Science:新型单细胞基因组线性扩增法

2017-04-17 佚名 生物探索

谢晓亮教授在4月14日的Science上发表文章报道了实验室的最新研究:一种新型的单细胞基因组线性扩增的方法——转座插入(LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion)。LIANTI法在检测拷贝数目变异和单核苷酸变异上的准确度都优于以前的MALBAC,DOP-PCR等方法。



谢晓亮教授在4月14日的Science上发表文章报道了实验室的最新研究:一种新型的单细胞基因组线性扩增的方法——转座插入(LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion)。LIANTI法在检测拷贝数目变异和单核苷酸变异上的准确度都优于以前的MALBAC,DOP-PCR等方法。

全基因组扩增的方法是单细胞测序的关键

单细胞基因组测序为细胞间异质性和基因组不稳定性等问题提供了新的视角,对于生物学和医学很重要。单细胞测序技术的关键——全基因组扩增(WGA)的方法,为下一代测序提供足够的DNA。WGA的方法目前被拷贝数变异(CNV)检测的低精度限制和低保真度放大所阻碍。

指数扩增和线性扩增的差异

几种不同扩增方法的变异系数

由于以前所有方法的LIANTI

谢晓亮教授在Science上的报告了一种改进的单细胞的WGA法:通过转座子插入进行线性放大。DNA被含有T7启动子的Tn5转座子随机片段化,T7启动子允许线性扩增。LIANTI法优于现有的方法,能在千碱基分辨率进行微CNV检测。这允许直接观察从细胞到细胞不同的,随机发生的DNA复制起始。

LIANTI法的示意图

该研究还表明,单细胞基因组学中观察到的,从C到T的突变,产生于因细胞裂解造成的胞嘧啶脱氨。现在识别单核苷酸变异(SNV)可以通过对同源细胞测序完成。他们用这种方法,确定了在紫外线照射后的单个人细胞中的单核苷酸变化的频谱。

原始出处:
Chongyi Chen, Dong Xing, Longzhi Tan,et al.Single-cell whole-genome analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI).Science.2017 Apr 14.

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