊神经(75%)，以及不太常见的脑神经。SWNTS的一个标志是严重的慢性局限性或弥漫性疼痛，对患者的生活质量产生负面影响，并经常导致死亡。虽然在一部分患者中发现了SMARCB1或LZTR1的种系突变，加上NF2的体细胞突变和22q染色体杂合度的丧失，但在大多数病例中驱动SWNTS-SWNs的表观遗传学和基因组学的变化却知之甚少。
我们进行了多平台基因组分析，建立了SWNTS-SWNs的分子特征。结果显示，SWNTS-SWNs具有与组织学上完全相同的非综合征散发SWNs（NS-SWNs）不同的基因组特征。我们证明了四种不同的单壁细胞DNA甲基化亚群的存在，它们与特定的转录程序和肿瘤位置有关。我们还展示了一些新的非22q重复缺失和结构重排。我们在SWNTS-SWNs中检测到SH3PXD2A-HTRA1基因融合，其在LZTR1突变肿瘤中占优势。此外，我们确定了与疼痛SWNTS-SWNs相关的特异性遗传、表观遗传和可操作的转录程序，包括PIGF、VEGF、MEK和MTOR途径，这些可能被用于该综合征的治疗。
方法：使用Qiagen DNeasy提取试剂盒纯化DNA，0.5μg经亚硫酸氢盐处理（Qiagen，EpiTect plus）。然后在PMGC使用Illumina Infinium humanmethylionepic（EPIC）阵列（Illumina，San Diego，CA，USA）处理所有肿瘤样本的DNA进行甲基化分析。
综上所述，我们注意到SWNTS-SWNs的特异性分子改变与LZTR1的种系突变之间存在着相当大的关联，这些突变包括NF2体细胞突变和缺失的高患病率、较高的CNV、疼痛的患病率以及SH3PSD2A-HTRA1融合。
Mansouri, S., Suppiah, S., Mamatjan, Y. et al. Epigenomic, genomic, and transcriptomic landscape of schwannomatosis. Acta Neuropathol (2020). https://doi.org/10.1007/s00401-020-02230-x
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