长链非编码RNA(lncRNA)靶标数据库及预测软件汇总

2014-01-10 MedSci MedSci原创

国内外长链非编码RNA的研究刚刚兴起,但已有相当多数据库资源供大家参考。(1) ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新:2012年11月(2)LNCipedia: 对

国内外长链非编码RNA的研究刚刚兴起,但已有相当多数据库资源供大家参考。(1) ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新:2012年11月(2)LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站:http://www.lncipedia.org 更新:2012年7月(3)lncRNABase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站:http://starbase.sysu.edu.cn/mirLncRNA.php 更新: 2013年11月(4)lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick



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