Nature Genetics：HPV全基因组整合图谱分析
2015-01-20 何嫱 生物通
来自华中科技大学、南方医科大学、华大基因研究院等机构的研究人员，通过对宫颈癌（cervical cancer）进行全基因组人类乳头瘤病毒（HPV）整合图谱分析，鉴别出了一些成簇的基因组热点，并揭示出了由微同源(microhomology)介导的一种潜在整合机制。这些研究结果发表在1月12日的《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上。 华中科技大学的马丁（Ding Ma）教授、汪辉（
来自华中科技大学、南方医科大学、华大基因研究院等机构的研究人员，通过对宫颈癌（cervical cancer）进行全基因组人类乳头瘤病毒（HPV）整合图谱分析，鉴别出了一些成簇的基因组热点，并揭示出了由微同源(microhomology)介导的一种潜在整合机制。这些研究结果发表在1月12日的《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上。
华中科技大学的马丁（Ding Ma）教授、汪辉（Hui Wang）教授以及华大基因研究院副院长徐讯(Xun Xu)是这篇论文的共同通讯作者。
宫颈癌是女性生殖系统最常见的恶性肿瘤。在发展中国家，其发病率甚至超过乳腺癌，成为严重威胁妇女健康和生命的第一大恶性肿瘤。目前宫颈癌的治疗主要以手术和放疗为主，化疗和其他免疫治疗为辅，其五年生存率仅为55%左右。
流行病学研究显示，HPV在人体正常宫颈上皮细胞中持续感染是宫颈癌发生的主要诱因之一。人体在受到HPV感染后，免疫系统会尝试将其清除。如果此时病毒仍逗留在体内，就会插入人体基因组，最终导致癌症发生。因而，HPV整合入宿主基因组是宫颈癌发生和发展过程中的一个关键遗传事件，大约90%左右的宫颈癌中均可检测到HPV的整合。深入探索HPV导致宫颈癌发生的致病机理，并在此基础上开发靶向治疗新策略，一直是研究者关注的热点。
在这篇新文章中，研究人员通过采用全基因组测序和高通量病毒整合检测，在26个宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia)、104个宫颈癌和5个细胞系中鉴别出了3,667个HPV整合断点。除重新计算了以往发现的一些频繁整合位点：POU5F1B (9.7%)、 FHIT (8.7%)、KLF12 (7.8%)、KLF5 (6.8%)、LRP1B (5.8%)和LEPREL1 (4.9%)的整合频率外，研究人员还发现了一些新的热点：HMGA2 (7.8%), DLG2 (4.9%)及SEMA3D (4.9%)。
他们发现当HPV整合到FHIT和LRP1B基因的内含子中时，它们的蛋白质表达下调。而当HPV整合到MYC和HMGA2基因的侧翼区时，这些基因的蛋白质表达升高。此外，研究人员发现有一些人类基因组和HPV基因组的微同源序列显著富基于整合断点附近，表明有可能通过微同源介导的一些DNA修复信号通路，使得病毒和人类DNA之间发生了融合
这些研究数据提供了有关HPV整合驱动宫颈癌发生的一些新见解。
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