转录辅助因子对不同类型的核心启动子具有特异性

2019-05-28 佚名 细胞

转录辅助因子(transcriptional cofactor, COF)在增强子与启动子之间传递调控线索,是转录激活和基因表达的核心效应物。虽然已证实某些COF比其他COF更偏好某些启动子类型,但是不同COF对不同启动子显示出的内在特异性的程度尚不清楚。

转录辅助因子(transcriptional cofactor, COF)在增强子与启动子之间传递调控线索,是转录激活和基因表达的核心效应物。虽然已证实某些COF比其他COF更偏好某些启动子类型,但是不同COF对不同启动子显示出的内在特异性的程度尚不清楚。

在一项新的研究中,来自奥地利维也纳生物中心分子病理学研究所的研究人员在黑腹果蝇S2细胞中使用高通量启动子活性测定来筛选23个COF激活7.2万个候选核心启动子(core promoter, CP)的能力。相关研究结果于2019年5月15日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Transcriptional cofactors display specificity for distinct types of core promoters”。

这些研究人员观察到核心启动子的差异激活,这表明COF与特定类型的核心启动子之间存在着不同的调节偏好或者说“兼容性(compatibilities)”。这些功能不同的核心启动子在TATA盒、下游启动子元件(downstream promoter element, DPE)和TCT基序等已知的序列元件上差异性地富集,并在内源性位点上显示出不同的染色质特性。

值得注意的是,这些核心启动子类型在它们的H3K4me3和H3K4me1标记上存在不同的相对丰度,这表明这些组蛋白修饰可能能够区分反式调节因子而不是启动子和增强子类型的顺式调节元件。

这些研究人员证实在人细胞和另外两种果蝇细胞中证实了不同COF-核心启动子兼容性的存在。为此,他们发现了分别偏好TATA盒和CpG岛启动子的COF。COF和核心启动子之间的不同兼容性能够解释不同的增强子如何特异性地激活不同组的基因、相同基因内的可变启动子(alternative promoter)和相同启动子内的不同转录起始位点。

综上所述,COF-核心启动子兼容性可能是果蝇和人类等不同物种中不同转录程序的基础。

原始出处:
Haberle V1, Arnold CD1, Pagani M1, et al.Transcriptional cofactors display specificity for distinct types of core promoters.Nature. 2019 May 15. doi: 10.1038/s41586-019-1210-7. [Epub ahead of print]



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