Sci Rep：丙肝测序试剂有临床潜力
2018-03-16 药明康德 药明康德
丙型肝炎是威胁人类健康的巨大隐患之一。据世界卫生组织统计，全世界约有3％的人口感染丙型肝炎病毒（HCV），丙肝患者超过1.7亿人。丙型肝炎也是中国第四大传染性疾病，约有1000万人感染。大多数HCV感染者会发展出慢性肝病，甚至发展为肝硬化和肝细胞癌，每年大约有50万人死于与丙肝相关的肝脏疾病。
丙型肝炎是威胁人类健康的巨大隐患之一。据世界卫生组织统计，全世界约有3％的人口感染丙型肝炎病毒（HCV），丙肝患者超过1.7亿人。丙型肝炎也是中国第四大传染性疾病，约有1000万人感染。大多数HCV感染者会发展出慢性肝病，甚至发展为肝硬化和肝细胞癌，每年大约有50万人死于与丙肝相关的肝脏疾病。
丙型肝炎分为6种基因型（GT1-6），其中基因型1（GT1）是欧洲最常见的类型，占欧洲丙肝患者总数的66%。进行抗病毒治疗时，需要鉴定HCV基因型及其亚型（GT1a/1b）来选择治疗方案和管理患者，因此需要有能对相关基因组区域进行深度测序并解读的高分辨率系统。近日，一篇发表在《Scientific Reports》上的论文描述了一项研究，评估了利用Sentosa SQ针对HCV 5B非结构区域（NS5B）进行深度测序分析的效果。
本研究中的临床样本来自采用抗HCV治疗的患者。研究者将Sentosa SQ的结果与传统Sanger测序的结果进行了比较。Sentosa SQ正确地鉴定了73.9％的HCV GT1亚型（其中包括94.4％ GT1a和100％GT1b），36.4％的GT2， 100％的GT3，94.1％的GT4，100％的GT5a和所有的GT6亚型，以及4种被归类为1b亚型的重组菌株2k/1b。这些结果显示，针对NS5B区域时Sentosa SQ与传统Sanger测序高度一致，差异主要见于HCV GT2亚型。总体而言，在本研究中Sentosa SQ基于深度测序的结果能够提供用于定制抗HCV治疗所需的基因型/亚型信息。进一步的改进，例如分析更长的NS5B片段，扩大用于亚型比较的参考菌株数据库等等，将有助与它成为在未来临床实践和研究中用于HCV基因分型和亚型分型的优选。
原始出处：
Rodriguez C，et al.A novel standardized deep sequencing-based assay for hepatitis C virus genotype determination.Sci Rep.2018 Mar 8；8(1)：4180.
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