GUT:食管腺癌及巴雷特食管患者与临床相关的DNA甲基化亚型分析

2018-06-12 zhangfan MedSci原创

研究人员对食管腺癌及巴雷特食管患者甲基化亚型进行了分析,证实了与临床相关的甲基化亚型特征,为食管腺癌患者的个体化治疗提供了依据

近日研究人员就食管腺癌(EAC)及其前体巴雷特食管(BE)的DNA甲基化亚型分类及特征进行了考察。

研究人员采集了59名非发育不良型BE、23名EAC、33名正常鳞状食管以及9名正常食管患者样本进行全基因组甲基化分析,使用递归分区混合模型识别甲基化子类型,采用包含243个EAC相关基因的大规模平行测序法评估了9个BE和22个EAC样本的基因组变化,并结合转录组数据进行了整合分析,以确定表观遗传抑制基因。对EAC细胞系进行体外5-Aza-2'-脱氧胞苷(5-Aza-DC)、短发卡RNA敲除和抗癌治疗。

研究共确认了4种EAC及BE甲基化亚型,其中EAC高甲基化亚型(HM)中ERBB2激活事件数目最多,突变负担最重。PTPN 13受到HM亚型的异常甲基化所抑制,EAC中的抑制率为57%。在EAC细胞系中,5-Aza-dC治疗可恢复PTPN13表达,显著减少甲基化启动。EAC细胞中抑制PTPN13表达可导致ERBB 2/EGFR/src激酶通路的增殖、集落形成、迁移及磷酸化增强。研究人员发现 EAC细胞对拓扑替康、SN-38和帕博西尼等治疗反应存在亚型特异性。

研究人员对食管腺癌及巴雷特食管患者甲基化亚型进行了分析,证实了与临床相关的甲基化亚型特征,为食管腺癌患者的个体化治疗提供了依据。

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