Clin Chem:新技术可以实现在单碱基分辨率下对DNA甲基化定量分析

2019-07-21 不详 MedSci原创

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DNA甲基化图谱因其信息丰富,因此具有潜在的临床应用价值。目前已有多种方法检测特定CpG位点的甲基化,如定量甲基化特异性PCR (qMSP)。现有的基于qMSP的技术未能在单碱基分辨率下检查基因组甲基化,特别是基因座以及侧翼广泛CpG开放区域缺乏CpG。因此,本研究建立了一种新的单碱甲基化定量分析方法。为了获得较强的单碱基特异性,研究人员开发了一种基于PCR的方法,在亚硫酸氢盐治疗后使用成对探针设计了6-羧基荧光素-2 ' --7 '苯基-1,4-二氯-6-羧基荧光素标记探针,并与少量沟槽粘结剂结合,分别特异性地与靶向单CpGs的甲基化和非甲基化等位基因在其3 '半区结合。由甲基化/(甲基化+非甲基化)值计算甲基化率。

研究显示,本研究的单碱基甲基化法定量分析4个人类基因启动子或体中单个CpGs时,线性度在4个数量级以上(R2 = 0.989-0.994;所有P < 0.001)。在10直肠癌样本的队列中,该方法显示出与亚硫酸氢盐焦磷酸测序类似的检测性能(R2 = 0.875-0.990;(R2 = 0.841 vs . 0.769;P = 0.002 vs . 0.009)

因此,该方法对测定单碱基甲基化具有很高的特异性和敏感性,对基于甲基化的诊断和预后应用具有潜在的应用价值。

原始出处:

Huichuan Yu, Liangliang Bai,Novel Assay for Quantitative Analysis of DNA Methylation at Single-Base Resolution

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