Sci Rep：5-miRNA标签特征可作为食管鳞状细胞癌的预后生物标志物
2020-01-09 xiangting MedSci原创
这项研究旨在确定一种可以预测食管鳞状细胞癌（ESCC）患者总体生存率（OS）的miRNAs标签。 从NCBI GEO获得119名ESCC患者的miRNA表达谱及其相应的临床信息，并将其作为训练集。在早期和晚期样本间筛选差异表达的miRNAs（DEmiRNAs）。使用Cox回归分析、递归特征消除（RFE）-支持向量机（SVM）算法和LASSO Cox回归模型来识别预后性mi
这项研究旨在确定一种可以预测食管鳞状细胞癌（ESCC）患者总体生存率（OS）的miRNAs标签。
从NCBI GEO获得119名ESCC患者的miRNA表达谱及其相应的临床信息，并将其作为训练集。在早期和晚期样本间筛选差异表达的miRNAs（DEmiRNAs）。使用Cox回归分析、递归特征消除（RFE）-支持向量机（SVM）算法和LASSO Cox回归模型来识别预后性miRNAs，从而建立预后评分模型。此外，预测了这些预后性miRNAs的有前途靶基因，然后构建了miRNA靶基因网络。通过功能富集分析，分析了ESCC中这些预后性miRNAs预测靶基因的功能相关性。
在训练集中，早期与晚期样本有46个DEmiRNAs。建立了基于5个miRNAs的风险评分模型。该5-miRNA风险评分可以将训练集分为OS时间明显不同的高危组和低危组。在一个来自癌症基因组图谱（TCGA）的独立数据集中，成功验证了5-miRNA风险评分的风险分层能力。已确定了与这些miRNAs相关的各种生物学过程和通路，例如Wnt信号通路、TRP通道的炎症介质调节通路和雌激素信号通路。
这项研究提示，与病理分期相关的5-miRNA标签对预测ESCC患者的预后具有临床意义。
原始出处：
Jun
Yu. Characterization of a five-microRNA signature as a prognostic biomarker for
esophageal squamous cell carcinoma. Sci Rep. 27 December 2019.
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