CLIN CHEM LAB MED:用于分析和临床验证结直肠癌转移患者循环肿瘤DNA的一种新的基于扩增子的NGS检测方法

2019-11-17 MedSci MedSci原创

评估肿瘤RAS/BRAF状态对转移性结直肠癌(mCRC)患者的治疗选择和预后评估具有重要意义。因此,从文库准备和测序中校正误差对于准确分析循环肿瘤DNA (ctDNA)突变至关重要。本研究评估了基于扩增子的新一代测序(NGS)Firefly™的分析和临床性能,该检测方法采用了基于concatemerer的错误纠正策略。

评估肿瘤RAS/BRAF状态对转移性直肠癌(mCRC)患者的治疗选择和预后评估具有重要意义。因此,从文库准备和测序中校正误差对于准确分析循环肿瘤DNA (ctDNA)突变至关重要。本研究评估了基于扩增子的新一代测序(NGS)Firefly™的分析和临床性能,该检测方法采用了基于concatemerer的错误纠正策略。

利用来自184mCRC患者的游离DNA (cfDNA)参考标准和cfDNA样本,评价Firefly法对KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA的靶向性。将血浆检测结果与基于 ARMSPCR检测结果进行比较。对突变丰度低于检测限(LOD)的样品,采用数字PCR(ddPCR)NGS进行再次检测。

20 ng cfDNA水平下,等位基因频率(AF)0.2%的情况下,Firefly法表现出了优越的灵敏度和特异性,检出率可达到98.89%。一般情况下,血浆cfDNA NGSFFPE ARMS检测结果阳性分别为40.76%48.37%。两个平台的一致性为80.11%。在治疗前的队列中,基于Firefly™ARMS检测17个常见外显子基因型发现,血浆和组织的一致性为93.33%KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA的阳性百分比一致性(PPA)和阴性百分比一致性(NPA)分别为100%99.60%

研究表明,Firefly检测到的总血浆cfDNACRC患者的突变谱分析提供了一个可行的补充,它与匹配的肿瘤样本高度一致。总之,这些数据表明Firefly可以常规应用于mCRC患者的临床应用。

原始出处:

Beili WangShengchao WuAnalytical and clinical validation of a novel amplicon-based NGS assay for the evaluation of circulating tumor DNA in metastatic colorectal cancer patients

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