PNAS:新冠肺炎病毒的3种变体已被发现,中国以B型为主

2020-04-10 技术力量 技术力量

《 美国国家科学院院刊》上的一篇报告显示,国际研究团队已发现了新冠肺炎病毒(SARS-CoV-2)的3个不同变体。

《 美国国家科学院院刊》上的一篇报告显示,国际研究团队已发现了新冠肺炎病毒(SARS-CoV-2)的3个不同变体。

通过对人类患者中新冠肺炎病毒的前160个完整基因组进行的系统进化网络分析,国际科学家团队发现了SARS-CoV-2的3个不同变体:分别是A,B和C。A和C型变体主要存在于东亚以外地区,即在欧洲人和美国人中被发现,而B型变体是东亚患者体内最常见的类型。

剑桥大学遗传学家彼得·福斯特博士及其同事使用了2019年12月24日至2020年3月4日期间,从全球采样的SARS-CoV-2病毒基因组的数据,揭示了该病毒的3个不同变体。他们发现,A变体病毒与蝙蝠SARS-CoV-2病毒最接近,但令人惊讶的是,它不是武汉新冠肺炎病毒的主要病毒类型。

在美国和澳大利亚的患者中发现了大量的A型变体病毒。而武汉地区的主要病毒类型为B型变体,这种病毒在东亚各地的患者中普遍存在。 但是,该变种在没有进一步变异的情况下并没有在该地区以外传播很多。

武汉的主要病毒B型在东亚各地的患者中普遍存在。 但是,该变种在没有进一步变异的情况下并没有在该地区以外传播很多,这暗示着武汉的奠基人事件,或东亚以外地区对该类型的抵抗。

C变体是欧洲地区存在的新冠肺炎病毒类型,在法国,意大利,瑞典和英国的早期患者中发现。 C变体在中国大陆样本中没有被发现,但在新加坡,中国香港地区和韩国见过。

这项新的分析还表明,C变体病毒最早是在1月27日进入意大利,这是通过德国感染患者传播而来的,而另一种早期的意大利C型病毒感染途径与新加坡感染群有关。

该团队利用遗传网络技术准确地追踪了已确定的感染途径,也就是通过突变和病毒谱系将已知病例之间的点联系在一起。

科学家们认为这种方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序,以帮助预测未来疾病传播。

福斯特博士说:“系统进化网络分析有可能帮助识别未记录的新冠肺炎感染源,然后可以对其进行隔离,以进一步遏制该病在全球的传播。”

研究人员将病毒A变体确定为与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒最密切相关,称其为爆发的根源。

B变体从A变体变异产生,然后C变体病毒又是从B型病毒变异而来。

福斯特博士说:“ B变体在东亚的定位可能是由始祖效应引起的:当出现病毒时,从一小群孤立的感染群体中建立一种新的类型,就会出现遗传瓶颈。”

福斯特博士认为还有另一种值得考虑的解释。他说:“武汉B型新冠肺炎病毒可以在免疫或环境方面适应大部分东亚人口。可能需要变异以克服东亚以外人群的免疫抵抗。 在初始阶段,我们似乎看到B型东亚新冠肺炎病毒的突变率比其它任何地方都要慢。”

“我们详细描述的病毒网络是流行早期的快照,当时COVID-19的进化途径被大量突变所掩盖。 就像在行动中捕捉到了一颗超新星。”

 

原始出处:

Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, and View ORCID ProfileMichael Forster. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes.

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