Sci Rep:膀胱癌开放染色质区域分析阐释β-catenin变异和Wnt信号与膀胱癌神经元亚型的联系

2020-11-12 AlexYang MedSci原创

膀胱尿道癌是最常见的膀胱癌,每年影响40多万人。在组织病理学上,它主要分为肌层浸润性膀胱癌(MIBC)和非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)。最近,主要由TCGA等联盟推动的研究揭示了MIBC和NMIBC

膀胱尿道癌是最常见的膀胱癌,每年影响40多万人。在组织病理学上,它主要分为肌层浸润性膀胱癌(MIBC)和非肌层浸润性膀胱癌(NMIBC)。最近,主要由TCGA等联盟推动的研究揭示了MIBC和NMIBC的变异情况,并确定了膀胱癌的分子亚型。由于染色质蛋白的变异率特别高,膀胱癌被认为是染色质疾病,并指出了研究表观遗传失调和这种癌症中调控的重要性。

最近,有研究人员分析了MIBC产生的ATAC-seq数据,并将他们的研究结果与基因表达和DNA甲基化数据相结合,以确定MIBC的亚组特异性调控模式。研究人员的计算分析揭示了3个MIBC调控簇,分别命名为神经元、非神经元和腔隙外群。研究人员确定神经元调控元件的靶基因参与WNT信号转导,而非神经元和腔外调控区的靶基因分别富集于上皮分化和药物代谢。神经元调控元件确定为?-catenin靶点(p=3.59e-08),包括FGF9、PROX1等参与神经发生的基因,并显著富集TCF/LEF结合位点(p=1e-584)。在三个不同的队列中,神经元调控元件调控的?-catenin靶点上调,表明了?-catenin在神经元膀胱癌中的特征。此外,与变异数据整合发现,神经元膀胱癌的致癌外显子3 ?-catenin突变显著高于非神经元膀胱癌(OR=31.33,p=1.786e-05)。

膀胱癌患者中β-catenin和 β-catenin破坏复合物组分的变异情况

最后,研究人员指出,他们的结果首次确定了神经元膀胱癌的调控元件特征,并通过β-catenin及其破坏复合物成分的变异将这些神经元调控元件与WNT信号传递联系了起来。

原始出处:

Aleyna Eray, Perihan Yağmur Güneri, Gülden Özden Yılmaz et al. Analysis of open chromatin regions in bladder cancer links β-catenin mutations and Wnt signaling with neuronal subtype of bladder cancer. Sci Rep. Oct 2020

 

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