Cell:基因“剪刀”刀指RNA

2016-06-22 Arshad Desai 《细胞》

旨在研究其在疾病中扮演的角色 CRISPR-Cas9 基因编辑技术已被改进用于靶向RNA。图片来源:Molekuul/SPL/Getty 发现了剪断基因的分子“剪刀”的研究人员,如今开发出用于靶向并剪切RNA的类似方法。新的剪切工具应当能帮助研究人员更好地理解RNA在细胞和疾病中的作用。一些人认为,它或许有一天可用于治疗从亨廷顿氏舞蹈症到心脏病的诸多疾病。 为研发

旨在研究其在疾病中扮演的角色

CRISPR-Cas9 基因编辑技术已被改进用于靶向RNA。图片来源:Molekuul/SPL/Getty

发现了剪断基因的分子“剪刀”的研究人员,如今开发出用于靶向并剪切RNA的类似方法。新的剪切工具应当能帮助研究人员更好地理解RNA在细胞和疾病中的作用。一些人认为,它或许有一天可用于治疗从亨廷顿氏舞蹈症到心脏病的诸多疾病。

为研发针对这一过程的“刀片”,来自美国布罗德研究所的张锋领导研究人员利用了CRISPR(成簇的、规律间隔的短回文重复序列),即细菌进化出的用于对抗病原体的系统。CRISPR此前被用于编辑DNA,但理论上其对RNA也应该有效。

这些日前发表于《科学》杂志的最新发现系统探索了保护细菌的自然防御系统的不同方面,并且或许最终可用来帮助人类。“大自然早已发明了所有这些真正有趣的机制。”张锋将自己比作一名探宝者。他说:“我们只是努力参与并了解它们是如何工作的,然后将其变成对我们有用的工具。”

张锋表示,这篇新论文将不会影响正在进行的关于谁拥有CRISPR-Cas9基因编辑方法的专利纠纷。他的团队首次在哺乳动物细胞中使用了CRISPR-Cas9。由加州大学伯克利分校研究人员Jennifer Doudna领导的另一个团队和法国研究人员Emmanuelle Charpentier首次发表了CRISPR-Cas9,并证实其在病菌中的活性。

颇具讽刺意味的是,Doudna是一篇今年3月发表于《细胞》杂志、利用CRISPR-Cas9在哺乳动物细胞中剪切RNA的论文的共同作者,而张锋的最新论文聚焦的是细菌。两种RNA操控方法或许在接近相同目的上是互补的,又或者事实可能证明一种比另一种更加有效。在日前的采访中,每个团队均表扬了另一团队的工作,同时赞美了各自方法的优势。

张锋介绍说,他的最新方法——利用C2c2酶靶向RNA——依赖于现有的自然系统,因此可能比要求更多操控的方法更加有效。发表于《细胞》杂志的上述论文通讯作者Gene Yeo表示,他同Doudna和张锋均有过合作,并且将最新论文视为驱动科学发展的一种“友好竞争”的延续。“很多研究组之间总是存在一些竞争,包括我自己的研究组。”他说,“我认为,科学上的竞争是有益的。人们往往会拓展更多边界。”

尽管Yeo指出,研究尚未证实C2c2系统在哺乳动物细胞中发挥作用,但张锋表示,尚未发表的结果让他在这一点上保持着乐观态度。

身为加州大学圣地亚哥分校细胞和分子医学教授的Yeo认为,在人类身上进行测试之前,两种靶向RNA的方法都还有很长的路要走,但前景就在那里。同时,靶向RNA可能还提供了关于RNA中的改变如何导致生物学变化和疾病发展的最新见解。“我认为,大量的此类工具将让我们得以监控并研究RNA。”Yeo表示,“这帮助我们不仅将RNA视为DNA和蛋白之间的中间分子,还将其视为治疗疾病和发育问题的工具。”

基因包含产生单链RNA的双链DNA,而单链RNA又反过来产生生命所需的蛋白。很多疾病源自蛋白过多或过少。理论上,作用于RNA能帮助推动这些蛋白的水平上升或下降,因此提供了治疗方法。

和“摆弄”基础的DNA相比,操控RNA会产生较少的伦理顾虑,尽管基因编辑仍是治疗一些疾病的更好方法。“DNA编辑的问题在于,它是永久性的。”Yeo介绍说,“这或许是好事,但如果出现错误,怎么办?”在一些情形下,比如对于脑细胞来说,DNA修复机制是如此的强大,以至于它可能在作用于RNA而非剪切DNA方面更加高效。

上述发表于《科学》杂志的论文报告称,C2c2还能被用于为RNA添加荧光标记,从而成为一种追踪并更好地理解其活动的方式。

张锋表示,他一直对开发靶向RNA的系统很感兴趣。他的团队决定调研不同种类的CRISPR系统,以阐明其功能。最新研究表明,C2c2原来是一种靶向RNA的系统。此项研究包括了来自美国国立卫生研究院、罗格斯大学和俄罗斯斯科尔科沃理工学院以及哈佛大学和麻省理工学院的研究人员。和靶向特定RNA的Cas9系统一样,C2c2可被直接“瞄准”到期望的RNA序列,因此看上去不太会产生脱靶效应。

张锋的同事、最新论文共同作者Eugene Koonin用一种更有诗意的方式描述它:“生命的进化在很大程度上是宿主—寄生虫互动的故事。”身为美国国家生物技术信息中心进化基因组学专家的Koonin说,“当我们探寻宿主和寄生虫之间的这种‘军备竞赛’时,便会在细胞生物应对寄生虫以及寄生虫进行抵抗方面发现愈发复杂、新颖的方式。”(来源:中国科学报 宗华)

相关研究:

Abudayyeh OO, Gootenberg JS, Konermann S, Joung J, Slaymaker IM, Cox DB, Shmakov S, Makarova KS, Semenova E, Minakhin L, Severinov K, Regev A, Lander ES, Koonin EV, Zhang F.C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector.Science. 2016 Jun 2. pii: aaf5573. [Epub ahead of print]


Gerson-Gurwitz A, Wang S, Sathe S, Green R, Yeo GW, Oegema K, Desai A.A Small RNA-Catalytic Argonaute Pathway Tunes Germline Transcript Levels to Ensure Embryonic Divisions. Cell. 2016 Apr 7;165(2):396-409. doi: 10.1016/j.cell.2016.02.040. Epub 2016 Mar 24.


Nuñez JK, Bai L, Harrington LB, Hinder TL, Doudna JA.CRISPR Immunological Memory Requires a Host Factor for Specificity. Mol Cell. 2016 Jun 16;62(6):824-33. doi: 10.1016/j.molcel.2016.04.027. Epub 2016 May 19.


Fonfara I, Richter H, Bratovič M, Le Rhun A, Charpentier E.The CRISPR-associated DNA-cleaving enzyme Cpf1 also processes precursor CRISPR RNA.Nature. 2016 Apr 28;532(7600):517-21. doi: 10.1038/nature17945. Epub 2016 Apr 20.

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Science:更多证据证实RNA是生命起源

在一项新的研究中,来自德国慕尼黑大学的研究人员证实嘌呤类碱基腺嘌呤和鸟嘌呤如何能够容易地和高产率地合成,从而提供更多证据证实RNA可能是地球上生命的起源。相关研究结果发表在2016年5月13日那期Science期刊上,论文标题为“A high-yielding, strictly regioselective prebiotic purine nucleoside formation pathwa

Nature Chem Bio:旧药新用——GSK893能够有效对抗两类RNA病毒感染

(图片摘自www.sciencealert.com) 长久以来,科学创新往往离不开偶然的发现,最近又出现了一个鲜活的例子:之前由于研究意义不大而被丢弃的一种药物被发现能够有效对抗两类感染人体的病毒。 该药物叫做GSK983,来自斯坦福大学的化学家Chaitan Khosla发现该药物能够帮助人源细胞抵抗登革热病毒以及VEEV(委内瑞拉马脑炎病毒)感染。 通过大规模的筛选,作者们发现该药物

Cell Stem Cell:科学家揭秘癌症血细胞转化机制

加拿大和美国科研机构的遗传学家团队成功发现骨髓干细胞是如何再生形成白血病——一种血液疾病的。研究表明:RNA编码系统在病理过程中起到了重要作用。相关文章已经刊登在Cell Stem Cell杂志之上。  科学家发现:当特定基因干细胞——白细胞的前身发生突变,细胞就会变得对炎症反应更加敏感。其结果就是会激活ADAR1酶,这种物质会对RNA小分子进行重新编辑,改变腺甙——核苷酸A的主要成分。let-7

NEJM:东非和泰国成人急性HIV-1感染研究

急性人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)感染是传播HIV-1的主要原因,了解认识急性HIV-1感染有助于根除HIV-1或实现功能性治愈的治疗策略的发展。 研究者对2276名 HIV-1感染高危者每周进行两次定性血浆HIV-1 RNA核酸检测。对检测到HIV-1 RNA核酸的参与者,进行临床观察,定量检测HIV-1 RNA水平、HIV抗体和淋巴细胞的免疫分型结果(每周两次)。 研究结果显示

盘点:2016年5月13日Science期刊精华

本周又有一期新的Science期刊(2016年5月13日)发布,它有哪些精彩研究呢?让小编一一道来。1. Science:一箭三雕!HIV新靶点助推更强疫苗开发在一项新的研究中,来自美国国家卫生研究院(NIH)等多家机构的研究人员取得三项突破。他们发现HIV的一个新的可被疫苗攻击的脆弱位点、一种结合这个靶位点的广泛中和抗体,以及这种抗体如何阻止这种病毒感染细胞。相关研究结果发表在2016年5月

Science:张锋发现可用于编辑RNA的CRISPR系统

包括Feng Zhang在内的研究人员已经证实,一种细菌蛋白确实能被用作替代编辑方法;该蛋白被假设是一个可用于RNA靶向编辑的工具,就像CRISPR-Cas9以DNA作为编辑标靶的方式。这一发现对一系列的生物学应用都具重要意义,这些应用包括RNA的标记、修饰和调节。所有种类的细菌中大约有一半会利用一种被称作“规律间隔成簇短回文重复序列及CRISPR相关基因(CRISPR-Cas)”的免疫系统,该系