J Endod:新一代测序对于评估牙髓感染中潜在活性菌的作用

2020-06-19 lishiting MedSci原创

活性菌代表的是比DNA量更大的核糖体rRNA (rRNA gene),为此这篇研究的目的是为了检测新一代测序(NGS)数据的rRNA/DNA率以搜寻牙髓感染中的活性菌。

活性菌代表的是比DNA量更大的核糖体rRNA (rRNA gene),为此这篇研究的目的是为了检测新一代测序(NGS)数据的rRNA/DNA率以搜寻牙髓感染中的活性菌。

研究使用barcoded引物将5颗根尖周炎牙齿根管内配对的cDNA和DNA样本通过PCR扩增16S rRNA基因高变区V4-V5。使用Illumina MiSeq进行高通量测序,并采用QIIME和HOMD分析数据。采用Mann-Whitney检验对以DNA和rRNA为基础的NGS数据的细菌相对丰度进行统计学评估,采用nonparametric two-sample t检验评估多样性和丰度指数的差异(p < 0.05)。通过在各自分析中区分单个种属的平均丰度,以检测2种方法的细菌分类。

结果显示,尽管在细菌多样性和丰度指数中未见显著性差异,但是2种分析所得细菌数量的相对丰度不同。与DNA相比,rRNA数据中Firmicutes的相对丰度显著减少(p < 0.05)。Bacteroidales [G-2] bacterium HMT 274, Porphyromonas endodontalis, Tannerella forsythia, Alloprevotella tannerae, Prevotella intermedia, Pseudoramibacter alactolyticus, Olsenella sp. HMT 809, Olsenella sp. HMT 939, Olsenella uli和Fusobacterium nucleatum subsp. Animalis均占主导(DNA ≥ 1%)并且具有活性(rRNA/DNA ≥ 1)。

结论:基于DNA和rRNA的NGS整合的策略对于揭示牙髓感染中尚未培养出来或很难培养出来的细菌具有格外重要的作用。

原始出处:

Laura C L Nardello, Pamela P P Amado, et al. Next Generation Sequencing to Assess Potentially Active Bacteria in Endodontic Infections. J Endod., 2020 Jun 1;S0099-2399(20)30338-1. doi: 10.1016/j.joen.2020.05.004.

 

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