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基因组高通量测序应用最新技术与数据分析

2017/10/13
Tags: 基因组  转录组  高通量测序  数据分析  
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会议时间:
会议地点:广东省广州市
主办单位:北京中科云畅应用技术研究院与中科院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室联合
承办单位: 北京中科润开生物科技有限公司

生物信息学介绍 生物信息学介绍与前沿技术动态 序列的比对 1、全局比对clustalw,muscle,hmmer 2、局部比对blast,sim4,genewise 3、序列比对算法分析 基因组/基因注释分析 1、新一代测序技术原理和数据处理介绍 2、基因组拼接与组装 基因组denovo组装方法 重复序列分析技术 3、rna分析 trna,rrna,microrna,snorna rna干扰,sirna预测技术 4、基因预测 原核:glimmer,真核:genescan,augustus 5、基因功能注释及常用的数据库介绍 基因组学研究概述 1、structuralgenomics:结构基因组学 2、functionalgenomics:功能基因组学 3、drugdiscovery:药物研发 4、personalizedmedicine:个性化、精细医疗 dna测序技术-转录组分析的进化 1、第一代测序技术:sanger测序原理 2、第二代测序技术:illumina,454,iontorrent原理 3、第三代测序技术:pacbio,hellicos原理 4、第四代测序技术: oxfordnanopore原理 5、其他技术hybridizationbasedmethods(nabsys) experimentalprocedurefortranscriptomicanalysis introduction numberofduplications sequencingcoverage transcriptomicanalysisusingngs(rna-seq) transcriptomicanalysisusingpacbio(iso-seq) isoseqexperimentaldesign dataanalysis(part1):datapre-processing evaluationofdataquality数据分析 dataformat,fasta,fastq,qualityvalue,gff3datacleanup qualityfilter,trimmer,clipper dataanalysis(part2):referencefreeanalyses(无参转录组分析) genediscovery trinitydenovotranscriptomeassembly analysisofdifferentialexpressedgene(degs) abundanceestimationusingrsem differentialexpressionanalysisusingedger exploretheresults(cummerbund) maplot,volcanoplot,falsediscoveryrate(fdr) hierarchicaltwo-wayclustering,pairwisesample-distance,geneexpressionprofiles. 使用r语言进行生物信息学相关的分析 使用r语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等 生物信息学专业图kegg、go等的绘制方法与运用r语言进行实现 基因组可视化软件circos的使用 使用circos绘制基因组圈图 生物信息学专业常用工具及绘图方法 应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换; 学bioedit、wego等常用生物学专业软件的图表及格式转换

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