Nat Commun:全基因组测序揭示与肿瘤复发和脊索瘤特异性存活相关的基因组改变

2021-02-05 xiaozeng MedSci原创

脊索瘤是一种罕见的骨肿瘤,一般发生于颅骨、脊椎骨和骶骨部位的中轴骨,病因不明且复发率高。

脊索瘤是一种罕见的骨肿瘤,一般发生于颅骨、脊椎骨和骶骨部位的中轴骨,病因不明且复发率高。美国监测流行病学和最终结果(SEER)的数据显示,脊索瘤的发病率因性别和种族而异,然而,其发病原因仍知之甚少。

脊索瘤的基因组分析相关研究结果目前仍很有限。迄今为止,最大的测序分析包括104例脊索瘤患者,但仅对11个肿瘤进行了全基因组测序(WGS)分析。而在既往的研究中发现,TBXT基因这一在胚胎发育中起重要作用的转录因子,其重复编码被确定为家族性脊索瘤的主要易感性机制。TBXT的常见遗传多态性也被证实与家族性和散发性脊索瘤的患病风险升高相关。

颅底脊索瘤的突变情况

在该研究中,研究人员对80个颅底脊索瘤样本进行了全基因组测序,并鉴定了PBRM1(一种SWI/SNF复合亚基基因)是一个显著的突变驱动基因。在这些样本中,PBRM1的基因组改变(12.5%)和CDKN2A/2B基因座的纯合缺失是最普遍的事件。

颅底脊索瘤的基因组驱动景观

研究人员发现,PBRM1的基因组改变结合22q染色体的缺失(涉及另一个SWI/SNF基因SMARCB1),与脊索瘤特异性存活率和无复发生存率较差相关。尽管这些基因组的突变率较低,但经常发生广泛性的体细胞拷贝数变异,且在成对的原发和复发/转移样本之间显示出了高度的一致性,这也说明这些基因组改变在脊索瘤发生发展中的重要性。

基因组特征与脊索瘤特异性生存率(CSS)和无复发生存率(RFS)相关

总而言之,该研究结果为颅底脊索瘤提供了重要的生物学数据和临床见解。


原始出处:

Bai, J., Shi, J., Li, C. et al. Whole genome sequencing of skull-base chordoma reveals genomic alterations associated with recurrence and chordoma-specific survival. Nat Commun 12, 757 (03 February 2021).

 

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