期刊阅读
Nature Methods:GPT-4在单细胞分析中的突破:高效的细胞类型识别
研究人员展示了GPT-4在利用标记基因(marker gene)信息进行细胞类型标注方面的准确性和效率。
Nature Methods:从模型到治疗:类器官在癌症研究中的革命性作用
通过光遗传学方法,可以空间和时间控制地激活致癌驱动突变,这些方法结合生物工程支架,为癌症早期阶段的模型提供了前景。
Nature Methods:多中心协作揭示:非编码CRISPRi筛选的力量与潜能
ENCODE项目的多中心综合分析揭示了非编码CRISPRi筛选的潜力,为未来CRISPRi筛选设计和分析提供了实验指南,加速了非编码基因组功能特性的研究。
Nature Methods:光遗传学新突破:控制单分子释放的创新方法
这项研究为单分子水平上研究细胞功能提供了一个强大的新工具,并可能对未来的生物学和医学研究产生重要影响。
Nature Methods:革命性的CRISPR-CasRx筛选平台:开启癌症基因组新篇章
开发高效、系统的技术平台,对lncRNA进行全基因组规模的功能筛选,对于揭示其在生理和病理过程中的作用至关重要。
Nature Methods:解码RNA与蛋白质相互作用的新视角:TREX技术的突破
报道了一种名为TREX的技术。TREX技术,作为一种创新的实验方法,为研究活细胞中特定RNA区域与RNA结合蛋白之间的互作提供了强有力的工具。
Nat Methods:何川团队开发RNA结合蛋白结合位点原位逆转录测序分析的新方法
该研究提出了一种基于逆转录的RBP结合位点测序(ARTR-seq)的检测方法,该方法依赖于抗体引导下RBP结合RNA的原位逆转录来识别RBP结合位点。
Nature Methods:南京大学黄硕团队开发了新的蛋白质测序方法
该研究提出了一个工程化的异八聚耻垢分枝杆菌孔蛋白A (MspA)纳米孔(含有一个单一的Ni2+修饰)。
Nature Methods:北京大学汤富酬团队开发新的方法,揭示单个细胞内高阶染色质结构
该研究开发了scNanoHi-C,它应用纳米孔长读测序来探索单个细胞内全基因组近端高阶染色质接触。
Nat Methods:新泛基因组研究工具包PGR-TK,可在多种尺度上分析重复/临床相关复杂基因变异
。通过将PGR-TK中的图分解方法应用于二型主要组织相容性复合体(MHC-II)中,证明了人类泛基因组对分析复杂基因区域的重要性。
Nature Methods:中国科学院彭广敦开发新的空间多组学技术,解密小鼠脑发育的时空谱系
该研究报道了基于微流控索引的转座酶可及染色质和RNA测序的空间分析(MISAR-seq),这是一种染色质可及性和基因表达的空间分辨联合分析方法。
碱基编辑进入“迷你时代”,杨辉团队开发出基于Cas9祖先IscB的微型碱基编辑器
该研究对IscB进行了大量优化和改造,获得了在人类细胞中具有高效基因编辑活性的IscB变体——enIscB。
Nature Methods:北师大章晓辉、王友军团队与中科大唐爱辉团队合作开发新型高灵敏钙信号荧光蛋白探针
该研究开发构建了一类检测钙信号的新型荧光蛋白探针NEMOs,具有更强的荧光信号和更精准的定量测定性能。
Nat Methods:北京大学彭海琳/韦小丁/清华大学王宏伟等开发了使用超厚石墨烯作为支撑进行冷冻电镜标本制备的方法
冷冻电子显微镜(cryo-EM)显示了嵌入在玻璃化薄冰中的大分子的原子结构,它们接近于原生状态。
Nature Methods:陈玲玲评述长非编码RNA研究前沿进展及挑战
这篇文章重点论述了新技术的应用为长非编码RNA研究带来的前沿进展以及今后研究的挑战。
Nature Methods:自由探索4D核组数据——马坚团队发布Nucleome Browser平台
Nucleome Browser可为用户充分利用不同类型的4D核组数据和不同的3D表观基因组学数据集在广泛的生物环境中融合多尺度核结构和功能提供重要门户,从而实现模型整合和广泛的数据共享社区。
Nature子刊:郝海平/叶慧/王南溪合作揭示人类蛋白质组存在丰富乳酰化修饰谱
该研究表明,乳酰化是广泛存在于人类组织和细胞中的一种非组蛋白特异性的、具有生物学功能的翻译后修饰。
Nat Methods:杨辉团队开发高精度单碱基编辑技术
最近,我国杨辉团队描述了23个合理工程化的CBE变体的筛选,发现预测DNA结合位点的突变残基可以显著降低Cas9依赖性的脱靶效应。
Nature Methods:建立功能性血管状系统类脑器官
如果说宇宙蕴藏无数奥秘,那么大脑必定是其中最难解谜团之一。对人类大脑的研究不仅关乎我们对人体内这一最复杂器官发育与功能的理解,相关的病理学、药物发现、再生医学等研究更是与国计民生直接相关。基于干细胞、发育生物学、生物材料等多学科理论与技术的类脑器官近年来发展迅速,为研究人类大脑发育、功能、疾病乃至进化等提供了重要的技术平台。类脑器官一般以多能干细胞(如胚胎干细胞或诱导多能干细胞)为来源,通过三维培
Nat Methods:微型肾脏成熟了——体外血管网络诱导术
近年来,长在培养皿中的类器官(包括人体器官中许多细胞类型和复杂的微结构)研究日渐增多。但是,目前为止这些类器官大多数因缺乏提供氧气、营养、清除代谢废物以及促进不同细胞类型之间交流的血管细胞,而距离真正“成熟”还差一个步骤。